Hệ thống tổ chức thi hành ỏn hỡnh sự gồm cú: Cơ quan quản lý thi hành ỏn hỡnh sự, Cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự và cơ quan được giao một số nhiệm vụ thi hành ỏn hỡnh sự. Trước đõy, phỏp luật về thi hành ỏn hỡnh sự chưa quy định cụ thể về hệ thống tổ chức thi hành ỏn hỡnh sự mà mới chỉ quy định về cơ quan, tổ chức cú nhiệm vụ thi hành bản ỏn, quyết định của Tũa ỏn tại Điều 257 Bộ luật Tố tụng hỡnh sự. Điều đú dẫn đến một trong những hạn chế của hoạt động thi hành ỏn hỡnh sự trong những năm qua là hoạt động này vừa cú sự tham gia của cơ quan chuyờn trỏch, vừa cú sự tham gia của chớnh quyền địa phương, của cỏc cơ quan nhà nước khỏc, tổ chức xó hội nhưng lại chưa cú một cơ quan đầu mối quản lý thống nhất; quan hệ phối hợp, phõn cụng nhiệm vụ giữa cỏc ngành, cỏc cấp và giữa cỏc cơ quan, tổ chức cú liờn quan trong việc tổ chức thi hành ỏn hỡnh sự chưa được quy định cụ thể, rừ ràng.
Việc quy định hệ thống tổ chức thi hành ỏn hỡnh sự là bước phỏt triển trong hoạt động lập phỏp của Nhà nước ta, phõn định rừ ràng, rành mạch chức năng của cơ quan quản lý thi hành ỏn hỡnh sự với cỏc cơ quan trực tiếp thi
hành, bảo đảm sự phõn cụng, phối hợp đồng bộ trong tổ chức thực hiện và phự hợp với hệ thống tổ chức bộ mỏy hiện hành, nhất là chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Cụng an, bảo đảm quản lý tập trung thống nhất cụng tỏc thi hành hỡnh phạt, thi hành biện phỏp tư phỏp vào một đầu mối theo tinh thần Nghị quyết 49-NQ/TW của Bộ Chớnh trị nhằm nõng cao hiệu lực, hiệu quả cụng tỏc này trong thời gian tới [1, tr. 30-31].
Khoản 2 Điều 10 Luật Thi hành ỏn hỡnh sự năm 2010 quy định cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự, bao gồm: Trại giam thuộc Bộ Cụng an, trại giam thuộc Bộ Quốc phũng, trại giam thuộc quõn khu (sau đõy gọi là trại giam); Cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự Cụng an tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (sau đõy gọi là cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự Cụng an cấp tỉnh); Cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự Cụng an huyện, quận, thị xó, thành phố thuộc tỉnh (sau đõy gọi là cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự Cụng an cấp huyện); Cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự quõn khu và tương đương (sau đõy gọi là cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự cấp quõn khu).
Như vậy, Cơ quan thi hành ỏn phạt tự (khụng thuộc quõn đội nhõn dõn) là cơ quan chuyờn trỏch được Nhà nước giao nhiệm vụ thi hành bản ỏn phạt tự cú thời hạn của Tũa ỏn đó cú hiệu lực phỏp luật đú là: Trại giam thuộc Bộ Cụng an, Cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự Cụng an tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; Cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự Cụng an huyện, quận, thị xó, thành phố thuộc tỉnh.
Thứ nhất, về trại giam. Theo quy định tại khoản 1 Điều 16 Luật Thi hành ỏn hỡnh sự thỡ trại giam là cơ quan thi hành ỏn phạt tự cú nhiệm vụ, quyền hạn trong việc tiếp nhận, tổ chức quản lý giam giữ, giỏo dục cải tạo phạm nhõn và thực hiện cỏc thủ tục phỏp lý trong quỏ trỡnh phạm nhõn chấp hành ỏn tại trại giam theo quy định của phỏp luật. Phỏp lệnh Thi hành ỏn phạt tự năm 1993 và Phỏp lệnh sửa đổi, bổ sung một số điều của Phỏp lệnh Thi hành ỏn phạt tự năm 2007 chỉ quy định: "trại giam là nơi chấp hành hỡnh phạt
của người bị kết ỏn tự" thỡ hiện nay, khoản 1 Điều 16 Luật Thi hành ỏn hỡnh sự đó xỏc định đỳng và chớnh xỏc hơn về địa vị phỏp lý của Trại giam khi quy định "Trại giam là cơ quan thi hành ỏn phạt tự" [1, tr. 40].
