Cục thuế TP Hà Nội được thành lập theo Quyết định số 314/QĐ-BTC ngày 21/08/1990 của Bộ Tài Chính, là cơ quan trực thuộc Tổng Cục Thuế đặt tại TP Hà Nội, đồng thời chịu sự lãnh đạo song trùng quản lý hành chính của Uỷ ban nhân dân TP Hà Nội, có con dấu và tài khoản riêng .
Thực hiện nghị quyết 15/2008/QH12 của Quốc hội, ngày 01/08/2008 Bộ Tài Chính - Tổng Cục Thuế đã tổ chức lễ công bố Quyết định số 1640/QĐ- BTC về việc thành lập cục thuế Hà Nội, quyết định số 1639/QĐ-BTC về việc sửa đổi bổ sung một số điều của quyết định 49/2007/QĐ-BTC ngày 25/06/2007 của Bộ Tài Chính qui định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức bộ máy của cục thuế Hà Nội trực thuộc Tổng Cục Thuế và các quyết định bổ nhiệm lãnh đạo Cục thuế TP Hà Nội mới.
Đi đôi với việc triển khai thực hiện tổ chức công tác hợp nhất sáp nhập Cục thuế Hà Nội đồng thời triển khai thực hiện công tác hợp nhất các tổ chức chính trị, củng cố kiện toàn các ban chỉ đạo trong cơ quan, đồng thời có kế hoạch chuyển địa điểm làm việc thống nhất về 187- Giảng Võ.
Về cơ cấu tổ chức, Cục thuế thành phố Hà Nội gồm 21 phòng chức năng, 29 chi cục thuế trực thuộc với tổng số cán bộ công chức > 3.200 người.
•21 phòng chức năng 1. Phòng tổ chức cán bộ
2. Phòng tuyên truyền hỗ trợ người nộp thuế 3. Phòng kê khai và kế toán thuế
4. Phòng quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế
5. Phòng thanh tra thuế ( bao gồm 4 phòng thanh tra thuế từ 1-4) 6. Phòng kiểm tra thuế ( bao gồm 6 phòng kiểm tra thuế từ 1-6) 7. Phòng quản lý thuế thu nhập cá nhân
8. Phòng pháp chế
9. Phòng Tổng hợp- Nghiệp vụ- Dự toán 10. Phòng kiểm tra nội bộ
11. Phòng hành chính lưu trữ 12. Phòng tin học
13.Phòng quản trị - Tài vụ - Ấn chỉ
•29 Chi cục thuế các quận huyện
Thực hiện luật quản lý thuế, bộ máy quản lý thuế ở cơ quan thuế các cấp được cải cách theo hướng tổ chức tập trung theo 4 chức năng nhằm chuyên môn hoá, nâng cao năng lực quản lý thuế ở từng chức năng, gồm: Tuyên truyền, hỗ trợ người nộp thuế; Theo dõi, xử lý việc kê khai thuế; Đôn đốc thu nợ và cưỡng chế thuế; Thanh tra, kiểm tra thuế.