Hiện nay, Cục Hải quan Lạng Sơn đang triển khai 18 phần mềm ứng dụng, gồm: các phần mềm ứng dụng nội bộ như Net-office, quản lý cán bộ 4.0, kế toán tài chính, quản lý tài sản, Website Hải quan Lạng Sơn...; phần mềm ứng dụng tác nghiệp như quản lý tờ khai và số liệu XNK, quản lý và theo dõi nợ thuế KTT559, quản lý thông tin giá tính thuế GTT22... Mỗi hệ thống thực hiện một số chức năng hỗ trợ công tác nghiệp vụ hải quan, như phần mềm Tra cứu mã số
hóa nhanh, giải quyết các tranh chấp về phân loại hàng hóa chính xác, đúng pháp luật; phần mềm ứng dụng Thống kê tập trung kiểm tra xác định xuất xứ hàng hóa, đảm bảo cho hàng hóa được hưởng các ưu đãi thuế quan và thương mại phù hợp với các chế độ chính sách hiện hành và theo đúng quy định của pháp luật; hệ thống Net-office cho phép thực hiện chế độ báo cáo điện tử, khai thác các văn bản đi, đến trên mạng nội bộ. Các phần mềm ứng dụng này đã góp phần giảm bớt nhân lực, chi phí hành chính, tạo thói quen làm việc văn minh, hiện đại, hiệu quả.
Đặc biệt, năm 2009, bộ phận cán bộ tin học Cục đã xây dựng phát triển phần mềm ứng dụng với 02 sản phẩm Website Hải quan Lạng Sơn và phần mềm
Quản lý nợ chứng từ.
Về hệ thống mạng, hiện nay, Hải quan Lạng Sơn đã có hệ thống mạng diện rộng WAN kết nối tất cả các Chi cục Hải quan với Tổng cục, năm 2009, tốc độ đường truyền đã được nâng cấp từ 128Kbps lên 2048Kbps; hệ thống mạng nội bộ - LAN cũng đã được trang bị cho toàn bộ các cửa khẩu và trụ sở Cục Hải quan tỉnh.
Về công tác xây dựng cơ bản hiện đại hóa công sở, tháng 12/2009 đã khởi công xây dựng trụ sở mới của Cục 12 tầng với diện tích 11.000 m2 trị giá khoảng 18 tỷ VNĐ, dự kiến đưa vào sử dụng năm 2012; trụ sở Chi cục Hải quan Tân Thanh 06 tầng và nhà công vụ Hải quan Cốc Nam cũng đã được tiến hành xây dựng; 02 tòa nhà Chi cục Hải quan Bắc Giang gồm 01 tòa nhà làm việc 5 tầng và 01 nhà ở cho cán bộ, công chức 4 tầng đã được xây dựng mới và đưa vào sử dụng từ tháng 07/2010.
Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn cũng đã tiến hành sửa chữa, nâng cấp cơ sở hạ tầng như: trụ sở làm việc, nhà công vụ của Cục và một số Chi cục, đầu tư xây dựng chuồng chó nghiệp vụ tại các đơn vị Chi cục Hải quan cửa khẩu… mua sắm các trang thiết bị hiện đại để phục vụ nhu cầu công tác cải cách, hiện đại hóa Hải quan.