Để đảm bảo chất lượng kết quả xét nghiệm đồng thời đáp ứng được yêu cầu chẩn đoán sớm căn nguyên tại phòng thí nghiệm, dựa trên kết quả đã thu được từ phương pháp RT-PCR thông dụng và Luminex/xTAG chúng tôi đề xuất quy trình chẩn đoán sớm căn nguyên vi rút gây VĐHHC tại PTN như sau:
72
Mẫu bệnh phẩm
Tách chiết ARN
Tác nhân vi rút cúm A/B
Âm tính Dương tính B Dương tính A
Vi rút họ Picorna H1N1pdm, H3N2, H1N1. H5N1
Âm tính Dương tính Âm tính D/tính
RSV, hMPV, P1, P2, P3 Vi rút entero, Rhino
Cov-229E, Cov-OC43
Âm tính D/tính Âm tính Dương tính
Hình 3.9. Quy trình chuẩn đoán vi rút gây VĐHHC
KL Kết luận KL KL KL KL KL
73
Quy trình chẩn đoán trên cho phép phát hiện 16 tác nhân vi rút gây VĐHHC trên bệnh phẩm lâm sàng, so với quy trình trước 2 tác nhân CoV-229E và CoV- OC43 được bổ sung. Sử dụng RT-PCR thông dụng trong chẩn đoán sớm tại Việt nam là phù hợp trong điều kiện hiện nay, do điều kiện kinh tế không cho phép các phương pháp hiện đại và nhanh như Luminex/xTAG. Để đảm bảo tính kịp thời của chẩn đoán (yếu điểm của RT-PCR thông dụng), dựa vào kết quả nghiên cứu này và các kết quả tham khảo, quy trình chẩn đoán sẽ được tiến hành phát hiện các tác nhân vi rút thường gặp trước như : cúm, vi rút họ Picorna. Các tác nhân vi rút còn lại sẽ tiếp tục được tiến hành trên những mẫu bệnh phẩm âm tính với vi rút cúm và vi rút họ Picorna. Sự sắp xếp như vậy sẽ đảm bảo được yêu cầu chẩn đoán sớm và tiết kiệm trong điều kiện Việt nam.
74
KẾT LUẬN
Phân tích 170 mẫu bệnh phẩm VĐHHC nghi nhiễm vi rút tại bệnh viện đa khoa Việt Tiệp, Hải Phòng từ tháng 9 năm 2010 đến tháng 4 năm 2012. Chúng tôi rút ra một số kết luận như sau:
1. Tổng số 26 mẫu bệnh phẩm được xác định dương tính với các vi rút gây VĐHHC chiếm tỷ lệ 15,2%, các mẫu dương tính được phân bố cho 7 tác nhân vi rút gây VĐHHC được xác định: vi rút cúm A/H1N1pdm/09 (4 mẫu bp); vi rút cúm B(6 mẫu bp), hMPV (1 mẫu bp), á cúm típ 1(3 mẫu bp), vi rút họ Picorna (10 mẫu bp), corona 229E (1 mẫu bp) và corona OC43 (1 mẫu bp). Vi rút họ Picorna phát hiện trong hầu hết thời gian nghiên cứu, chiếm tỷ lệ cao (38,4%). Bệnh phẩm thu thập nhiều vào tháng 11,12. Các tháng có sự đồng lưu hành của nhiều tác nhân vi rút là tháng 1, tháng 3 trong giai đoạn nghiên cứu.
2. Đã phân lập được: vi rút cúm A/H1N1pdm/09, vi rút cúm B, á cúm 1, hMPV và vi rút họ picorna. Tỷ lệ phân lập dương tính đạt 29,1% trong tổng số mẫu được xác định dương tính bằng phương pháp RT-PCR. Vi rút cúm A/H1N1pdm/09 phân lập được trong nghiên cứu có đặc điểm di truyền và đặc tính kháng nguyên tương tự vi rút cúm dự tuyển vắc xin A/California/07/09 (H1N1) cho cả 2 khu vực Bắc và Nam bán cầu 2009-2012. Vi rút cúm B có đặc điểm di truyền và đặc tính kháng nguyên tương đồng với vi rút cúm B/Brisbane/60/08 là vi rút đại diện của dòng kháng nguyên Victoria và là vi rút dự tuyển vắc xin cho khu vực Bắc bán cầu trong mùa cúm 2010- 2011 và 2011-2012.
3. Quy trình chẩn đoán sớm tác nhân vi rút gây VĐHHC bằng phương pháp RT-PCR thông thường theo các thứ tự ưu tiên sau:
- Các tác nhân vi rút cúm theo nhóm (A; B) - Các tác nhân vi rút họ Picorna.
