Phân tích tài chính tại công ty cổ phần là hoạt động phân tích cần đặc biệt chú ý đến các chỉ tiêu tài chính liên quan đến các cổ đông, vì đặc điểm của công ty cổ phần là có các cổ phần ưu đãi, được hưởng lãi suất ưu đãi của công ty dành cho các cổ đông nắm giữ các cổ phần này. Phần còn lại dành cho các cổ đông thường, những cổ đông thường là người phải chịu nhiều rủi ro nhất trong các công ty cổ phần. Do đó một quyết định đầu tư cần phải xem xét một cách cẩn trọng với quan điểm của một cổ đông thường mới có thể mang lại lợi ích cho nhà đầu tư. Đối với một doanh nghiệp bất kỳ, phân tích tài chính là việc không thể thiếu trong đời hoạt động của doanh nghiệp. Với quy mô và mức độ quan tâm khác nhau, ở mỗi công ty sẽ có cách thức tổ chức phân tích tài chính khác nhau với việc thiết lập bộ máy làm việc, phương tiện làm việc, ngân hàng dữ liệu và quy trình phân tích phù hợp.
Phân tích tài chính có thể do một tổ chức chuyên nghiệp, độc lập thực hiện nhưng cũng có thể do doanh nghiệp tự thiết lập hệ thống phân tích của riêng mình. Đối với các tổ chức chuyên nghiệp, họ có đầy đủ phương tiện và nhân sự chuyên nghiệp phục vụ cho việc phân tích tài chính của đối tượng yêu cầu. Kết quả phân tích tài chính của các tổ chức chuyên nghiệp nhằm
phục vụ cho hoạt động cung cấp dịch vụ của họ do đó yêu cầu độc lập và khách quan là điều tối cần thiết đối với các tổ chức thực hiện dịch vụ này. Đối với các doanh nghiệp, phân tích tài chính thực sự chỉ nhằm phục vụ cho hoạt động quản trị của cấp lãnh đạo cao nhất doanh nghiệp. Để toàn bộ hoạt động của doanh nghiệp được vận hành theo hướng tối ưu các nguồn lực, tiết kiệm chi phí, tăng năng suất lao động, tất yếu nhà quản trị doanh nghiệp phải có trong tay các kết quả phân tích tài chính khách quan và trung thực. Tùy thuộc vào quy mô của mỗi doanh nghiệp mà tổ chức bộ máy phân tích của doanh nghiệp cho phù hợp. Có một số doanh nghiệp có bộ phận phân tích tài chính riêng nhưng có một số có thể tập trung ở phòng kế toán.
Có ba mô hình phân tích tài chính được áp dụng ở các doanh nghiệp: [Giáo trình phân tích tài chính doanh nghiệp,trg 39]
- Mô hình tập trung: Ở đây bộ phận phân tích được đặt riêng rẽ, có chức năng phân tích tài chính của doanh nghiệp, với ngân hàng dữ liệu không ngừng được hoàn thiện, cơ sở vật chất đầy đủ. Bộ phận này có tầm quan trọng ảnh hưởng đến quyết định điều hành của ban giám đốc.
- Mô hình phân tán: Phân tích tài chính được kết hợp ở từng bộ phận riêng lẻ, nguồn dữ liệu được khai thác ngay tại bộ phận chức năng, khi cần thiết có thể thành lập nhanh một nhóm phụ trách phân tích theo chuyên đề.
- Mô hình kết hợp: Trường hợp này, tổ chức công tác phân tích tài chính thường có hai bộ phận: bộ phận chuyên trác công tác phân tích phục vụ cho ban lãnh đạo doanh nghiệp, có phương tiện, ngân hàng dữ liệu riêng, trình độ tổng hợp tốt để tham mưu trực tiếp cho lãnh đạo doanh nghiệp; bộ phận chức năng có các cán bộ kiêm nhiệm làm công tác phân tích bộ phận để tư vấn tại chỗ cho trưởng các bộ phận và định kỳ có báo cáo phân tích gửi về cho bộ phận chuyên trách.