Theo mô hình tổ chức hiện nay, Phòng Kiểm soát nội bộ được tổ chức độc lập với các phòng ban chức năng khác nhưng chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Tổng Giám đốc; các Phòng, Tổ kiểm tra nội bộ tại Chi nhánh chịu sự chỉ đạo chuyên môn của Phòng Kiểm soát nội bộ Hội sở chính và sự chỉ đạo, điều hành của Giám đốc Chi nhánh. Lương của kiểm soát viên Hội sở chính do Hội sở chính chi trả và lương của kiểm soát viên tại Chi nhánh do Chi nhánh chi trả. Điều này cũng làm giảm tính khách quan và độc lập của các kiểm soát viên khi tiến hành kiểm soát. Các nguyên tắc của bộ máy kiểm soát nội bộ là: Độc lập với các hoạt động nghiệp vụ được kiểm soát, với hoạt động điều hành hàng ngày của ngân hàng, độc lập đánh giá và trình bày ý kiến trong báo cáo của mình; Đảm bảo tính khách quan, trung thực khi thực hiện nhiệm vụ; Đảm bảo tính chuyên trách. Do đó, để đảm bảo tính khách quan, bộ phận kiểm soát nội bộ phải được tách ra khỏi bộ máy quản lý điều hành kinh doanh của ngân hàng, Phòng kiểm soát nội bộ sẽ trực tiếp chịu sự chỉ đạo của Hội đồng quản trị, các phòng, Tổ kiểm soát nội bộ của Chi nhánh sẽ thuộc biên chế Phòng kiểm soát nội bộ Hội sở chính và chịu sự quản lý về mặt hành chính của Ban Tổng Giám đốc. Như vậy, bộ phận kiểm soát nội bộ sẽ là một bộ phận tách ra khỏi bộ máy điều hành của Tổng Giám đốc. Chính sự độc lập này sẽ giúp cho kiểm soát
viên có cái nhìn khách quan và không chịu sự tác động chỉ đạo của lãnh đạo Chi nhánh, khả năng phát hiện các sai sót và những bất hợp lý được nâng cao.