- Việc đưa các nghị quyết, kế hoạch vào thực tế còn chậm và thiếu tính đồng bộ ở các địa phương trong quá trình thực hiện, nhất là giữa khu vực nông thôn và thành thị.
- Công tác cấp giấy phép khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước là một lĩnh vực mới triển khai thực hiện, trong khi các công trình khai thác nước, xả nước thải tự do từ rất lâu, do đó các đơn vị dùng nước, xả nước thải chưa nhận thức đầy đủ trách nhiệm, nghĩa vụ trong việc xin cấp phép, thực hiện miễn cưỡng, dây dưa, kéo dài, cơ quan quản lý phải đôn đốc bằng văn bản nhiều lần;
- Công tác thanh tra, kiểm tra vi phạm trong việc thăm dò, khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước không có giấy phép chưa thật sự mạnh;
- Công tác giám sát, quan trắc tài nguyên nước mới tập trung được ở một số hồ, sông, suối và khu vực có mức độ ô nhiễm cao như khu công nghiệp, khu khai thác khoáng sản… mà chưa chú trọng tới các vùng sẽ có nguy cơ ô nhiễm như ở vùng nông thôn chiếm phần lớn diện tích tự nhiên của tỉnh;
- Các lĩnh vực có liên quan đến Quản lý tài nguyên nước phối hợp chưa được chặt chẽ; - Các tài liệu về khảo sát, điều tra, đánh giá tài nguyên nước trên địa bàn Tỉnh còn chưa được đầy đủ và chi tiết;
- Chưa có số liệu về điều tra cơ bản, đánh giá số lượng, chất lượng tài nguyên nước ở tỷ lệ lớn phục vụ cho việc quản lý cấp phép khai thác. Thiếu thông tin, dữ liệu cụ thể ở một mức độ chi tiết phù hợp phục vụ công tác tham mưu chỉ đạo điều hành. Các quy định về quản lý tài nguyên nước theo lưu vực sông, theo hướng tổng hợp và bền vững cũng chưa được xây dựng và hình thành. Do đó, các mô hình, các hoạt động quản lý lưu vực sông mới chỉ trên quan điểm thử nghiệm hoặc lý thuyết. Việc lồng ghép, tổng hợp, thống nhất các hoạt động liên quan đến
quản lý các tài nguyên thiên nhiên, bảo vệ môi trường nói chung với các hoạt động quản lý tài nguyên nước trên lưu vực sông chưa được pháp quy hóa, gây khó khăn khi triển khai.
- Thiếu cán bộ chuyên môn làm công tác Quản lý tài nguyên nước;
- Sự phối, kết hợp giữa các cơ quan, đơn vị được giao nhiệm vụ bảo vệ tài nguyên nước theo các kế hoạch và quy chế đã được triển khai song còn đạt hiệu quả thấp, cấp chính quyền cơ sở (xã, huyện) chưa thực sự quan tâm đúng mức tới công tác bảo vệ môi trường.
- Số hộ được sử dụng nước sạch ở nông thôn ngày càng tăng, song chưa đạt được mục tiêu đề ra; sự tham gia bảo vệ môi trường của cộng đồng còn hạn chế, thậm chí nhiều khu vực người dân còn thờ ơ với chất lượng môi trường và chưa có ý thức giữ gìn.
- Công tác hỗ trợ thay đổi tập quán canh tác lạc hậu ảnh hưởng xấu tới tài nguyên nước chưa được phát huy đúng mức; sản xuất nhỏ lẻ, chưa hợp lý, chưa hợp vệ sinh vẫn còn phổ biến tại nhiều xã vùng nông thôn, nhất là vùng sâu, vùng xa.