- Phân típ vi rút cúm và enterovirus, Rhinovirus
- RSV, hMPV, á cúm phân típ 1,2,3, SARS - CoV, CoV - 229E và CoV- OC43.
75
KIÉN NGHỊ
- Tiếp tục duy trì giám sát hội chứng VĐHHC tại bệnh viện đa khoa Việt - Tiệp, Hải phòng, mở rộng giám sát tại các bệnh viện có khu vực địa lý và kiểu hình khí hậu khác nhau
76
TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
1. Bộ Y tế(2003).Dịch tễ, lâm sàng, điều trị và phòng chống bệnh viêm đường hô hấp cấp (SARS), Nhà xuất bản Y học, Hà Nội.
2. Bộ Y tế, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ƣơng (2009). Báo cáo kết quả hoạt động giám sát cúm 9 tháng đầu năm 2009. Dự án "Xây dựng hệ thống giám sát cúm tại Việt Nam", Nhà xuất bản Y học, Hà Nội
3. Bộ Y tế(2004), Niên giám thống kê bệnh truyền nhiễm năm 2003, Nhà xuất bản Y học, Hà Nội.
4. Ngô Hƣơng Giang (2010). Tìm hiểu căn nguyên vi rút gây viêm phổi tại miền bắc Việt Nam 2007-2009, Luận văn Thạc sĩ công nghệ sinh học, Đại học Bách khoa.
5. Nguyễn Lê Khánh Hằng, Huỳnh Phƣơng Liên, Nghiêm Kim Hà, Lê Quỳnh Mai, Võ Thị Hƣờng, Đặng Tuấn Đạt (2005). "Căn nguyên các vi rút gây viêm đường hô hấp cấp ở Tây Nguyên, 2003-2004," Tạp chí Y học dự phòng, Tập XV, số 5 (76): 17-21.
6. Nguyễn Lê Khánh Hằng (2010). Nghiên cứu căn nguyên của các vụ dịch cúm người đầu những năm 2000 tại miền Bắc, Việt Nam, Luận án Tiến sĩ sinh học, Đại Học Quốc Gia Hà Nội
7. Trần Thị Thu Hƣơng (2009).Tìm hiểu sự lưu hành của vi rút hợp bào-RSV trên bệnh nhân nhi dưới 2 tuổi với triệu chứng viêm đường hô hấp, Luận văn Thạc sĩ sinh học, Đại học Quốc gia Hà Nội.
8. Nguyễn Thanh Liêm (2006). Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, dịch tễ học, phương pháp chẩn đoán sớm, phác đồ điều trị hiệu quả và dự phòng bệnh viêm đường hô hấp cấp do vi rút cúm A/H5N1, vi rút cúm A và vi rút hợp bào đường hô hấp ở Việt Nam, Đề tài cấp nhà nước, Bệnh Viện Nhi Trung Ương. 9. Huỳnh Phƣơng Liên, Nguyễn Lê Khánh Hằng, Nghiêm Kim Hà, Nguyễn Công Đoàn, Hiroshi Suzuki, Saito Reiko (2005). "Nghiên cứu các chủng vi
77
rút cúm và các vi rút gây viêm đường hô hấp cấp ở Hà Nội 2001", Y học thực hành (505), Số 3/2005: 23-26.
10. Nguyễn Hữu Tâm (2006). Mô tả một số đặc điểm dịch tễ học của các trường hợp mắc bệnh cúm A/H5N1 ở Miền Bắc Việt Nam, năm 2005, Báo cáo tổng kết khoa học và kỹ thuật, Đề tài cấp Viện, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ương, Hà Nội.
11. Trần Văn Tiến và cs.(2001). Thống kê các bệnh truyền nhiễm. tr. 40.
12. Trƣờng Đại học Y Hà Nội, Bộ môn Vi sinh Vật. (2003). Vi sinh Y học, Nhà xuất bản Y học, Hà Nội. tr. 297-309.
13. PGS. TS. Phạm Văn Ty (2007). Virut học, Nhà xuất bản Giáo Dục, Hà Nội. tr. 205- 256.
14. Nguyễn Thu Vân (2006). Nghiên cứu xây dựng quy trình công nghệ sản xuất vắc xin cúm A/H5N1 trên tế bào thận khỉ tiên phát ở quy mô phòng thí nghiệm, Đề tài nghiên cứu khoa học công nghệ nhà nước ĐTDDL-2006/02G, Hà Nội.
15. Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ƣơng (2001). Phân tích số liệu các bệnh truyền nhiễm ở Việt Nam 1996-2000, Nhà xuất bản Bản Đồ, Hà Nội.
Tiếng Anh
16. Anne-Charlotte Sentilhes, Vimatha Xaysitthideth, Sareth Rith, Somvay
Ongkhamme, Thongchanh Sisouk,Darouny Phonekeo, Jean-Jacques
Bernatas, Vincent Deubel, Philippe Buchy, Paul Brey, Phengta
Vongphrachanh (2011). "Identification of viruses in Acute Lower
Respiratory Infections (ALRI) in Lao People's Democratic Republic". BMC
Proc. 2011; 5(Suppl 1): P74.
17. Beckett CG., Kosasih H., Ma'roef C., Listiyaningsih E., Elyazar IR., Wuryadi S., Yowono D., McArdle JL., Corwin AL., Porter KR. (2004). "Influenza surveillance in Indonesia: 1999-2003", Clinical Infectious Disease, 39: 443-449.
78
18. Besselaar TG, Botha L, McAnerney JM, Schoub BD. (2004). "Antigenic and molecular analysis of influenza A (H3N2) virus strains isolated from a localised influenza ourbreak in South Africa in 2003", J Med Virol., 73: 71- 78
19. Carr J., Ives J., Kelly L., Lambkin R., Oxford J., Mendel D., Tai L., N, Roberts (2002). "Influenza virus carrying neuraminidase with reduced sensitivity to oseltamivir carboxylate has altered properties in vitro and is compromised for infectivity and replicative ability in vivo", Antiviral Res, 54: pp. 79-80.
20. Centers for Disease Control and Prevention (April 25-29,2005). Modern Methods for Influenza Detection and Subtyping, Atlanta, Georgia.
21. Centers for Disease Control and Prevention (August 13-14, 2003). "Laboratory Techniques for Influenza Diagnosis", Surveillance Coordinator's Conference Atlanta, Georgia, US.
22. Clinton S. Robbins, Carla M. T. Bauer, Neda Vujicic, Gordon J. Gaschler, Brian D. Lichty, Stämpfli., Earl G. Brown and Martin R. (2006). "Cigarette Smoke Impacts Immune Inflammatory Responses to Influenza in Mice ", American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, 174: 1342-1351. (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
23. Echevarria JE, et al. (1998). J Clin Microbiol, 36: 1388-1391.
24. Ellis JS, Smith JW, Braham S, Lock M, Barlow K, MC, Zambon (2007). "Deign and validation of an H5 Taqman real-time one-step reverse transcription-PCR and confirmatory assays for diagnosis and verification of influenza A virus H5 infections in human," J Clin Microbiol, 45(1535-1543). 25. Enders Ko Ng, Preter KC Cheng, Antia YY Ng, Hoang, TL, Lim, and William WL (2005). "Influenza A H5N1 detection", Emer Inf Dis, 11: 1303- 1305.
26. Fabrice Carrat, Juliette Deshayes, Isabelle Goderel, Gregory Pannetier, Valleron., Céline Lazarovici and Alain-Jacques (June 2004). "Factors
79
associated with intensity of symptoms in patients seeking medical advice for flu", International Congress Series, 1263: 308-311.
27. Fay H Johnston, Anne M Kavanagh, Scott, David M J S Bowman and Randall K (2002). "Exposure to bushfire smoke and asthma: an ecological study", The Medical journal of Australia, 176(11): 535-538.
28. Gibson UEM, Heid CA., Williams PM.(1996). "A novel method for real time quantitative RT-PCR", Genome Res, 6: 995-1001
29. Glezen, W. P. (1977). "Pathogenesis of bronchiolitis: epidemiologic considerations", Pediatr.Res. 11: 239 - 243.
30. Glezen, W. P., F. W. Denny. (1973). "Epidemiology of acute lower respiratory disease in children", N. Engl. J. Med, 288: 498 - 505.
31. Guy Boivin MD.(2002). Update on human metapneumoniavirus, Laval University, Quebec City, Canada.
32. Hampson AW. (1999). "Epidemiological data on Influenza in Asian countries", Vaccine, 17(19-23).
33. Harmon MW., PA Rota, HH Walls, and AP Kendal (1988). "Antibody response in humans to influenza virus type B host cell-dirived variant after vaccination with standard (egg-devired) vaccine or natural infection", J Clin Microbiol, 26: 333-337.
