Thứ nhất, Việt Nam chưa tạo được môi trường pháp lý hữu hiệu và hệ thống các quy chế nhằm phù hợp với sự vận động của nguồn vốn ODA nói chung và ODA Nhật Bản nói riêng. Cơ chế chính sách để quản lý và sử dụng còn nhiều bất cập, tạo kẽ hở trong quản lý nhà nước về ODA, gây cản trợ trong quá trình thực hiện dự án.
- Hệ thống chính sách có tính ổn định chưa cao, nhiều quy định chồng chéo, thiếu đồng bộ, tạo kẽ hở. Thêm vào đó, thời gian ban hành văn bản kéo dài, có độ trễ cao.
- Khâu đánh giá sau dự án để xác định tính hiệu quả và lợi ích kinh tế do dự án ODA mang lại còn nhiều hạn chế, chưa có sự quan tâm đúng mức.
- Cơ chế tài chính chưa đáp ứng được yêu cầu ngày càng cao. Thủ tục rườm rà, đặc biệt là trong chính sách về chi phí đền bù giải phóng mặt bằng, chính sách cho vay lại hay chi phí cho chuyên gia và ban quản lý dự án.
- Năng lực của Chính phủ trong việc điều phối và sử dụng nguồn vốn ODA còn hạn chế bởi cơ chế và bộ máy hành chính phức tạp của Việt Nam, những mặt yếu kém trong hoạt
động đầu tư nước ngoài như hệ thống pháp lý còn nhiều bất cập, văn bản dưới luật chưa ổn định và không đồng bộ, công tác quản lý còn non yếu, thủ tục hành chính còn rườm rà, cải tiến chậm, việc thực thi pháp luật, chính sách chưa nghiêm túc.
Thứ hai, việc tổ chức quản lý và điều hành quá trình huy động và sử dụng ODA chưa hợp lý, kéo dài thời gian thực hiện, khiến tốc độ giải ngân chậm, giảm thời gian ân hạn và hiệu quả đầu tư.
- Công tác chuẩn bị dự án thiếu kỹ lưỡng về quy mô, công suất thiết kế… dẫn tới phải điều chỉnh nhiều lần.
- Thời gian thẩm định, phê duyệt dự án kéo dài, chất lượng thẩm định chưa cao, có khi độ trễ quá lớn. Ví dụ như dự án cải tạo và nâng cấp cảng Hải Phòng giai đoạn 2 là dự án ODA lớn nhất tại Hải Phòng với tổng số vốn khoảng 1.800 tỷ đồng. Gần một nửa số vốn này được giành cho gói thầu nạo vét, nâng cấp luồng tàu ra vào cảng dài hơn 40km. Đây là phần việc quan trọng, quyết định tới sự thành công của toàn dự án. Thế nhưng, gói thầu này lại đang đứng trước nguy cơ bị chậm tiến độ, gây thiệt hại lớn về tài chính.
- Công tác giải phóng mặt bằng khi bắt đầu dự án, tái định cư và thủ tục mua sắm tiến hành chậm, nên cho đến khi dự án hoàn thành, đã phải mất nhiều thời gian thi công hơn so với dự kiến.
- Vấn đề vốn đối ứng thiếu và không kịp thời (các dự án ODA đã và đang thực hiện ở Việt Nam, thông thường Nhật Bản góp 85%, Việt Nam góp 15% tổng giá trị dự án). Vốn mà Nhật Bản cho Việt Nam vay trong thực tế không phụ thuộc vào vốn cam kết mà hoàn toàn phụ thuộc vào việc triển khai các dự án vay vốn phía Việt Nam. Theo phân tích, phía Việt Nam còn thiếu quy hoạch, yếu về năng lực điều phối và quản lý các nguồn vốn ODA. Tình trạng thiếu vốn đối ứng cho từng dự án là cản trở cơ bản trong việc triển khai các dự án.
Thứ ba, trình độ và năng lực chuyên môn của các cán bộ tham gia quản lý, điều hành và thực hiện dự án còn hạn chế.
- Hạn chế về chuyên môn – kỹ thuật được thể hiện rõ nhất trong khâu thẩm định. Thực tế một số dự án tín dụng ưu đãi Nhật Bản sau hai bước tiền thẩm định đến thẩm định phải
thay đổi thiết kế. Sự thiếu chuyên môn dẫn tới các quyết định đầu tư trùng lặp, thiếu đồng bộ.
- Ban quản lý dự án chịu trách nhiệm chính trong quản lý nguồn vốn phân bổ, lựa chọn nhà thầu, thực hiện mua sắm, nghiệm thu công việc hoàn thành và quyết định thanh toán cho nhà thầu. Do vậy, đòi hỏi cán bộ quản lý dự án phải có chuyên môn tốt, ngoại ngữ tốt,…
Thứ tư, đối với các dự án hạ tầng cảng biển chỉ sử dụng vốn vay ODA song phương, khó khăn chủ yếu lại do khâu đàm phán hợp đồng tư vấn, thiết kế và thương mại. Một số dự án quy mô lớn nhưng triển khai chậm làm ảnh hưởng đến tình hình giải ngân chung. Ví dụ như dự án cảng Hải Phòng, do nhà thầu cung cấp thiết bị là một công ty Thái Lan đang gặp khó khăn về tài chính nên giao hàng chậm. Một số dự án khác do đàm phán hợp đồng tư vấn chậm.