Việc quản lý và sử dụng vốn TPCP đƣợc thực hiện quản lý nhƣ các dự án, công trình sử dụng vốn NSNN và quy trình đầu tƣ XDCB hiện hành, từ khâu lập dự án, phê duyệt dự án, thẩm định dự án, tổ chức đấu thầu, lựa chọn nhà thầu, cho đến công tác nghiệm thu, thanh quyết toán công trình. Cơ chế
24
quản lý có phân cấp cụ thể, các dự án do Trung ƣơng quản lý đƣợc các cơ quan Trung ƣơng ban hành, phê duyệt đầu tƣ, các dự án địa phƣơng do địa phƣơng quyết định. Đây là cơ chế đƣợc kéo dài tƣ năm 2003 đến năm 2011, đã tạo sự chủ động cho địa phƣơng quyết định lựa chọn các mục tiêu, các dự án, công trình thực sự cần thiết, cấp bách theo đúng mục tiêu đã đƣợc Quốc hội quyết định. Đến năm 2011, nhằm tăng cƣờng công tác quản lý, sử dụng vốn TPCP, CP ban hành Quyết định số 1792/CT-TTg ngày 15 tháng 10 năm 2011, trong đó quy định cụ thể về trách nhiệm của ngƣời phê duyệt dự án phải bảo đảm nguồn lực để hoàn thành dự án và không bố trí vốn TPCP cho các dự án điều chỉnh tổng mức đầu tƣ do tăng quy mô. Có thể nói đây là bƣớc ngoặt rất quan trọng trong công tác quản lý sử dụng nguồn vốn TPCP.
Mặt khác, công tác thanh tra, kiểm toán, giám sát đều đƣợc thực hiện hàng năm, với nhiều cuộc giám sát chuyên đề của Ủy ban chuyên môn của Quốc hội, giam sát tối cao của Quốc hội, các cuộc kiểm toán chuyên đề của Kiểm toán nhà nƣớc đã phát hiện nhiều sai phạm trong quản lý và sử dụng vốn TPCP, từng bƣớc điều chỉnh chính sách, pháp luật có liên quan, chấn chỉnh việc quản lý, sử dụng vốn TPCP.