• Các nhóm phenol của flavonoid có vai trò trong sự hòa tan các chất và di chuyển dễ dàng qua các màng sinh lý. Một số flavonoid có tác dụng như một số chất chống oxy hóa, bảo vệ acid Ascorbic (vitamin C) – một thành phần quan trọng trong tế bào thực vật. Một số có tác dụng ức chế các enzym và các chất độc của cây.
• Nhiều công trình nghiên cứu về tác dụng ức chế và kích thích sinh trưởng cây của flavonoid. Nhóm chức hydroxy có vai trò quyết định về tác dụng này, ví dụ : trong cây ổi, các flavonoid có nhóm OH ở vị trí 4’ làm tăng cường hoạt tính của enzym trong khi các flavonoid có OH ở 3’ và 4’ lại có tính ức chế. Flavonoid còn tham gia vào sự hô hấp-quang hợp.
• Flavonoid đóng vai trò tạo màu sắc hấp dẫn cho cây, góp phần thúc đẩy sự sinh tồn của cây và phát triển hoa quả. Nhờ hệ thống thị giác đặc biệt, sâu bọ rất nhạy cảm với các màu sắc của cây cỏ. Thực nghiệm cho thấy, các loài ong thích màu xanh và màu vàng, các loài bướm thích màu hồng và trắng, các loài ruồi thích màu trắng, các loài chim sâu thì lại thích màu đỏ. Trong việc tạo màu, các flavon, flavonol, auron, chalcon cho màu vàng, trong khi các anthocyanine cho các màu hồng, đỏ, tím hoặc xanh thẫm.
• Một số flavonoid không màu có trong lá đóng vai trò như một chất bảo vệ cây. Vị đắng và khó chịu của flavonoid làm cho động vật khi ăn mất cảm giác ngon và không thích ăn các loại cây cỏ này. Quercetin với nồng độ rất thấp đã có cảm giác mất ngon, nhưng với liều 0.2% sẽ gây ức chế sự bài tiết nước bọt.