Cơ sở vật chất kỹ thuật phục vụ thanh tra thuế bao gồm: hệ thống cơ sở dữ liệu, trang thiết bị làm việc và phương tiện di chuyển phục vụ cụng việc.
Hệ thống cơ sở dữ liệu về người nộp thuế làm căn cứ cho việc phõn tớch, đỏnh giỏ việc chấp hành nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp cũn sơ sài:
Điều này xuất phỏt từ thực tế trong suốt một thời gian dài toàn ngành Thuế chưa quan tõm đến việc thu thập và lưu trữ thụng tin về người nộp thuế, chưa xõy dựng được hệ thống cỏc tiờu chớ và nội dung cần thu thập thụng tin về người nộp thuế. Ngoài ra, trong giai đoạn đú chưa ỏp dụng rộng rói cụng nghệ thụng tin nờn việc lưu trữ thụng tin thủ cụng gặp nhiều khú khăn. Do đú cơ quan thuế khụng cú đủ thụng tin về người nộp thuế, gõy ảnh hưởng khụng tốt tới việc lựa chọn đối tượng thanh tra cũng như hiệu quả cụng tỏc thanh tra thuế tại doanh nghiệp. Thụng tin cơ bản về người nộp thuế như: số điện thoại liờn lạc, địa chỉ nhận thụng bỏo thuế, số tài khoản ngõn hàng, tờn kế toỏn trưởng, số lượng và địa chỉ cỏc cửa hàng, chi nhỏnh trực thuộc... khụng được cập nhật đầy đủ, kịp thời trờn hệ thống quản lý người nộp thuế TINC.
Theo quy trỡnh, sau khi thanh tra tại cơ sở người nộp thuế, cỏc kết luận thanh tra cũng như cỏc quyết định xử lý vi phạm phải được cập nhật chi tiết trờn hệ thống phần mềm. Tuy nhiờn, nhiệm vụ này khụng được chỳ trọng, khụng cú sự giỏm sỏt và đụn đốc thường xuyờn. Bỏo cỏo tài chớnh do người nộp thuế gửi hàng năm cũng khụng được nhập vào hệ thống quản lý dẫn đến tỡnh trạng khụng đủ thụng tin, dữ liệu để sử dụng phần mềm phõn tớch rủi ro hồ sơ khai thuế một cỏch chớnh xỏc. Hàng loạt cỏc bỏo cỏo phải làm thủ cụng bằng tay, khụng tận dụng được cụng nghệ tin học.
Việc khai thỏc thụng tin trờn hệ thống Quản lý thuế rất bất cập, nhiều chương trỡnh thường xuyờn bị lỗi. Số lượng cỏn bộ phũng tin học cũn ớt, lại hạn chế về trỡnh độ chuyờn mụn nờn khi mỏy tớnh của cỏc phũng bị hỏng, thời gian
chuyển phũng tin học sửa mỏy quỏ dài (thường phải 1 đến 2 tuần) gõy ỏch tắc cụng việc, khụng đảm bảo chất lượng và hiệu quả.
Trang thiết bị phục vụ cỏn bộ thanh tra trong quỏ trỡnh cụng tỏc cũn thiếu.
Phần lớn cỏn bộ thanh tra thuế chỉ được trang bị mỏy tớnh tay và mỏy tớnh để bàn. Mỗi phũng thanh tra chỉ được cấp 4 đến 5 mỏy tớnh xỏch tay, khụng đảm bảo mỗi đoàn thanh tra đều được trang bị mỏy tớnh xỏch tay. Trong khi việc thanh tra tại trụ sở người nộp thuế đũi hỏi phải lưu trữ và xử lý tức thời lượng dữ liệu và tài liệu lớn. Đặc biệt, cỏc doanh nghiệp cú vốn đầu tư nước ngoài thường sử dụng phần mềm kế toỏn với hệ thống sổ sỏch và bỏo cỏo kế toỏn cú thể kết xuất ra file .xls, cú thể tận dụng để phõn tớch số liệu nếu cú mỏy tớnh xỏch tay. Tuy nhiờn trờn thực tế, phần lớn cỏn bộ phải ghi chộp thủ cụng, việc tớnh toỏn và cập nhật số liệu rất mất thời gian, thiếu chớnh xỏc, ảnh hưởng trực tiếp đến hiệu quả thanh tra thuế.
Phương tiện di chuyển phục vụ thanh tra thuế tại cơ sở người nộp thuế cũng là một vấn đề gõy bức xỳc.
Sau khi sỏp nhập, Hà Nội trở thành một trong những thủ đụ lớn nhất trờn thế giới. Doanh nghiệp núi chung và doanh nghiệp cú vốn đầu tư nước ngoài núi riờng phõn bố trờn địa bàn rộng lớn. Cụng tỏc thanh tra tại cơ sở người nộp thuế đũi hỏi cỏn bộ thanh tra phải di chuyển những cung đường rất dài. Tuy nhiờn, Cục thuế TP Hà Nội chưa cú điều kiện bố trớ phương tiện đi lại cho đoàn thanh tra. Cỏn bộ thanh tra nếu khụng liờn hệ được sự giỳp đỡ từ phớa doanh nghiệp sẽ phải tự tỳc phương tiện di chuyển mà hầu hết là xe mỏy. Với những doanh nghiệp xa thỡ điều này ảnh hưởng trực tiếp đến hiệu quả thanh tra do khụng đảm bảo về sức khoẻ của cỏn bộ. Mặt khỏc, cụng tỏc phớ được thanh toỏn cố định hàng thỏng cũng chỉ mang tớnh hỡnh thức.