Sau khi giành được quyền “quốc gia tự trị”, Singapore đứng trước những thách thức to lớn đối với sự tồn tại và phát triển. Singapore thực hiện giai đoạn công nghiệp hóa thay thế nhập khẩu trong bối cảnh nước láng giềng Malaysia thi hành chiến lược kinh tế hướng nội và thực hiện chính sách bảo hộ nội địa.
Ngay trong những năm đầu phát triển kinh tế, thị trường Malaysia đã được coi là thị trường quan trọng và có tầm ảnh hưởng đến thương mại Singapore. Với nguồn nguyên liệu hiện có ít Singapore nhập khẩu chủ yếu những mặt hàng về nguyên liệu như gỗ, quặng, cao su… từ phía Malaysia. Và ngược lại, Singapore chủ yếu xuất khẩu các mặt hàng công nghệ cao sang Malaysia. Sự tác động qua lại giữa xuất nhập khẩu trong ngoại thương
Malaysia – Singapore kéo dài qua các thời kỳ và thời kỳ này cả hai nước cũng là bạn hàng chiến lược của nhau.
Bảng 1.4: Những thị trường xuất khẩu chủ yếu của Singapore năm 1977
Nước/ Tỷ lệ (%) 1977 Malaysia 14,4 Mỹ 15,4 EU 13,4 Nhật Bản 9,4 Trung Quốc 0,7 Ấn Độ 1,7 Nguồn: http://www.singstat.gov.sg
Từ những năm 1960 và 1970, Singapore là trạm trung chuyển hàng hóa quan trọng của Malaysia, Singapore cũng là nước nhập khẩu một lượng hàng hóa rất lớn của Malaysia và Indonesia (chủ yếu là nguyên liệu thô và hàng sơ chế) để sau đó chế biến và tái xuất.
Tuy nhiên, giai đoạn này do ảnh hưởng bởi mâu thuẫn trong mối quan hệ giữa hai nước, sự cạnh tranh giữa các cảng và do hai nước đang trong giai đoạn tập trung phát triển nền kinh tế riêng nên sự trao đổi thương mại giữa hai nước không đạt được kết quả vượt bậc. Nhưng Malaysia – Singapore vẫn là những đối tác bạn hàng chính trong giai đoạn 1965 – 1981.
Bên cạnh vấn đề kinh tế, vấn đề về quỹ hưu cũng ảnh hưởng tới mối quan hệ song phương giữa hai nước. Quỹ bảo hiểm xã hội Central Provident Fund (CPF) là một kế hoạch an sinh xã hội được ban hành năm 1955 khi Singapore vẫn còn dưới sự cai trị của Anh. CPF liên quan đến sự đóng góp bắt buộc từ người lao động và đơn vị tuyển dụng lao động (thoạt đầu là 5% tiền lương từ cả người lao động và đơn vị tuyển dụng), được thiết kế để tăng tỷ lệ tiết kiệm của đất nước và tạo ra sự đóng góp dài hạn của dân chúng cho đất nước mới. Năm 1968, các qui định của CPF được
nới lỏng để cho phép người dân thu nhập thấp dùng tiền tiết kiệm mua những căn hộ HDB giá rẻ. Từ trước đến nay, hằng ngày có hàng chục ngàn người Malaysia sang Singapore làm việc, người lao động Malaysia thực hiện đầy đủ mọi nghĩa vụ đóng góp bảo hiểm trong đó có đóng góp vào quỹ hưu (CPF) như người Singapore. Về nguyên tắc, người đóng góp chỉ được nhận lại số tiền này khi về hưu.
Việc khấu trừ các quỹ lương hưu của người Malaysia lao động ở Singapore đã khiến cho các nhà chức trách hai bên thêm căng thằng. Sự khác biệt trong quản lý việc thu hồi các tài khoản tiết kiệm CPF cho người lao động, Sabah và Sarawak ai được phép rút tiền tiết kiệm CPF khi người lao động hoàn thành hợp đồng lao động, Singapore đã chỉ ra cho người lao động Malaysia nhận thức được về quyết định này khi họ chấp nhận làm việc tại Singapore. Các điều kiện thu hồi không phải là một hình thức phân biệt đối xử, công nhân Singapore chỉ có thể rút CPF của họ khi họ ở độ tuổi 55, trong khi đó ở bán đào Malaysia người lao động có thể làm như vậy ở mức tuổi 50.
Một trong số những vấn đề mà Malaysia nêu ra là yêu cầu Singapore trả trước số tiền đã đóng góp cho người lao động Malaysia. Về nguyên tắc, Singapore không phản đối nhưng vấn đề chỉ được giải quyết cả gói cùng với các vấn đề khác trong quan hệ hai nước.