Sự tiêu hóa và trao đổi chất protein, các hợp chất nitơ khác giữa các loài giáp xác khác nhau rất nhiều. Các enzyme tiêu hóa đặc biệt là enzyme tiêu hóa protein ở giáp xác nói chung và của tôm nói riêng khá giống với enzyme có trong dạ dày của cá. Protease ở tôm không có dạng pepsin, chủ yếu ở dạng trypsin và có khả năng hoạt động rất cao. Ngoài ra, còn có enzyme chymotrypsin, actacine. Qua một số nghiên cứu cho thấy enzyme ở tôm nói chung là các protein kiềm tính. Các enzyme này có tính chất chung của enzyme:
- Hòa tan trong nƣớc, dung dịch nƣớc muối và một số dung môi hữu cơ nên dựa vào tính chất này để tách chiết chúng.
- Bị kết tủa thuận nghịch bởi một số muối trung hòa, ethanol, aceton để thu chế phẩm enzyme.
- Hoạt tính của enzyme có thể tăng hay giảm dƣới tác dụng của các chất hoạt hóa hoặc chất ức chế.
- Độ hoạt động của enzyme chịu ảnh hƣởng lớn bởi các yếu tố: nhiệt độ, pH môi trƣờng.
Protease của tôm cũng nhƣ các loài động vật thủy sản khác là các enzyme nội bào, tập trung nhiều nhất ở cơ quan tiêu hóa đến nội tạng và cơ thịt. Do đặc điểm hệ tiêu hóa nội tạng của tôm nằm ở phần đầu nên hệ enzyme tập trung nhiều nhất ở phần đầu.
- Trypsin: Có trong dịch vị tụy tạng, khả năng tác dụng của trypsin khá mạnh với các loại protein có phân tử lƣợng thấp ở các liên kết peptide. Trypsin từ ruột tôm có pH thích hợp là 7,8 ở 38o
C.
- Peptidease, ereptase và các loại khác: Tham gia thủy phân liên kết peptide và các polypeptide. Khả năng tác dụng cũng nhƣ tính đặc hiệu của enzyme này phụ thuộc vào bản chất của các nhóm nằm liền kề bên mối liên kết peptide.
- Cacbonhydrase: Enzyme này xúc tác thủy phân các glucid và glucozit. Ngoài ra, trong đầu tôm có chứa enzyme tiêu hóa chymotrypsin [14] đƣợc sử dụng trong điều trị ung thƣ, ngoài ra trong vỏ tôm còn có một số enzyme khác nhƣ alkaline photphatase, β-N-acetylglucosamidase, deacetylase, chitinase [1] cũng đƣợc ứng dụng nhiều trong thực tế. Đa số các enzyme nội tại trong phế liệu tôm là các enzyme có khả năng xúc tác cho các phản ứng thủy phân cắt mạch protein, cho nên khi tiến hành quá trình thủy phân protein trên đầu tôm cũng cần quan tâm đến enzyme nội tại này.