Theo đánh giá tại Báo cáo tổng kết công tác nghành Toà án nhân dân năm 2002 thì “…Đối với các vụ án hình sự về cơ bản các Toà án đã đảm bảo xét xử đúng người, đúng tội, đúng pháp luật, các sai sót đã được rút kinh nghiệm kịp thời và đã hạn chế đến mức thấp nhất”. Tuy nhiên, vẫn còn tồn tại những nhược điểm trong quá trình xét xử dẫn đến oan sai hoặc bỏ lọt tội phạm. Năm 1999 Toà án nhân dân cấp tỉnh đã huỷ 103 bản án sơ thẩm để điều tra, xét xử lại; các Toà phúc thẩm Toà án nhân dân tối cao đã huỷ bản án sơ thẩm với 125 bị cáo để điều tra, xét xử lại. Trong năm 2000 các Toà phúc thẩm đã huỷ 472 bản án sơ thẩm để điều tra, xét xử lại. Năm 2001 các Toà phúc thẩm đã huỷ bản án sơ thẩm với 685 bị cáo để điều tra, xét xử lại. Trong năm 2002 số bản án sơ thẩm bị huỷ để điều tra, xét xử lại là 527 vụ. Đánh giá về số lượng bản án sơ thẩm bị huỷ tương đối nhiều, báo cáo cũng xác định “sai sót chủ yếu và phổ biến là đánh giá không chính xác về chứng cứ”.
Có ý kiến nhận định: “Xét hỏi là giai đoạn trung tâm của hoạt động xét xử và cũng là giai đoạn quan trọng nhất để xác định sự thật vụ án” [53, tr.176]. Thông qua hoạt động xét hỏi, các tình tiết của vụ án sẽ được kiểm chứng một cách khách quan, toàn diện và đầy đủ, việc đánh giá đúng các chứng cứ sẽ loại bỏ những chứng cứ không khách quan, được thu thập không
đúng trình tự tố tụng; xác định được các chứng cứ có giá trị chứng minh về sự thật của vụ án hình sự.
Mặc dù phần xét hỏi trong phiên toà đã được pháp luật tố tụng chính thức quy định, nhưng thực tế xét xử giai đoạn này cho thấy sự yếu kém còn tồn tại với những thể hiện như sau:
Sau khi Kiểm sát viên công bố bản cáo trạng, không tôn trọng quyền của bị cáo tại phiên toà là được trình bày ý kiến về bản cáo trạng và những tình tiết của vụ án, Thẩm phán Chủ toạ phiên toà cũng như Kiểm sát viên thường đặt ngay câu hỏi về nội dung của vụ án theo định hướng xét hỏi đã chuẩn bị trước. Thực tế cho thấy trong nhiều phiên toà hoạt động xét hỏi hoàn toàn do Hội đồng xét xử mà chủ yếu là Chủ toạ phiên toà thực hiện. Khi hỏi về tình trạng này, tại cuộc hội thảo về tranh tụng tại phiên toà hình sự do Toà án nhân dân tối cao tổ chức ngày 14.10.2002 có nhiều ý kiến thừa nhận "Trong nhiều phiên toà nhất là ở các phiên toà cấp huyện, chỉ có Hội đồng xét xử thực hiện xét hỏi, các thành phần khác (theo luật định) tham gia rất mờ nhạt".
Hội thẩm nhân dân khi tham gia xét hỏi chưa thể hiện được tính độc lập cao, phần lớn có định kiến về vụ án từ các cơ quan tiến hành tố tụng trước đó và từ sự ảnh hưởng của Thẩm phán - Chủ toạ phiên toà. Có trường hợp Hội thẩm xét hỏi không đúng trọng tâm, cách đặt câu hỏi mang tính khẳng định, suy diễn theo ý kiến chủ quan.
