Do các đặc trưng riêng về mặt kỹ thuật nghiệp vụ kiểm tra, kiểm soát nên không phải tất cả mọi công việc kiểm soát dều có thể xử lý ngay trên máy tính. Tuy nhiên, nếu một đơn vị được trang bị công nghệ hiện đại và việc xử lý chứng từ, sổ sách hầu hết được thực hiện thông qua máy tính thì việc ứng dụng sự trợ giúp của máy tính vào công tác kiểm tra, kiểm soát sẽ đảm bảo cho đơn vị thu được các kết quả tốt hơn rất nhiều. Vì thế, việc áp dụng máy tính vào trong công tác kiểm soát là một xu hướng tất yếu trước những thử thách khắc nghiệt của nền kinh tế thị trường, nơi đòi hỏi phải có được độ tin cậy cao của các thông tin quản lý nội bộ và sự kiểm soát chặt chẽ các sai phạm có thể xảy ra trong nội bộ ngân hàng.
Tăng cường ứng dụng tin học trong công tác quản trị điều hành, đặc biệt là quản lý tài chính, quản lý giao dịch và quản lý tài sản, tin học hoá hoàn toàn hệ thống kế toán của các đơn vị thành viên. Điều này cho phép xây dựng một cơ chế giám sát tự động, thường xuyên và liên tục, hoạt động thống nhất tại Hội sở chính, có khả năng phát hiện và ngăn chặn kịp thời những sai sót phát sinh.
Sự phát triển của công nghệ tin học đã đưa đến sự ra đời của các phần mềm kiểm toán nội bộ chuyên dụng, hỗ trợ cho quá trình xử lý công việc của KTV, chẳng hạn như phần mềm Team Mate do công ty PriceWaterhouseCoopers xây dựng. Các phần mềm này có những phân hệ như: công cụ đánh giá rủi ro, hệ thống hồ sơ kiểm toán điện tử, hỗ trợ khả năng tìm kiếm thông tin trên internet... Các phần mềm này giúp tăng năng suất lao động của bộ phận kiểm soát nội bộ lên rất nhiều. Tuy nhiên, thực tế những phần mềm như trên chưa thể thực hiện vào hệ thống kiểm soát nội bộ của Ngân hàng TMCP Ngoại thương vì một số lý do như nền tảng công nghệ của NH TMCP NTVN mặc
dù đã khá hiện đại so với các ngân hàng khác trong nước nhưng so với thế giới vẫn còn thấp, do vậy khả năng phát huy hiệu quả của các phần mềm này chưa cao. Trình độ hiện tại của đội ngũ kiểm soát viên cũng là một vấn đề. Tuy nhiên, nếu nhìn về chiến lược dài hạn, khi nền tảng của NH TMCP NTVN và trình độ của đội ngũ kiểm soát viên đạt đến một trình độ nhất định sẽ cần có kế hoạch để áp dụng những phần mềm chuyên dụng này.
Tăng cường ứng dụng công nghệ tin học đặt ra yêu cầu về kiểm soát công nghệ tin học. Bởi lẽ các quy trình xử lý tự động trên máy tính, độ chính xác và phù hợp của các quy trình này trước khi triển khai có ý nghĩa rất lớn. Do đặc điểm hoạt động của mình, phần lớn các NHTM đều tổ chức một bộ phận chuyên về kiểm toán công nghệ tin học. Với Ngân hàng TMCP Ngoại thương, khi chưa có đủ các điều kiện cần thiết để tổ chức bộ phận này, Ngân hàng nên thuê dịch vụ này từ bên ngoài, ví dụ các công ty kiểm toán độc lập.
Việc ứng dụng công nghệ tin học trong hệ thống kiểm soát nội bộ phải căn cứ vào chiến lược ứng dụng công nghệ thông tin tổng thể và điều kiện cơ sở hạ tầng về công nghệ của NH TMCP NTVN trong từng giai đoạn.