34. Herlocher ML., Carr J., Ives J., Elias S., Truscon R., Roberts NA., Monto AS. (2002). "Influenza virus carring an R292K mutation in the neuraminidase gene is not transmitted in ferrets", Antivial Res, 54(p.99-111). 35. Herlocher ML., Truscon R., Elias S., Yen HL., Roberts NA., Ohmit SE.,
Monto AS. (2004). "Influenza viruses resistant to the antiviral drug oseltamivir: transmission sudies in ferrets", J Infect Dis, 190: pp.1627-1630. 36. Hien T. Nguyen, Nila J. Dharanb, Mai T.Q. Le, Nguyen B. Nguyen,
Chung T. Nguyen, Dong V. Hoang, Huu N. Tran, Chien T. Bui, Dat T. Dang, Dinh N. Pham, Hoa T. Nguyen, Tu V. Phan, David T. Dennis,
80
Timothy M. Uyeki, Joshua Mottb, Nguyen Yen T. (2010). "National influenza surveillance in Vietnam, 2006–2007", Vaccine, 28: 398-402.
37. Higuchi R, Fockler C, Dollinger G, R, and Watson (1993). "Kinetic PCR analysis; real time monitoring of DNA amplification reaction",
Biotechnology (NY), 11(1026-1030).
38. Hiroshi Kida, Yoshihiro Sakoda. (2004). "Fortieth Anniversary United States-Japan cooperative medical science program", p4.
39. Hirst GK. (1942). "The quantitative determination of influenza virus and antibodies by means of red cell agglutination", J.Exp.Med., 75: 47-64.
40. Holmes EC, E Ghedin, N Miller, J Taylor, Y Bao, KS George, BT Grenfell, SL Saizberg, CM Fraster, DJ Lipman and JK Taubenberger. (2005). " Whole-genome analysis of human influenza A virus reveals multiple persistent lineages and reassortment among recent H3N2 viruses",
PLoS Biol, 3: 1579-1588.
41. http://www.expasy.ch/viralzone/all_by_protein/33.html.
42. Hui-Ling Yen, Louise M.Herlocher, Erich Hoffmann, Mikhail N., Matrosovich, Arnold S.Monto, Roberts G.Webster, and Elena A.Govorkova (2005). "Neuraminidase Inhibitor-Resistant Influenza Viruses May Differ Substantially inFitness and Transmissibility", Antimicrob Agents Chemother, 49 (10): 4075-4084.
43. Ito., Couceiro JNSS., Kelm S., Baum LG., Krauss S., Castrucci MR., Donatelli I., Kida H., Paulson JC., Webster RG., and Kawaoka Y. (1998). "Molecular basc of the genratin in pigs of influenza A viruses with pandemic potential", J Virol, 72: 7367-7373.
44. Ives J., Carr J., Mende DB., Tai CY., Lambkin R., Kelly L., JS., Oxford, Hayden FG., Roberts NA. (2002). "The H274Y mutation in the influenza A/H1N1 neuraminidase active site following oseltamiver phosphate treatment leave virus severely compromised both in vitro and in vivo",
81
45. Jeremy D. Kark, M.D., Ph.D., , Moshe Lebiush, M.D., and Lotte Rannon, M.D. (October 21, 1982). "Cigarette Smoking as a Risk Factor for Epidemic A(H1N1) Influenza in Young Men," N Engl J Med 307: 1042- 1046.
46. Jeremy D.Kark, Moshe lebiush (1981). "Smoking and epidemic influenza- like Illness in female military recruits: a brief survey," AM. J. Public health, 71: 530-532. (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
47. John Ridley Pattison, Richard J. Whitley. (2002). Clinical Virology Second Edition John Wiley and Sons. 90-101.
48. Kanti Pabbaraju, Kara L. Tokaryk, Sallene Wong, Julie D. Fox. (2008).
"Comparison of the Luminex xTAG Respiratory Viral Panel with In-House Nucleic Acid Amplification Tests for Diagnosis of Respiratory Virus Infections ", J Clin Microbiol. 2008 September; 46(9): 3056–3062.
49. Kanti Pabbaraju, Sallene Wong, Kara L. Tokaryk, Kevin Fonseca,
Steven J. Drews. (2011) "Comparison of the Luminex xTAG Respiratory
Viral Panel with xTAG Respiratory Viral Panel Fast for Diagnosis of Respiratory Virus Infections", J Clin Microbiol. 2011 May; 49(5): 1738– 1744.
50. Kim, H. W., J. O. Arrobio, C. D Brandt (1973). "Epidemiology of respiratory syncytial virus infection in Washington, D.C. I. Importance of the virus in different respiratory disease syndromes and temporal distribution of infection" Am. J. Epidemiol, 98: 216 - 225.
