Sự phối kết hợp trong thực hiện phỏp luật về thuế của cỏc cơ quan chức năng và tổ chức cú liờn quan chưa chặt chẽ và cũn nhiều khe hở.
Một số cấp uỷ, chớnh quyền địa phương chưa cú sự quan tõm đỳng mức và chưa thực sự coi cụng tỏc thuế là nhiệm vụ của cơ quan mỡnh. Cỏc cơ quan chức năng, cỏc tổ chức, cỏ nhõn cú liờn quan như: cơ quan địa chớnh, xõy dựng, giao thụng, cụng an, kiểm sỏt, ngõn hàng, cỏc cơ quan thụng tin đại chỳng... từng nơi, từng lỳc thiếu sự phối hợp chặt chẽ, đồng bộ và cú hiệu quả với cơ quan thuế trong việc cung cấp thụng tin cũng như ỏp dụng cỏc biện phỏp hỗ trợ để thu đầy đủ, kịp thời tiền thuế vào Ngõn sỏch Nhà nước.
Tỡnh hỡnh trờn một phần do cơ quan thuế cỏc cấp chưa chủ động và cỏc ngành, cỏc cấp, cỏc tổ chức, cỏ nhõn chưa nhận thức đầy đủ vai trũ và trỏch nhiệm của mỡnh đối nhiệm vụ thu ngõn sỏch.
Vấn đề chống trốn thuế thụng qua chuyển giỏ cú liờn quan đến yếu tố nước ngoài đũi hỏi phải cú sự hợp tỏc quốc tế giữa cơ quan thuế ở Việt Nam và cỏc cơ quan hữu quan phớa nước ngoài. Tuy nhiờn đến nay, rất ớt cỏc vụ chuyển giỏ được phỏt hiện và xử lý triệt để. Đõy chớnh là kẽ hở để cỏc doanh nghiệp lợi dụng nhằm trốn thuế một cỏch tinh vi, phức tạp.
Như vậy, cụng tỏc thanh tra thuế đối với doanh nghiệp cú vốn đầu tư nước ngoài tại Cục thuế Hà Nội thời gian qua đó giỳp tăng cường và phỏt huy tớnh tự giỏc chấp hành, tự chịu trỏch nhiệm của người nộp thuế trong việc thực hiện đỳng quy định của nhà nước về kờ khai, nộp thuế. Đồng thời thực hiện cải cỏch và hiện đại hoỏ cụng tỏc thanh tra thuế gúp phần tăng cường cụng tỏc quản lý cỏn bộ trong nội bộ ngành thuế. Bờn cạnh đú, cụng tỏc thanh tra thuế cũng khụng trỏnh khỏi những khú khăn, hạn chế và cần được khắc phục bằng những giải phỏp, kiến nghị để ngày càng hoàn thiện hơn.