Căn cứ vào các Nghị định, Thông tư hướng dẫn của các cấp có thẩm quyền có thể phân các cơ quan, đơn vị sử dụng NSNN trên địa bàn thành các loại đơn vị chủ yếu sau:
Một là, Các đơn vị khoán thực hiện khoán theo Nghị định 130/2005/NĐ- CP ngày 17/10/2005 của Chính phủ Quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan Nhà nước.
KSC đối với những đơn vị này thực hiện theo hướng dẫn của Thông tư 18/2006/TT- BTC ngày 13/03/2006 của Bộ Tài chính.
Kiểm soát các khoản chi thực hiện chế độ tự chủ bao gồm: Tiền lương, tiền công, phụ cấp lương, tiền thưởng, phú lợi tập thể, chi thanh toán dịch vụ công cộng, vật tư văn phòng, thông tin, tuyên truyền, liên lạc, hội nghị, công tác phí…Kiểm soát các khoản kinh phí này phải căn cứ vào các điều kiện: Quyết định của các cơ quan có thẩm quyền cho phép đơn vị thực hiện tự chủ chi và nguồn kinh phí được
giao tự chủ, dự toán được duyệt, đã được chuẩn chi. Đơn vị phải xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ và quy chế trả lương thông qua Hội nghị cán bộ công chức.
Các đơn vị thuộc loại này là các đơn vị trực tiếp sử dụng kinh phí quản lý hành chính do NSNN cấp, có tài khoản và con dấu riêng, đó là Tòa án Nhân dân, Viện Kiểm sát nhân dân, các cơ quan chuyên môn thuộc UBND, các cơ quan thuộc Khối Đảng, các tổ chức chính trị - xã hội.
Các loại đơn vị này thực hiện chế độ tự chủ, khoán biên chế được giao theo ngành, đơn vị và xây dựng; thực hiện Quy chế chi tiêu nội bộ, Quy chế quản lý và sử dụng tài sản công để sử dụng kinh phí tự chủ được giao, quản lý sử dụng tài sản công đúng mục đích, tiết kiệm, có hiệu quả và gửi KBNN để làm căn cứ KSC theo quy định. Nguồn kinh phí quản lý hành chính giao để thực hiện chế độ tự chủ gồm: Kinh phí NSNN cấp; các khoản phí, lệ phí được để lại theo chế độ quy định để đảm bảo hoạt động của bộ máy thu phí, lệ phí theo quy định của cơ quan có thẩm quyền; các khoản thu hợp pháp khác theo quy định của pháp luật.
Thủ trưởng đơn vị sử dụng NSNN theo đối tượng này được chủ động bố trí, sử dụng kinh phí được giao để thực hiện chế độ tự chủ theo các nội dung, yêu cầu công việc được giao cho phù hợp để hoàn thành nhiệm vụ, đảm bảo tiết kiệm, hiệu quả; được quyết định mức chi cụ thể cho từng nội dung công việc trong phạm vi kinh phí được cấp có thẩm quyền giao thực hiện tự chủ, song tối đa không vượt quá chế độ, tiêu chuẩn, định mức hiện hành do cơ quan Nhà nước có thẩm quyền quy định.
Các đơn vị này thì VĐT được giao nhưng không thực hiện chế độ tự chủ như: kinh phí đào tạo cán bộ, công chức; kinh phí thực hiện tinh giảm biên chế; kinh phí nghiên cứu khoa học; VĐT XDCB theo dự án được duyệt chấp hành chi theo định mức của cấp có thẩm quyền quy định.
Đối với loại kinh phí giao để thực hiện chế độ tự chủ, hết năm NSNN, trong thời gian chỉnh lý quyết toán, số dư NSNN vẫn được quyết toán vào niên độ năm trước theo quy định. Trường hợp hết thời gian chỉnh lý quyết toán vẫn không đủ điều kiện thanh toán; đơn vị có văn bản đề nghị KBNN chuyển tạm ứng cùng với
việc chuyển nguồn tương ứng sang năm sau để thực hiện thanh toán, quyết toán vào niên độ NS năm sau.
Đối với kinh phí giao không thực hiện chế độ tự chủ, cuối năm không sử dụng hết được xử lý theo các quy định hiện hành.
Đối với việc sử dụng các khoản kinh phí tiết kiệm KBNN thực hiện thanh toán cho đơn vị theo quy chế sử dụng kinh phí tiết kiệm do đơn vị xây dựng phù hợp với các quy định của Nhà nước. Hết năm NS, đơn vị phải thực hiện quyết toán kinh phí tự chủ chi theo đúng mục lục NSNN, có xác nhận số thực chi của KBNN, kèm theo bảng thuyết minh quyết toán năm gồm cả việc phân tích tình hình, nội dung sử dụng kinh phí tiết kiệm được trong năm gửi cơ quan tài chính.
