Đặc điểm của quản lý thu thuế đối với DNNQD xuất phát từ đặc điểm của NNT - các DNNQD và được thể hiện trên các mặt sau:
Một là, các DNNQD là nhóm DN không có vốn đầu tư của Nhà nước hoặc DN có vốn của nhà nước dưới 50% vốn pháp định.
Hai là, các DNNQD là nhóm NNT với nhiều loại hình đa dạng như: Công ty cổ phần, công ty TNHH, công ty hợp danh, DN có vốn đầu tư nước ngoài, DN tư nhân (DNTN), hợp tác xã (HTX). So với nhiều NNT khác như các cá nhân kinh doanh, thuế từ các DNNQD khá tập trung, có số thu khá lớn,
thường chiếm tỷ trọng cao trong tổng thu nội địa. Do vậy, quản lý thu thuế đối với DNNQD được đặc biệt quan tâm và đặt ưu tiên hàng đầu. Hầu hết cơ quan thuế các nước đều rất chú trọng việc quản lý nhóm NNT này.
Thực tế ở Việt Nam qua số liệu của Tổng cục Thống kê cho thấy, khối DNNQD luôn đóng góp gần 50% tổng thu NSNN cả nước hàng năm [47].
Ba là, DNNQD là nhóm DN có trình độ tổ chức cao hơn, chặt chẽ hơn các hộ kinh doanh cá thể và cá nhân. Hầu hết, các DNNQD thực hiện chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ. Theo chế độ hiện hành, các DNNQD đều phải mở sổ sách kế toán và hạch toán kế toán theo chế độ quy định, thực hiện nghĩa vụ thuế theo phương pháp kê khai thuế.
Bốn là, DNNQD có phạm vi kinh doanh rộng hơn và mức độ phức tạp cao hơn so với đối tượng là hộ cá thể. Ngày nay, nhiều DNNQD có phạm vi kinh doanh toàn cầu. Vì vậy, việc kiểm soát chi phí và thu nhập khi tính thuế là hết sức phức tạp. Thủ đoạn trốn thuế của một số DNNQD lớn rất bài bản không như các DNNQD nhỏ hoặc cá nhân kinh doanh (mà chủ yếu là bằng cách gian lận hoá đơn hay bán hàng không xuất hoá đơn). Các DNNQD này luôn xuất trình đủ hoá đơn, chứng từ và hạch toán rất đúng quy định. Nhưng, đằng sau những số liệu chuẩn hóa đó là cả một kế hoạch trốn thuế hết sức tinh vi. Do đó, quản lý thu thuế đối với DNNQD đòi hỏi đội ngũ cán bộ có trình độ chuyên môn nghiệp vụ cao, nhiều kinh nghiệm. Có như vậy mới phát hiện được các thủ thuật trốn thuế, tránh thuế hết sức tinh vi của các đối tượng này. Từ đó, đề xuất hoàn thiện chính sách hoặc xử lý đối tượng vi phạm.