Hầu hết các quốc gia trên thế giới đều hướng tới mục tiêu đơn giản hóa thủ tục hải quan. Điều quan trọng trong việc xây dựng các quy trình thủ tục hải quan hiện đại là phải đơn giản hóa thủ tục ở cả cơ quan Hải quan và các bên có liên quan, tạo thuận lợi cho Hải quan, nhưng không gây khó khăn cho cộng đồng doanh nghiệp. Quá trình này cần có sự hỗ trợ từ nhiều cơ quan, tổ chức và cá nhân có liên quan.
Thứ nhất, có thể đơn giản hóa thủ tục bằng cách cho phép doanh nghiệp
thông quan trước khi hàng đến, áp dụng tiêu chuẩn doanh nghiệp ưu tiên đặc biệt. Dựa trên cơ sở tự đánh giá, các doanh nghiệp tuân thủ khai báo hồ sơ, giải quyết vấn đề vướng mắc trước khi hàng đến thông qua hệ thống khai hải quan điện tử, tiết kiệm được thời gian và chi phí cho cả cơ quan Hải quan và doanh nghiệp.
Thứ hai, việc thu nộp thuế XNK, lệ phí làm thủ tục của doanh nghiệp có thể
đơn giản hơn nếu luật pháp cho phép doanh nghiệp thanh toán một lần các khoản phải nộp trong tháng hoặc trong một thời gian nhất định thay vì phải thanh toán từng lô hàng riêng rẽ theo thời gian ân hạn thuế như quy định hiện hành.
Việc sớm tăng cường và đẩy nhanh áp dụng quy trình xử lý hải quan dựa trên CNTT đóng vai trò thiết yếu đối với thành công của hiện đại hóa. Tự động hoá toàn bộ thủ tục thông quan cũng như thiết lập các hệ thống kiểm toán và kiểm soát dựa trên quản lý rủi ro phụ thuộc lớn vào việc sử dụng hợp lý CNTT. Tất cả những hoạt động này chuẩn bị cho việc hợp lý hóa và đơn giản hoá các thủ tục hải quan nhằm giảm bớt tỷ lệ kiểm tra thực tế hàng hoá, giúp giảm bớt sự tiếp xúc trực tiếp giữa cán bộ Hải quan và doanh nghiệp, nhờ đó giảm khả năng ra các quyết định mang tính thỏa hiệp là nguồn gốc của tham nhũng.