Những đơn vị tổ chức đấu giá này sử dụng nhiều giao thức đấu giá khác nhau. Các kiểu đấu giá khác nhau dựa trên tính chất trung gian (có hay không đối tượng trung gian), hình thức tương tác giữa các bên tham gia và cách lựa chọn người thắng cuộc. Hiện các hệ thống đấu giá sử dụng một trong các kiểu đấu giá cơ bản sau đây [26]:
Đấu giá kiểu Anh: Đấu giá kiểu Anh là kiểu đấu giá thông dụng nhất.
Người bán đặt ra một giá khởi điểm cho mặt hàng, người mua lần lượt đưa ra giá, lần sau cao hơn lần trước. Hoạt động trả giá sẽ kết thúc khi hết thời hạn đấu giá hoặc không có người mua nào tăng giá trả cho mặt hàng đó. Mặt hàng sẽ được bán cho người trả giá cao nhất với giá đã trả. Đấu giá kiểu Anh cũng cho phép người bán đặt ra giá sàn cho hàng hóa của mình. Đây là loại đấu giá có đối tượng trung gian là người điều khiển đấu giá.
Đấu giá Vickrey: Đấu giá Vickrey tương tự như đấu giá kiểu Anh trong việc bán và trả giá. Điểm khác biệt là một người mua không được biết giá trả của những người mua khác và người trả giá cao nhất là người thắng cuộc và sẽ mua hàng với giá của người trả cao thứ hai. Đây là một dạng đấu giá hay vì người mua sẽ có động lực để trả giá họ cho là xứng đáng với giá trị hàng hóa mà không cần lo lắng tới những người trả giá khác.
Đấu giá kiểu Hà Lan: Người điều khiển đấu giá sẽ bắt đầu quá trình đấu giá với một giá trần và sau đó giảm dần cho tới khi có người chấp nhận giá đưa ra. Đấu giá Hà Lan có ý nghĩa quan trọng trong các ứng dụng thời gian thực, trong đó người bán cần bán sản phẩm trong thời gian ngắn.
Đấu giá Yankee: Đấu giá Yankee là một dạng biến thể của đấu giá kiểu
Hà Lan trong đó người trả giá thành công sẽ trả giá mà họ đã đặt cho mặt hàng chứ không phải giá của người trả thấp nhất được chấp nhận (giống như trong đấu giá kiểu Hà Lan)
Việc lựa chọn giao thức đấu giá nào là quyền của người bán và người tổ chức các phiên đấu giá nhằm vào đối tượng phục vụ của hệ thống. Đấu giá kiểu Anh thì tốt hơn cho người mua trong khi đấu giá kiểu Hà Lan mang lại nhiều lợi ích hơn cho người bán…Đấu giá kiểu Anh là giao thức thường được chọn hơn cả do tính đơn giản, dễ dùng và hiệu quả.