Một tồn tại mang tính khá phổ biến của Thẩm phán - Chủ toạ phiên toà là khi xét hỏi bị cáo thường thẩm vấn theo hướng buộc tội như cáo trạng của Viện kiểm sát với biểu hiện xét hỏi phiến diện, như chỉ hỏi những tình tiết có ý nghĩa buộc tội (nếu đã định kiến là bị cáo phạm tội) hoặc ngược lại chỉ hỏi về các tình tiết gỡ tội (nếu đã cho là bị cáo không phạm tội - mặc dù trường hợp này rất hiếm xảy ra). Hội đồng xét xử chưa giữ được vai trò của người trọng tài mà kiêm nhiệm luôn hoặc là công việc “bảo vệ cáo trạng” của Kiểm
sát viên hoặc là công việc “gỡ tội”của người bào chữa [18, tr.43]. Việc xét hỏi của Thẩm phán đối với những người tham gia tố tụng mang tính qua loa vì có tâm lý chung là mọi chứng cứ về các tình tiết của vụ án đã được cơ quan điều tra thu thập đầy đủ, hợp pháp được thể hiện bằng những tài liệu đã có trong hồ sơ. Và vì thế mà việc xác minh công khai tính xác thực của chứng cứ chưa được coi trọng đúng mức, thậm chí không hề được kiểm định công khai tại toà.
Cũng vì quá tin vào hồ sơ đã điều tra về vụ án mà Hội đồng xét xử có tâm lý lấy tài liệu hồ sơ vụ án làm “thước đo”, làm “đáp án” để buộc bị cáo trả lời “có” hoặc “không” đối với câu hỏi được đưa ra. Nếu bị cáo có ý định giải thích hoặc trình bày lý do nào đó thì thường bị Chủ toạ phiên toà ngắt lời bởi những câu hỏi khác. Vai trò là một bên trong tố tụng của bị cáo không được toà tôn trọng, quyền được bào chữa của bị cáo bị vi phạm. Cách xét hỏi này dễ làm những người theo dõi cho rằng ý kiến của các chủ thể thuộc bên bào chữa hiếm khi được Hội đồng xét xử lắng nghe và phiên toà chỉ là một thủ tục để công khai khẳng định những gì đã có trong hồ sơ.
Theo quy định của pháp luật thì Luật sư bào chữa có thể sử dụng những quyền hợp pháp để bào chữa cũng như bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho bị cáo, nhưng trên thực tế có nhiều Luật sư không làm hết khả năng, trách nhiệm của mình đối với bị cáo và cũng có Luật sư lại cố tình bảo vệ quyền lợi của bị cáo không trên cơ sở pháp luật. Không ít những trường hợp Luật sư cung cấp cho Hội đồng xét xử những thông tin, tài liệu thiếu tính xác thực, cố ý vi phạm đạo đức nghề nghiệp vì tư lợi cá nhân.
Việc xem xét vật chứng tại phiên toà có thể giúp cho việc tái hiện các tình tiết vụ án được chính xác hơn. Vật chứng có thể được coi là một phương tiện để các bên tranh tụng công khai tại toà, là căn cứ có sức thuyết phục của quan điểm được đưa ra. Nhưng thực tế cho thấy vật chứng rất ít khi được đưa
ra xem xét tại phiên toà, và việc tranh cãi về vật chứng (nếu có) thường được xoay quanh những bức ảnh, hoặc “những chi tiết mô tả” trong biên bản thu giữ vật chứng, khám nghiệm hiện trường. Thậm chí sự tranh cãi rất gay gắt bởi lý do là cách hiểu của hai bên về sự mô tả đó là không giống nhau.
Đứng trước những thực tiễn này, Nghị quyết 08/NQ-TW ra đời. Với mục tiêu khắc phục những tồn đọng không đáng có trong hoạt động xét xử vụ án hình sự.
Chất lượng xét xử án hình sự sau khi có Nghị quyết 08/NQ-TW có chuyển biến tích cực và được nâng cao hơn trước. Điểm nổi bật là tại nhiều phiên toà, ở nhiều địa phương trong toàn quốc đã bắt đầu thực hiện các bên tranh luận dân chủ tại phiên toà.
