Bên cạnh những thành công đạt được thì công ty cũng đang gặp những hạn chế trong việc triển khai chiến lược kinh doanh như sau:
- Trong quá trình phát triển Công ty Dược phẩm TW1 đã xác định được đúng hướng chiến lược phát triển của mình tuy nhiên các chiến lược được lập ra chưa có sự đồng bộ giữa các bộ phận. Ban lãnh đạo cũng chỉ nhận được kết quả do nhân viên phòng ban báo cáo, chưa có sự trực tiếp điều hành hoạt động.
+ Về thị trường tiêu thụ: Hiện nay, công ty có khả năng phân phối sản phẩm tới thị trường khắp cả nước tuy nhiên công ty chỉ mới khai thác hệ thống phân phối theo chiều rộng, chiều sâu mới chỉ tập trung ở thị trường Hà Nội. Do vậy thị trường tiêu thụ của Công ty Dược phẩm TW1 còn hạn chế về chủng loại và địa điểm phân phối tới các thị trường khác.
+ Về sản phẩm, nguồn hàng: Nguồn hàng mà công ty phải nhập chủ yếu hơn 70% từ nước ngoài làm cho chi phí thường cao, chịu ảnh hưởng nhiều hơn từ phía môi trường chung và môi trường ngành. Bên cạnh đó, sản phẩm mà công ty đang tập trung chủ yếu kinh doanh là nguyên phụ liệu, chủng loại phân phối chưa đa dạng và phong phú sẽ làm hạn chế việc đặt hàng của khách hàng.
- Hệ thống các mục tiêu của công ty tuy đã được thiết lập theo thường niên nhưng các mục tiêu vẫn chưa hoàn thiện đầy đủ, chỉ mang tính chất trên văn bản. Mục tiêu đưa ra còn thiên về lý luận mà thiếu chú ý về mặt áp dụng vào thực tế của công ty nên một số mục tiêu đưa ra chưa chính xác với xu thế.
- Chính sách nhân sự: công ty Dược phẩm TW1 đã xác định được tầm quan trọng và có những chính sách đầu tư nhân sự tuy nhiên công việc đòi hỏi nguồn nhân sự công ty phải có năng lực và chuyên môn nghiệp vụ cao. Tuy nhiên đội ngũ Dược sĩ chuyên khoa đặc biệt còn rất ít, đội ngũ cán bộ xây dựng chiến lược và có đầu óc thực thi còn hạn chế.
- Phân bổ nguồn lực: sự phân bổ vào các nguồn lực bên trong công ty tuy đã phù hợp nhưng vẫn chưa có đồng bộ giữa các bộ phận, mới chỉ có bộ phận nào thực thi bộ phận ấy. Hệ thống cơ sở vật chất còn mang tính chất phục vụ kinh doanh cơ bản, các hệ thống đạt tiêu chuẩn còn cần phải bổ sung.