* Tài nguyên đất
Theo thống kê năm 2013 Khắc niệm có 18 ha đất bỏ hoang trong đó cạnh khu Tiền trong và Tiền ngoài có tới gần 2 ha đất nông nghiệp bị bỏ hoang do sản xuất bún gây ô nhiễm. Hầu hết kênh mương nội đồng cạnh 3 khu làm bún truyền thống đều bị ô nhiễm do nước thải ra, tạo mùi hôi tanh, gây tắc không dẫn được nước thủy nông ra vào. Kênh thoát nước với chiều dài gần 500m và rộng 2-3m, chạy từ thôn Tiền Ngoài đến thôn Mồ. Con kênh này đã từng phục vụ cho hoạt động tưới tiêu nông nghiệp. Nhưng nay đã là một con kênh chết với bùn thối và nước thải từ trong làng chảy ra tràn ngập mặt kênh. Nước thải màu đen này chảy vào kênh 4 xã và tiếp đó là chảy vào sông Tào Khê tỉnh Bắc Ninh. Toàn bộ đoạn kênh dài khoảng 7 km từ thôn Tiền Trong đi qua 4 xã này đã bị ô nhiễm nghiêm trọng do nước thải từ làm bún và nước thải chăn nuôi từ nhiều cơ sở chăn nuôi
dọc hai bờ kênh(Liên minh nước sạch, 2013). Đất trồng lúa bị nhiễm độc do nước thải bún thải ra quá nhiều. Ngoài ra là rác thải sinh hoạt và chất thải bioga được xả trực tiếp ra môi trường. Dẫn tới năng suất lúa thấp, có vụ mất mùa do sâu bệnh hại hay chỉ xanh tốt mà không cho năng suất. Các hộ trồng lúa quanh khu vực sản xuất bỏ ruộng thôi cấy vì không cho năng suất, họ đồng ý sẵn sàng góp đất để xây dựng khu xử lí nước thải.
* Hệ sinh thái
Nước thải sản xuất bún được xả thải trực tiếp ra kênh mương bị ứ đọng lại các ao tù, cống rãnh lộ thiên không có nước lưu thông ra vào dẫn tới các ao trong ba khu Tiền Trong , Tiền Ngoài và Quế Sơn đều bị ô nhiễm nặng. Mùi hôi tanh bốc lên khiến các hộ đều đóng kín cửa tránh mùi hôi và ai cũng có tâm lý chỉ cần vứt rác thải nước ra khỏi khu vực mình sống. Chính việc đó đã làm cho môi trường nước, hệ sinh thái trong các ao hồ không những không được cải thiện mà ngày càng xấu đi. Một số hộ đã sử dụng các biện pháp sinh học để lọc nước tại ao gia đình tuy nhiên lượng nước thải ra quá lớn thả bèo tây để lọc nước cũng nhận hàng nghìn m3 nước thải kể cả nước thải làm bún, chăn nuôi và sinh hoạt. Trong một hai năm trước các hộ có thể nuôi thả cá tuy nhiên hiên nay nguồn nước đã bị nhiễm độc các chỉ tiêu về COD, BOB, Coliform … đều vượt quá tiêu chuẩn cho phép từ 20- 30 lần. Không thể nuôi trồng, phát triển hệ sinh thái dưới nước( Liên minh nước sạch, 2013)