51. Knipe, David M, Howley, Peter M. (2007). Fields Virology, 5th Edition,Lippincott Williams and Wilkins, II(II), Specific Virus Families, 48.
52. Huey-Pin Tsai, Pin-Hwa Kuo, Ching-Chuan Liu, Jen-Ren Wang.(2001).
82
Taiwan from 1997 to 1999", J Clin Microbiol. 2001 January; 39(1): 111– 118
53. Leslie collier, John Oxford (1993). Human virology: A text for students of medicine dentistry and microbiology, Oxford University Press: 107-137. 54. Li KS, Y Guan, J Wang, GJD Smith, KM Xu, L Duan, AP Rahardjo, P
Puthavathana, Buranathai C, Nguyen TD, Estoepangestie ATS, Chaisingh A, Auewarakul P, Long HT, Hanh NTH, Webby RJ, Poon LLM, Chen H, Shortridge KF, Yuen KY, Webster RG and Peiris JSM. (2004). "Genesis of a highly pathogenic and potentially pandemic H5N1 influenza virus in eastern Asia", Nature, 430: 209-213.
55. Masahiro Ito, Masahiro Wantanabe, Naoko Nakagawa, Toshiaki Ihara, Okuno, Yoshinobu (2006). "Rapid detection and typing of influenza A and B by Loop-mediated isothermal amplification; comparision with immunochromatography and virus isolation", Journal of Virological Methods, 135 (2): 272-275.
56. Mizuta K, Abiko C, Aoki Y, Suto A, Hoshina H, Itagaki T, monthly
isolation of respiratory viruses from children by cell culture using a microplate method: a two-year study from 2004 to 2005 in yamagata, Japan",
Jpn J Infect Dis. 2008 May;61(3):196-201.
57. Modified from Halonen P, et al. (1995). J Clin Microbiol 33: 648-653. 58. Murphy BR., El Tierney, BA Barbour, RH Yolken, DW Alling, HP
Holley, Chanok, RE mayner and RM (1980). "Use of enzyme-linked immunosorbent assay to detect serum antibody responses of volunteers who received attenuated influenza A virus vaccines", Infect Immu, 29: 342-347. 59. N. J. Cox., K. Subbarao (2000). “Global epidemiology of Influenza, Past
and Present”, Annu. Rev. Med, 51: 407-21.
60. Nagamine K, T Hase, Notomi, and T (2002). "Accelerated reaction by loop mediated isothermal amplification using loop primers", Mol Cell, Probes 16: 223-229.
83
61. Niigata Prefectural Institute of Health and Environmental Sciences (2005). "Manual on Investigation of Virus, Virology Section", Ver 2.1.
62. Noble GR. (1982). Epidemiological and clinical aspects of influenza, In basic and Applied Influenza Research, ed. AS Beare: 11-50.
63. Notomi T, H Okayama, H Masubuchi, T Yonekawa, K Wantanabe, N Amino, Hase, and T (2002). "Loop-mediated isothermal amplification on DNA", Nucleic Acid Res, 28: 63.
64. Pandemic (H1N1) 2009 Virus Revisited: an Evolutionary Retrospective.
Infect Genet Evol.2011 July; 11(5): 803–811
65. Paul Digard (update April 8, 2009) Orthomyxovirus, Avaiable from: http://www.microbiologybytes.com/virology/Orthomyxoviruses.html..
66. Piechulek H., Al-sabbir A. et al. (2003). "Diarrhea and ARI in rural areas of Bangladesh", Southeast Asian J.Trop.Med.Public Health, 34(2): 337-342.
67. Philip A. Chan, Leonard A. Mermel, Sarah B. Andrea, Russell (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
McCulloh, John P. Mills, Ignacio Echenique, Emily Leveen, Natasha
Rybak, Cheston Cunha, Jason T. Machan, Terrance T.
Healey, and Kimberle C. Chapin. (2011). " Distinguishing Characteristics
between Pandemic 2009–2010 Influenza A (H1N1) and Other Viruses in Patients Hospitalized with Respiratory Illness", PLoS One. 2011; 6(9): e24734.
68. Reid AH., Fanning TG., Hultin JV et al. (1999). "Origin and evolution of the 1919 “Spanish” influenza virus hemagglutinin gene", Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96: 1651-56.
69. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2012 southern hemisphere influenza season. Weekly Epidemiol Rec.
2011 Oct 12;86(42):457-68.
70. Robert L. Atmar, Pedro A. Piedra, Shital M. Patel, Stephen B.
84
Most Common Respiratory Virus Causing Infection among Patients of All Ages Hospitalized with Acute Respiratory Illness”. J Clin Microbiol. 2012