Thứ hai, về cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự Cụng an cấp tỉnh. Điều 13 Luật Thi hành ỏn hỡnh sự năm 2010 quy định nhiệm vụ quyền hạn của cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự Cụng an cấp tỉnh; Trong đú cú nhiệm vụ, quyền hạn trong thi hành ỏn phạt tự như: giỳp Giỏm đốc Cụng an cấp tỉnh quản lý, chỉ đạo cụng tỏc thi hành ỏn hỡnh sự trờn địa bàn cấp tỉnh; Tiếp nhận quyết định thi hành ỏn hỡnh sự của Tũa ỏn cú thẩm quyền; hoàn tất thủ tục, hồ sơ và danh sỏch người chấp hành ỏn phạt tự để bỏo cỏo, đề nghị cơ quan, người cú thẩm quyền quyết định; Đề nghị Tũa ỏn cú thẩm quyền xem xột, quyết định tạm đỡnh chỉ chấp hành ỏn phạt tự, giảm thời hạn chấp hành ỏn phạt tự; Ra quyết định truy nó và phối hợp tổ chức lực lượng truy bắt phạm nhõn bỏ trốn khỏi trại tạm giam hoặc cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự Cụng an cấp huyện, người được hoón, tạm đỡnh chỉ chấp hành ỏn phạt tự...
Trước đõy, theo Quyết định số 159/QĐ-BNV ngày 02/04/1996 của Bộ Nội vụ (nay là Bộ Cụng an) về việc thành lập cơ sở chấp hành hỡnh phạt của người bị kết ỏn tự trong trại tạm giam thỡ Trại tạm giam cú cơ sở chấp hành hỡnh phạt (gọi là phõn trại quản lý phạm nhõn). Theo đú, người bị kết ỏn tự chấp hành hỡnh phạt ở cỏc phõn trại quản lý phạm nhõn phải là người cú mức ỏn phạt tự từ 5 năm trở xuống; khụng phạm cỏc tội cướp, giết người; khụng phải là loại lưu manh chuyờn nghiệp, cụn đồ hung hón, tỏi phạm.
Theo Điều 10 Quy chế về tạm giữ, tạm giam kốm theo Nghị định 89/1998/NĐ-CP ngày 7/11/1998 của Chớnh phủ thỡ Bộ Cụng an, Bộ Quốc phũng, mỗi Cụng an tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (sau đõy gọi là Cụng an cấp tỉnh), Quõn khu, Quõn đoàn và cấp tương đương trong Quõn đội nhõn dõn được tổ chức một hoặc hai Trại tạm giam. Thực tiễn hiện nay, Trại tạm giam của Bộ Cụng an gồm 4 trại tạm giam, đú là Trại tạm giam B14, Trại
tạm giam T16 ở thành phố Hà Nội và Trại tạm giam T17, Trại tạm giam B34 ở Thành phố Hồ Chớ Minh. Cụng an cấp tỉnh quản lý 66 trại tạm giam trờn địa bàn toàn quốc.
Theo Thụng tư liờn tịch số 07/2004/TTLT/BCA-VKSNDTC ngày 29/4/2004 của Bộ Cụng an và Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao hướng dẫn một số quy định về thi hành hỡnh phạt tự đối với phạm nhõn chấp hành hỡnh phạt tại nhà tạm giữ thỡ đối với nhà tạm giữ thuộc Cụng an cấp huyện thường xuyờn cú từ 30 người bị tạm giữ, tạm giam trở lờn được bố trớ phạm nhõn phục vụ việc nấu ăn, đưa cơm, vận chuyển quà và đồ dựng sinh hoạt, làm vệ sinh, sửa chữa nhà tạm giữ, phục vụ cỏc yờu cầu nghiệp vụ giam giữ. Phạm nhõn chấp hành hỡnh phạt tự tại nhà tạm giữ được lấy từ số phạm nhõn của phõn trại quản lý phạm nhõn trong trại tạm giam thuộc Cụng an cấp tỉnh, là người phạm tội lần đầu, bị xử phạt tự từ 36 thỏng trở xuống; khụng phạm cỏc tội: xõm phạm an ninh quốc gia; giết người; cướp tài sản; cưỡng đoạt tài sản; mua bỏn, tàng trữ vũ khớ quõn dụng; cỏc tội phạm về ma tỳy. Giỏm đốc Cụng an cấp tỉnh quyết định đưa phạm nhõn đến chấp hành hỡnh phạt tự tại nhà tạm giữ thuộc Cụng an cấp huyện.
