Quá trình tiêu hóa protein ở lợn cũng diễn ra tương tự với các ựộng vật dạ dày ựơn. Quá trình này ựược thực hiện với các men trong ựường tiêu hóạ
Vài ngày ựầu mới sinh protein tự nhiên có khả năng thấm qua ruột, ựiều này cần thiết cho vận chuyển δ-globulin từ sữa mẹ. Sau giai ựoạn này, lúc ựầu dạ dày lợn con tiết hạn chế HCl và pepsinogen nhưng tiết nhiều chymotrypsin. Chymotrypsin hoạt ựộng ở pH 3,5 ựể bẻ gãy liên kết peptit giữa phenyalanin và methionin trong cazein.
Hàm lượng HCl và pepsinogen tiết ra tăng dần theo ựộ tuổi của lợn. Tiêu hóa protein ở dạ dày chủ yếu là nhờ có men pepsin. Men này có tác dụng phân cắt các ựại phân tử protein thành các chuỗi peptit có số lượng phân tử nhỏ hơn. Ngoài ra trong dạ dày còn có những men khác cũng tham gia vào quá trình thủy phân protein như cathepsin, renninẦ
Khi protein và các chuỗi peptit ựược chuyển xuống ruột non, ở ựây quá trình thủy phân lại tiếp tục và triệt ựể nhất, tức sản phẩm của quá trình này là các axit amin mà cơ thể hấp thu và lợi dụng ựược. Các enzyme tiêu hóa protein có nguồn gốc từ dịch tụy và một số hormone kắch thắch như secretin ựược giải phóng từ biểu mô ruột non vào máu hay cholecystokinin (CCK) làm tăng tiết các tiền enzyme phân giải protein như trypsinogen, chymotrypsinogen. Các enzyme này hoạt ựộng ở pH từ 7-9, trong ựó trypsinogen ựược hoạt hóa thành trypsin bởi enzyme enterokinasẹ
Học viện Nông nghiệp Việt Nam Ờ Luận văn thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 21 Trypsin cũng trở thành chất xúc tác cho sự hoạt hóa tiếp theo giải phóng hexapeptit từ amino cuối cùng của trypsinogen. Trypsin là enzyme chuyên thủy phân protein ở các liên kết peptit giữa nhóm carboxyl của lysine và argininẹ Trypsin cũng tham gia chuyển chymotrypsinogen thành chotrypsin hoạt ựộng. Enzyme này tác ựộng vào các nối peptit giữa nhóm carboxyl của tyrosine, tryptophan, phenylalanine và leucine phân giải các peptit từ ựầu cuối của chuỗi ựể tách thành từng axắt amin có nhóm α-carboxyl tự dọ
Chỉ còn lại một lượng rất ắt protein chưa ựược tiêu hóa chuyển xuống ruột già. Ở ựây phần protein còn lại sẽ có quá trình khử gốc amin của các axắt amin do các vi khuẩn thực hiện.