Có nhiều kit hoặc hóa chất khác nhau đƣợc sử dụng để chiết tách các ARN từ các tế bào máu hoặc nuôi cấy tế bào. Mỗi loại có thể dựa vào các nguyên lý riêng, nhƣng chúng đều cho các kết quả là chất lƣợng ARN tốt, dùng cho các ứng dụng tiếp theo nhƣ các kỹ thuật PCR, microarray, giải trình tự gen,... Trong công trình này chúng tôi chọn phƣơng pháp chiết tách ARN có sử dụng Trizol. Các mẫu
cặn tế bào nuôi cấy đƣợc thu hoạch và bảo quản ở nhiệt độ -800C tại Bộ môn Miễn
dịch-Sinh lý bệnh cho đến khi ARN đƣợc chiết tách.
Để đánh giá chất lƣợng ARN chiết tách đƣợc, ngƣời ta có thể sử dụng các phƣơng pháp gồm: điện đi trong thạch argarose 0.8%, đo OD để tính ra nồng độ và kiểm tra bằng PCR với cặp mồi của gen nội chuẩn. Mặc dù cùng chung một mục đích là đánh giá chất lƣợng, song mỗi phƣơng pháp kiểm tra này có những ƣu điểm và nhƣợc điểm riêng. Hình ảnh điện di cho thấy ARN có trọng lƣợng phân tử của các băng ARNt, trong khi đo mật độ quang học (OD) bằng máy đo quang phổ kế sẽ cho ta biết độ tinh sạch dựa vào tỷ lệ OD260/280 và cho phép tính nồng độ ARN thu đƣợc. Tuy nhiên, do lƣợng tế bào lympho thu đƣợc thấp sau khi tách từ máu toàn phần bởi Ficol, nên mỗi giếng chỉ có 500.000 tế bào. Khi thu hoạch, lƣợng tế bào còn thấp hơn nữa do tế bào chết đi hoặc mất trong quá trình chiết tách, do đó lƣợng ARN thu đƣợc là rất thấp không đo đƣợc OD và không phát hiện tốt bởi điện di. Chúng tôi kiểm tra bằng phản ứng RT-PCR với mồi của gen B2M thì vẫn cho kết quả dƣơng tính với các băng đậm rõ nét (Hình 3.1A). Nhƣ vậy việc xác định sự biểu lộ các gen IL-2 và TNFα bằng phản ứng RT-PCR có độ nhạy cao là khả quan.