Công tác tính thuế là khâu quan trọng quyết định số thu tiền thuế của doanh nghiệp là bao nhiêu. Ph-ơng pháp tính thuế dựa chủ yếu vào trị giá giao dịch của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo hiệp định GATT/WTO và mức thuế suất quy định trong biểu thuế, số l-ợng, chủng loại, cũng nh- xuất xứ hàng hóa. Chế độ kế toán thu thuế hiện hành của chi cục theo thông t- số 32/2006/BTC về h-ớng dẫn kế toán nghiệp vụ thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và thông t- 121/2007/BTC, sửa đổi bổ sung thông t- số 32/2006/TT-BTC ngày 10/4/2006 của Bộ tài chính về h-ớng dẫn kế toán nghiệp vụ thu thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu kết hợp với phần mềm kế toán KT559. Phần mềm kế toán này giúp hoạch toán các khoản thu một cách đầy đủ, hợp lý; phát huy vai trò công cụ quản lý nguồn thu trong lĩnh vực thuế và thu khác. Cụ thể: thông qua việc sử dụng phần mềm này giúp quản lý đ-ợc tất cả các khoản phí, lệ phí, phụ thu, vi phạm hành chính; cung cấp t-ơng đối đầy đủ, kịp thời chính xác số liệu và tình hình thu thuế giúp cho ngành hải quan nắm bắt đ-ợc th-ờng xuyên số thu theo các chỉ tiêu:
+ Số thuế phải thu
+ Số thuế đã nộp cho ngân sách nhà n-ớc + Số thuế còn nợ đọng.
- Công tác quản lý giá đã đ-ợc chi cục quan tâm, tổ tham vấn của chi cục đã hoạt động ổn định, qua công tác tham vấn đã xác định lại trị giá nhiều tr-ờng hợp, góp phần tăng thu cho ngân sách nhà n-ớc.
- Công tác thu thuế, chi cục đã cố gắng trong việc thu đúng, thu đủ, tận thu và nộp ngân sách nhà n-ớc kịp thời. Công tác đôn đốc thu đòi nợ thuế cũng đ-ợc chi cục quan tâm. Tổ đôn đốc thu đòi nợ thuế đẫ tổ chức rà soát lại lại doanh nghiệp còn nợ thuế quá hạn, phân loại nợ, gửi thông báo và trực tiếp đến từng doanh nghiệp còn nợ thuế quá hạn để làm việc và yêu cầu doanh nghiệp cam kết bằng văn bản nộp dứt điểm các khoản nợ thuế. Đồng thời phối hợp với các đơn vị có liên quan nh-: công an, kho bạc, thuế, chính quyền địa ph-ơng nơi có trụ sở doanh nghiệp đóng để đôn đốc đòi nợ thuế.
- Công tác miễn giảm, hoàn thuế; chi cục đã thực hiện đúng theo h-ớng dẫn của Cục và tổng cục hải quan. Sau khi thông quan, các hàng hóa có chế độ miễn thuế, hoàn thuế theo các văn bản h-ớng dẫn sẽ đ-ợc chi cục tính toán lại và hoàn thuế cho doanh nghiệp.