Nuôi trồng thủy sản và canh tác lúa là những dạng sản xuất tạo ra nguồn ô nhiễm diện cho lưu vực sông Nhuệ, sông Đáy khu vực thành phố Hà Nội. Mức độ ô nhiễm diện phụ thuộc vào chế độ sử dụng phân bón và hóa chất bảo vệ thực vật, nguồn thức ăn và phân bố của các vùng canh tác, nuôi trồng.
Hiện nay, số liệu về sử dụng phân bón và hóa chất bảo vệ thực vật sử dụng trong nông nghiệp ở vùng nghiên cứu chưa được tổng hợp cho nên chưa thể đánh giá được thành phần và mức độ ô nhiễm. Tuy nhiên, một số kết quả nghiên cứu đã xác định được thành phần của nước hồi quy canh tác lúa thường chứa các hợp chất nitơ, phốt pho, thuốc trừ sâu và các chất hữu cơ. Mức độ ô nhiễm thay đổi tuỳ từng thời đoạn trong năm, phụ thuộc vào chế độ bón phân và sử dụng hóa chất bảo vệ thực vật. Theo số liệu tính toán của Viện Quy hoạch thủy lợi, lượng nước hồi quy trong canh tác lúa chiếm khoảng từ 10 đến 15% so với tổng lượng nước tưới. Với diện tích canh tác lúa tập trung ở các huyện thuộc hạ lưu, lượng nước hồi quy sẽ tập trung chủ yếu ở vùng này.
Cũng như canh tác lúa, nghiên cứu về ảnh hưởng của nuôi trồng thủy sản đến chất lượng nước ở lưu vực sông Nhuệ, sông Đáy chưa nhiều. Tuy nhiên, theo một số kết quả nghiên cứu bước đầu, ô nhiễm diện do nuôi trồng thủy sản chủ yếu là do lượng thức ăn dư thừa và các chất bài tiết ra trong nuôi trồng. Chất lượng nước ở các khu vực nuôi trồng thủy sản chủ yếu là các hợp chất của nitơ và phôtpho. Phạm vi ô nhiễm môi trường nước cả ở trong và ngoài khu vực nuôi trồng thủy sản. Vùng nghiên cứu có diện tích nuôi trồng thủy sản tập trung chủ yếu ở các huyện Thường
68
Tín, Chương Mỹ, Thanh Trì, Ứng Hòa, Phú Xuyên và Mỹ Đức với diện tích lên tới hơn 4 nghìn ha, chiếm 70% tổng diện tích toàn vùng. Diện tích nuôi trồng thủy sản tập trung chủ yếu ở vùng trung và hạ lưu của vùng nghiên cứu. Do vậy, sự ảnh hưởng của nuôi trồng thủy sản đến chất lượng nước chủ yếu ở vùng trung và hạ lưu vùng nghiên cứu.
Nhìn chung, thành phần chất lượng nước và lượng nước tạo ra trong canh tác lúa và nuôi trồng thủy sản là khó đánh giá. Chỉ có thể xác định định tính dựa vào một số kết quả nghiên cứu trước đây. Tuy vậy, cũng có thể sơ bộ xác định những vùng bị ảnh hưởng dựa và phân bố diện tích canh tác lúa và nuôi trồng thủy sản.