Để cơ chế tự khai tự nộp thuế được triển khai hiệu quả đũi hỏi lực lượng cỏn bộ thanh tra thuế phải đủ về số lượng, mạnh về chất lượng. Từ năm 2007, lực lượng cỏn bộ thanh tra thuế ở Cục thuế TP Hà Nội đó được tăng cường song vẫn chưa đỏp ứng được nhu cầu thanh tra thuế. Cơ cấu tổ chức ở Cục thuế TP Hà Nội cú 6 phũng kiểm tra thuế nhưng chỉ cú 4 phũng thanh tra. Trong đú, tớnh đến 31/12/2009, khối doanh nghiệp cú vốn đầu tư nước ngoài chiếm khoảng 36% số doanh nghiệp do văn phũng Cục quản lý nhưng chỉ được thanh tra thuế bởi một phũng thanh tra thuế với khoảng dưới 30 cỏn bộ. Một đội thanh tra thuế thường cú 4 đến 5 cỏn bộ. Như vậy, doanh nghiệp cú vốn đầu tư nước ngoài mỗi năm thường chỉ cú 7 đoàn thanh tra làm nhiệm vụ thanh tra thuế. Lực lượng thanh tra thuế quỏ mỏng dẫn đến tỡnh trạng số doanh nghiệp được thanh tra
hàng năm chiếm khụng đến 7% tổng số doanh nghiệp cú vốn đầu tư nước ngoài trờn địa bàn Hà Nội.
Chất lượng cỏn bộ thanh tra chưa đỏp ứng được yờu cầu đặt ra. Trỡnh độ chuyờn mụn của một số cỏn bộ cũn yếu, cú những cỏn bộ khụng được đào tạo chuyờn ngành tài chớnh, kế toỏn, thuế; kỹ năng tin học yếu, khả năng sử dụng, khai thỏc cỏc phần mềm quản lý thuế kộm, chưa biết ứng dụng tin học vào phõn tớch rủi ro hồ sơ khai thuế mà thực hiện thủ cụng. Bờn cạnh đú, trỡnh độ ngoại ngữ của đội ngũ cỏn bộ thanh tra thuế cũn quỏ hạn chế. Khi thanh tra cỏc đơn vị cú yếu tố nước ngoài gặp nhiều khú khăn, lỳng tỳng, khụng hiểu hết bản chất của nghiệp vụ kinh tế phỏt sinh, khụng cú khả năng làm việc trực tiếp với ban lónh đạo người nước ngoài của doanh nghiệp mà phải thụng qua phiờn dịch viờn dẫn đến những hiểu lầm khụng đỏng cú, hiệu quả cụng việc thấp.
Cụng tỏc đào tạo, đào tạo lại, bồi dưỡng và tập huấn nõng cao năng lực chuyờn mụn cho lực lượng thanh tra cũn chậm, khụng theo kịp với sự thay đổi nhanh chúng của cơ chế chớnh sỏch; chưa xõy dựng được một chương trỡnh đào tạo chuẩn và chuyờn sõu về thanh tra, kiểm tra, hệ thống giỏo trỡnh đào tạo cũn dựa trờn cỏc kiến thức cũ.
Ngành thuế chưa cú chế độ khuyến khớch hiệu quả để cỏn bộ thanh tra thuế tự học hỏi, nõng cao trỡnh độ chuyờn mụn. Việc khuyến khớch đối với cỏn bộ khụng chỉ là vấn đề lương, thưởng, bằng cấp, chứng chỉ mà cũn là vấn đề tạo ỏp lực phải đạt đến một trỡnh độ chuyờn mụn nhất định, tạo mọi điều kiện thuận lợi để học tập. Ngoài ra, chế độ đói ngộ cỏn bộ chưa thoả đỏng đó làm ảnh hưởng khụng nhỏ tới trỡnh độ chuyờn mụn và phẩm chất nghề nghiệp của cỏn bộ thanh tra. Phong cỏch ứng xử của một số cỏn bộ thanh tra chưa văn minh, lịch sự, cỏch thức làm việc thiếu tớnh khoa học và chuyờn nghiệp.
Cụng tỏc quy hoạch, bồi dưỡng, sử dụng cỏn bộ cụng chức cũn nhiều bất cập, khụng theo kịp đũi hỏi của thực tiễn quản lý, chưa chỳ ý đến lực lượng cỏn bộ trẻ với nhiệt huyết và khả năng cống hiến, làm việc lõu dài trong ngành. Việc lựa chọn cỏn bộ vào bộ phận thanh tra, kiểm tra vẫn mang nặng cảm tớnh.