Trong quá trình tranh luận, Hội đồng xét xử đã có thái độ tôn trọng các quyền của bên bào chữa nhằm bảo đảm quyền bình đẳng trước Toà án. Nhiều trường hợp Luật sư bào chữa đã giúp Hội đồng xét xử đánh giá chính xác về chứng cứ, xác định sự thật vụ án hình sự thông qua tranh luận với Kiểm sát viên. Trong nhiều phiên toà các đề nghị của Luật sư về tình tiết giảm nhẹ , định tội danh, xác định sự thật của vụ án đã được Hội đồng xét xử chấp nhận. Các Kiểm sát viên tham gia tranh luận với tinh thần trách nhiệm cao khi bảo vệ ý kiến, quan điểm mà cáo trạng đã truy tố mà thể hiện rõ nét nhất là trong các vụ án "Mẫu" được tiến hành ở một số tỉnh, thành phố lớn như Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh. Phán quyết của Toà án dựa trên kết quả tranh tụng tại phiên toà.
Mặc dù được thực hiện khá tốt trong các “Phiên toà mẫu” nhưng nhìn chung có thể nhận thấy quá trình tranh luận tại phiên toà thời kỳ này mới được coi là quá trình thể hiện quan điểm của các bên, nhưng chưa phải là quá trình các bên phản bác quan điểm của nhau để tìm ra sự thật khách quan. Thực tiễn cho thấy, phần xét hỏi tại các phiên toà vẫn được chú trọng nhiều
trong khi phần tranh luận còn mang nặng hình thức. Nếu Luật sư trình bày phần bào chữa có nội dung khác với kết luận của Viện kiểm sát về vụ án thì phần đối đáp cũng chẳng có gì nhiều và mới hơn câu “Giữ nguyên quan điểm như đã nêu trong phần kết luận vụ án”. Tranh luận chỉ là đủ thủ tục, còn thực chất có thể nói là hầu như không có tranh luận. Báo cáo của Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân Tối cao tại kỳ họp thứ 2, Quốc hội khoá XI thừa nhận "Trong thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử, vai trò của Kiểm sát viên ở nhiều Viện kiểm sát còn yếu, chưa làm tốt việc tranh luận tại phiên toà".
Về phía hoạt động của Hội đồng xét xử thì kinh nghiệm điều hành phiên toà theo hướng tranh tụng còn yếu: Theo quy định của pháp luật, bị cáo, Luật sư bào chữa cho bị cáo có quyền trình bày lời bào chữa mà không bị hạn chế về thời gian. Do tâm lý “mở rộng tranh tụng triệt để” nên Chủ toạ phiên toà không có ý kiến gì khi những người này trình bày những vấn đề đi lạc trọng tâm, không có ý nghĩa trong việc giải quyết vụ án. Tuy nhiên, cũng tồn tại tình trạng Chủ toạ phiên toà vi phạm quy định này như đã giới hạn về phạm vi, nội dung, thời gian trước khi Luật sư bắt đầu phần bào chữa của mình.
Về phía Luật sư bào chữa thì nhiều Luật sư lợi dụng tinh thần nghị quyết 08 là “ Phát huy dân chủ” để bào chữa tràn lan, đi lạc trọng tâm vụ án theo kiểu đối phó về mặt hình thức. Thậm chí có Luật sư thể hiện cách làm việc thiếu tinh thần trách nhiệm trong quá trình diễn ra phiên toà với những biểu hiện rất khác nhau như ngủ gật tại phiên toà, nghe điện thoại trong phòng xử án, thậm chí sau khi trình bày lời bào chữa đã bỏ về để đến phần đối đáp Hội đồng xét xử không còn nhìn thấy Luật sư ngồi ở vị trí của mình. Những phiên toà Luật sư bào chữa chỉ định tham gia thì bào chữa qua loa theo kiểu
nêu tình tiết giảm nhẹ của bị cáo cho Toà án xem xét nhằm mục đích đủ thủ tục.
Có thể nói, những hạn chế trong quy định của pháp luật và từ thực tiễn áp dụng là một trong những lý do về sự ra đời của Bộ luật tố tụng hình sự năm 2003.