Thứ nhất, sự xâm nhập ngày càng sâu rộng của các ngân hàng thương mại nước ngoài đồng nghĩa với việc gia tăng áp lực cạnh tranh từ phía ngân hàng này trong hoạt động kinh doanh của các ngân hàng thương mại Việt Nam. Trong khi đó, so với các ngân hàng thương mại nước ngoài thì các ngân hàng thương Việt Nam hiện nay có một số hạn chế như: tiềm lực tài chính khá thấp, chất lượng tài sản thấp, danh mục sản phẩm dịch vụ còn nghèo nàn, chất lượng sản phẩm dịch vụ chưa cao, cơ cấu tố chức chưa thực sự hợp lý và thiếu sự chuyên nghiệp, trình độ quản trị còn thấp, công nghệ ngân hàng còn lạc hậu so với các ngân hàng khác trên thế giới. Sự am hiểu về tập quán địa phương, môi trường kinh doanh và mạng lưới chi nhánh phân phối rộng rãi là những lợi thế của ngân hàng Việt Nam. Tuy nhiên, đây không phải là lợi thế lâu dài, mang tính quyết định và sẽ dần mất đi khi thị trường tài chính thực sự tự do hóa hoàn toàn.
Thứ hai, hội nhập kinh tế quốc tế làm gia tăng các hoạt động tài chính và rủi ro cho hệ thống ngân hàng, trong khi cơ chế quản lí chưa hoàn thiện, nhất là cơ chế thanh tra giám sát vẫn chưa phù hợp với thông lệ quốc tế. Một trong những vấn đề hạn chế nổi bật hiện nay trong hoạt động kinh doanh ngân hàng là hoạt động quản trị rủi ro tín dụng của các ngân hàng còn nhiều yếu kém đã dẫn đến tình trạng nợ xấu ngày càng cao mà vẫn chưa có cách giải quyết cụ thể.
Thứ ba, cấu trúc của ngân hàng thương mại hiện nay đa dạng hình thức sở hữu và loại hình hoạt động nhưng còn quá cồng kềnh, dàn trải, chưa thực sự dựa trên một mô hình tổ chức khoa học nào dẫn đến chất lượng hoạt động còn nhiều bất cập. Các ngân hàng thương mại có sự phân chia rõ nét về thị phần, một số ngân hàng cổ phần có quy mô về vốn , năng lực cạnh tranh tốt, nhưng vẫn còn tồn tại rất nhiều ngân hàng có quy mô nhỏ, khó có thể cạnh trạnh và trụ vững về tài chính trong dài hạn. Mạng lưới phân phối dịch vụ ngân hàng chỉ tập trung nhiều nhất ở các thành phố và đô thị lớn, trong khi ở các vùng nông thôn, đô thị nhỏ và nhất là vùng sâu, vùng xa, thì việc tiếp cận với các dịch vụ ngân hàng còn khó khăn.
Cuối cùng, bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế bắt buộc các ngân hàng thương