Hai là, các đơn vị sự nghiệp công lập, thực hiện áp dụng cơ chế quản lý tài chính theo Nghị định 43/2006/NĐ- CP ngày 25/4/2006 của Chính phủ quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập.
Thực hiện theo Nghị định này phải phân loại đơn vị sự nghiệp để áp dụng các cơ chế quản lý tài chính khác nhau. Có các loại đơn vị sự nghiệp công lập sau:
Đơn vị có nguồn thu sự nghiệp tự đảm bảo toàn bộ chi phí hoạt động thường xuyên (gọi tắt là đơn vị sự nghiệp tự đảm bảo chi phí hoạt động).
Đơn vị có nguồn thu sự nghiệp tự bảo đảm một phần chi phí hoạt động thường xuyên, phần còn lại được NSNN cấp (gọi tắt là đơn vị sự nghiệp tự bảo đảm một phần chi phí hoạt động).
Đơn vị có nguồn thu sự nghiệp thấp, đơn vị sự nghiệp không có nguồn thu, kinh phí hoạt động thường xuyên theo chức năng, nhiệm vụ do NSNN cấp bảo đảm toàn bộ kinh phí hoạt động (gọi tắt là đơn vị sự nghiệp do NSNN bảo đảm toàn bộ chi phí hoạt động).
Các loại đơn vị sự nghiệp này mở tài khoản tại KBNN để phản ánh các khoản kinh phí thuộc NSNN cấp theo quy định của Luật NSNN; được mở tài khoản tiền gửi tại Ngân hàng hoặc KBNN để phản ánh các khoản thu, chi hoạt động dịch vụ.
Đối với loại đơn vị có nguồn thu sự nghiệp tự đảm bảo toàn bộ chi phí hoạt động và đơn vị tự đảm bảo một phần chi phí hoạt động thường xuyên, nguồn kinh phí được tạo thành từ hai nguồn chủ yếu: nguồn kinh phí do NSNN cấp; nguồn thu từ hoạt động sự nghiệp.
VĐT phục vụ cho hoạt động sự nghiệp theo dự án được cấp có thẩm quyền phê duyệt trong phạm vi dự toán được NSNN giao hàng năm.
Kiểm soát thanh toán đối với một số khoản chi thuộc kinh phí NSNN cấp:
KSC tiền lương và tiền công, lương cấp bậc và lương chức vụ, căn cứ vào dự toán được duyệt để kiểm soát và thanh toán cho đơn vị. Lương tăng thêm từ nguồn thu sự nghiệp và nguồn kinh phí tiết kiệm chi thường xuyên, KBNN căn cứ vào phương án chi trả tiền lương được duyệt để thanh toán cho đơn vị, đảm bảo tổng quỹ lương được duyệt không vượt quá 3 lần so với mức lương tối thiểu chung do Nhà nước quy định (đối với đơn vị tự đảm bảo một phần kinh phí) và không vượt quá 3,5 lần (đối với đơn vị sự nghiệp tự bảo đảm toàn bộ kinh phí).
Chi phí quản lý hành chính, chi hoạt động thường xuyên và các khoản chi khác. KBNN thực hiện chi theo mức chi do Thủ trưởng đơn vị quyết định trong phạm vi nguồn kinh phí sử dụng, phù hợp với quy chế chi tiêu nội bộ và quy chế trả lương đã được Hội nghị cán bộ công chức cơ quan quyết định.
Chi mua sắm xe ô tô, tiêu chuẩn về trụ sở làm việc, chế độ công tác nước ngoài, kinh phí mua sắm và sửa chữa lớn tài sản, chi đầu tư XDCB…KBNN thực hiện kiểm tra, kiểm soát căn cứ vào dự toán, đơn giá, định mức quy định hiện hành.
Trích lập các quỹ của đơn vị, KBNN kiểm tra và thực hiện theo các quy định về mức trích lập của Nhà nước.
Kiểm soát đối với phần thu sự nghiệp để lại đơn vị chi theo quy định:
Đối với khoản thu thuộc NSNN để lại cho đơn vị chi theo quy định, định kỳ hàng quý đơn vị phải lập báo cáo chi tiết các khoản thực thu, thực chi theo mục lục NSNN gửi cơ quan Tài chính để thực hiện ghi thu NSNN và ghi chi cho đơn vị. Căn cứ chứng từ do cơ quan Tài chính chuyển đến, KBNN thực hiện hạch toán thu, chi NSNN.
Ba là, các đơn vị không thuộc hai loại trên
Cơ chế quản lý được thực hiện theo tiêu chuẩn, định mức chung của cấp có thẩm quyền quy định, chịu sự kiểm tra, kiểm soát của KBNN theo Luật NSNN. Đối với loại đơn vị này hết năm NS 31/12 hàng năm, kinh phí không sử dụng hết trong năm không được chuyển sang năm sau.