Cơ chế quản lý thuế tự khai tự nộp được ỏp dụng từ năm 2007, riờng cỏc doanh nghiệp cú vốn đầu tư nước ngoài trờn địa bàn Hà Nội đó được ỏp dụng thớ điểm từ năm 2004. Khi đú phũng quản lý cỏc doanh nghiệp cú vốn đầu tư nước ngoài phõn thành 4 bộ phận: thanh tra thuế, xử lý dữ liệu. quản lý nợ và tuyờn truyền hỗ trợ. Cỏc bộ phận này cựng phối hợp để quản lý và hỗ trợ người nộp thuế. Từ năm 2007 khi cơ chế tự khai tự nộp được ỏp dụng rộng rói, phũng quản lý cỏc doanh nghiệp cú vốn đầu tư nước ngoài chuyển thành phũng kiểm tra thuế số 1 với chức năng chớnh là theo dừi và kiểm tra. Bộ mỏy quản lý thuế
được tổ chức tập trung theo cỏc chức năng: tuyờn truyền hỗ trợ người nộp thuế; xử lý tờ khai và kế toỏn thuế, thu nợ và cưỡng chế thuế, kiểm tra và thanh tra thuế. Tuy nhiờn sự phối hợp giữa cỏc phũng ban trong nội bộ cơ quan thuế cũn kộm. Chưa cú sự kết hợp chặt chẽ giữa phũng quản lý doanh nghiệp cú vốn đầu tư nước ngoài với phũng thanh tra trong cụng tỏc chuyờn mụn. Phũng kờ khai kế toỏn thuế, phũng quản lý nợ và cưỡng chế thuế cũn chưa hợp tỏc trong vấn đề về số liệu kờ khai và chốt nợ đọng làm ảnh hưởng tiờu cực đến cụng tỏc thanh tra thuế. Người nộp thuế khi cú vấn đề phỏt sinh thường phải làm việc cựng lỳc với nhiều phũng, nhiều cỏn bộ để giải quyết một cụng việc. Vớ dụ như: phũng kờ khai nhập số liệu khụng chớnh xỏc hoặc khụng nhập kết luận thanh tra thuế dẫn đến tỡnh trạng nợ sai thuế của doanh nghiệp. Phũng quản lý nợ và cưỡng chế thuế in thụng bỏo nợ và gửi đến doanh nghiệp. Doanh nghiệp nhận được thụng bỏo phỏt hiện số liệu sai đến gặp cỏn bộ quản lý nợ thỡ được hướng dẫn gặp cỏn bộ kiểm tra theo dừi doanh nghiệp ở phũng kiểm tra để xỏc định lại tớnh chất khoản nợ. Sau khi xỏc định được nguyờn nhõn lại đến phũng kờ khai kế toỏn thuế để sửa lại số liệu. Sự phức tạp này làm mất thời gian, sức lực và hiệu quả cụng việc, gõy bức xỳc với người nộp thuế. Chưa kể khi thanh tra tại cơ sở người nộp thuế, cỏn bộ thanh tra phải lấy tài liệu từ phũng kiểm tra. Nếu phỏt hiện số liệu chưa chớnh xỏc lại làm việc với phũng kờ khai kế toỏn thuế... làm giảm hiệu quả cụng việc, ảnh hưởng trực tiếp đến kết quả thanh tra.