Hiện nay, theo qui định tại Khoản 2 Điều 171 Luật Thi hành ỏn hỡnh sự thỡ Bộ trưởng Bộ Cụng an căn cứ yờu cầu quản lý người bị tạm giam, tạm giữ để quyết định đưa người chấp hành ỏn phạt tự cú thời hạn từ 5 năm trở xuống khụng phải là người chưa thành niờn, người nước ngoài, người mắc bệnh truyền nhiễm nguy hiểm hoặc nghiện ma tỳy để phục vụ việc tạm giam, tạm giữ. Số lượng người chấp hành ỏn phạt tự phục vụ việc tạm giam, tạm giữ được tớnh theo tỷ lệ trờn tổng số người bị tạm giam, tạm giữ nhưng tối đa khụng vượt quỏ 15%. Mục đớch để lại số phạm nhõn trong trại tạm giam là nhằm: thường xuyờn phục vụ việc nấu ăn, đưa cơm, vận chuyển quà, đồ cựng sinh hoạt, làm vệ sinh, sửa chữa, xõy dựng Trại tạm giam, Nhà tạm giữ và phục vụ yờu cầu nghiệp vụ giam, giữ.
Như vậy, đối với người bị kết ỏn phạt tự chấp hành ỏn tại phõn trại quản lý phạm nhõn của Trại tạm giam Cụng an tỉnh sẽ do Cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự cụng an cấp tỉnh quản lý. Ngày 24/12/2010, Tổng cục trưởng Tổng cục Xõy dựng lực lượng Cụng an nhõn dõn đó ban hành Quyết định số 10968/QĐ-X11 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ mỏy của Phũng Cảnh sỏt thi hành ỏn hỡnh sự và hỗ trợ tư phỏp cấp tỉnh. Xuất phỏt từ quy định phỏp luật về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ mỏy Cụng an cấp tỉnh thỡ Cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự Cụng an cấp tỉnh được gắn với phũng Cảnh sỏt thi hành ỏn hỡnh sự và hỗ trợ tư phỏp. Đến nay, trờn toàn quốc đó cú 63/63 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thành lập Phũng Cảnh sỏt thi hành ỏn hỡnh sự và hỗ trợ tư phỏp cấp tỉnh để thực hiện cỏc nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định của phỏp luật.
Thứ ba, về cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự cụng an cấp huyện. Điều 13 Luật Thi hành ỏn hỡnh sự năm 2010 quy định nhiệm vụ quyền hạn của cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự Cụng an cấp tỉnh; trong đú cú nhiệm vụ, quyền hạn trong thi hành ỏn phạt tự như giỳp Trưởng Cụng an cấp huyện quản lý, chỉ đạo cụng tỏc thi hành ỏn hỡnh sự trờn địa bàn cấp huyện; Áp giải thi hành ỏn đối với người bị kết ỏn phạt tự đang được tại ngoại, được hoón, tạm đỡnh chỉ; Trực tiếp quản lý số phạm nhõn phục vụ tại nhà tạm giữ; Tống đạt quyết định thi hành ỏn cho người bị kết ỏn phạt tự đang ở nhà tạm giữ và bỏo cỏo cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự Cụng an cấp tỉnh; Lập hồ sơ và bỏo cỏo cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự Cụng an cấp tỉnh để đề nghị cơ quan quản lý thi hành ỏn hỡnh sự thuộc Bộ Cụng an ra quyết định đưa người bị kết ỏn phạt tự đang ở nhà tạm giữ, được hoón, tạm đỡnh chỉ chấp hành ỏn đi chấp hành ỏn; đề nghị cơ quan cú thẩm quyền ra quyết định truy nó đối với người trốn thi hành ỏn phạt tự...
Xuất phỏt từ quy định trờn và chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ mỏy Cụng an cấp huyện thỡ Cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự Cụng an cấp huyện được gắn với Đội Cảnh sỏt thi hành ỏn hỡnh sự và hỗ trợ tư phỏp cấp huyện. Đõy là quy định mới nhằm khắc phục những tồn tại, hạn chế trong
việc tổ chức, theo dừi, quản lý thi hành cỏc ỏn phạt ngoài tự, tử hỡnh, trục xuất thời gian qua, gúp phần thống nhất quản lý nhà nước về cụng tỏc thi hành ỏn hỡnh sự trong phạm vi cả nước [1, tr. 38].