lồng ghộp nhiều chớnh sỏch xó hội, cũn nhiều mức miễn giảm thuế làm hạn chế tớnh trung lập, khụng đảm bảo cụng bằng giữa cỏc đối tượng nộp thuế, dễ phỏt sinh tiờu cực, làm phức tạp cụng tỏc quản lý thuế. Việc quy định cỏc sắc thuế thiếu tớnh rừ ràng, cũn lẫn lộn trong chức năng của từng sắc thuế.
Quỏ trỡnh ban hành cỏc văn bản quy phạm phỏp luật về thuế chưa bao quỏt hết cỏc đối tượng, tỡnh huống chịu sự điều tiết của luật thuế. Văn bản hướng dẫn quỏ nhiều, chồng chộo, khụng thống nhất gõy khú khăn cho cả cơ quan thuế và người nộp thuế. Vớ dụ như Luật thuế thu nhập cỏ nhõn được ban hành ngày 21/11/2007 cú hiệu lực thi hành từ ngày 01/1/2009. Tiếp đú, thụng tư 84/2008/TT-BTC ngày 30/09/2008 được ban hành để hướng dẫn thực hiện Luật thuế TNCN. Ngay sau đú, bộ tài chớnh lại tiếp tục ban hành thụng tư 62/2009/TT-BTC ngày 27/03/2009 hướng dẫn sửa đổi, bổ sung thụng tư 84/2008/TT-BTC. Sang năm 2010, bộ tài chớnh lại ban hành thụng tư 02/2010/TT-BTC ngày 11/01/2010 hướng dẫn bổ sung thụng tư 84/2008/TT- BTC và ngày 05/02/2010 lại ban hành thụng tư 20/2010/TT-BTC hướng dẫn sửa đổi, bổ sung một số thủ tục hành chớnh về thuế TNCN. Ngoài ra cũn hàng loạt cỏc thụng tư, quyết định về gión thuế, miễn thuế TNCN, cỏc văn bản hướng dẫn việc quyết toỏn thuế TNCN với một số nội dung khụng thống nhất từ đầu đến cuối, khiến cho thuế TNCN đến nay vẫn cũn nhiều vướng mắc, hạn chế.
- Trỡnh độ dõn trớ, ý thức tuõn thủ phỏp luật về thuế của người nộp thuế: thuế:
Tỡnh trạng trốn thuế, gian lận về thuế, nợ đọng thuế cũn diễn ra ở nhiều khoản thu, sắc thuế vừa làm thất thu cho Ngõn sỏch nhà nước, vừa khụng bảo đảm cụng bằng xó hội.
Trỡnh độ dõn trớ càng cao, sự hiểu biết về phỏp luật thuế càng cao thỡ khả năng trốn thuế cũng như cỏc thủ đoạn trốn thuế, ẩn lậu thuế của người nộp thuế cũng ngày càng tinh vi hơn, phức tạp hơn.
Một số doanh nghiệp cố ý, tỡm mọi thủ đoạn, dưới mọi hỡnh thức gian lận cỏc khoản tiền thuế phải nộp như kờ khai khống để chiếm đoạt tiền hoàn thuế giỏ trị gia tăng từ ngõn sỏch Nhà nước, sử dụng hoỏ đơn bất hợp phỏp, "chế biến" sổ sỏch kế toỏn.
Theo quy định tại Thụng tư 122/2004/TT-BTC ngày 22/12/2004 hướng dẫn thực hiện chế độ kế toỏn và kiểm toỏn đối với doanh nghiệp, tổ chức cú vốn đầu tư nước ngoài hoạt động tại Việt Nam "... Doanh nghiệp, tổ chức cú vốn nước ngoài phải tổ chức bộ mỏy kế toỏn, bố trớ hoặc thuờ người làm kế toỏn, bố trớ hoặc thuờ người làm kế toỏn trưởng. Trường hợp chưa bố trớ hoặc thuờ được người làm kế toỏn trưởng thỡ phải cử người phụ trỏch kế toỏn. Việc cử người phụ trỏch kế toỏn chỉ được thực hiện trong thời gian tối đa là 1 năm tài chớnh, sau đú phải bố trớ, hoặc thuờ người làm kế toỏn trưởng. Kế toỏn trưởng hoặc người phụ trỏch kế toỏn phải cú đủ cỏc tiờu chuẩn và điều kiện theo quy định tại Luật Kế toỏn và Nghị định hướng dẫn thi hành Luật Kế toỏn..."
Tuy nhiờn doanh nghiệp cú vốn đầu tư nước ngoài cú đặc điểm là thường xuyờn thay đổi kế toỏn trưởng. Một số doanh nghiệp nhỏ chỉ cú kế toỏn viờn. Thậm chớ doanh nghiệp khụng tổ chức bộ mỏy kế toỏn mà thuờ cỏc cụng ty tư vấn làm dịch vụ kế toỏn, cũn cú trường hợp mỗi cụng ty tư vấn một sắc thuế riờng. Điều này khiến cho hệ thống sổ sỏch chứng từ kế toỏn lộn xộn, khụng thống nhất, đến khi làm việc với đoàn thanh tra thuế thỡ khụng cú kế toỏn trưởng để giải trỡnh, cung cấp số liệu hay kế toỏn mới khụng nắm được tài liệu của cỏc kỳ kế toỏn cũ.