Phát triển du lịch biển tại vịnh Nha Trang cũng đã tạo ra một số tác động tiêu cực, đặc biệt vấn đề rác thải và chất thải/nước thải từ con người. Vấn đề nhận thức và hành vi đối với rác thải của khách du lịch trong một chừng mực nào đĩ cịn hạn chế đã tạo ra ảnh hưởng tiêu cực đến mơi trường biển, nhất là rác thải là vỏ lon nước ngọt/nước giải khát, bia và túi ny-lon mà phải mất thời gian rất lâu qua nhiều thế hệ mới bị phân hủy. Vấn đề nữa là chất thải và nước thải từ con người chủ yếu là người dân sống trên các đảo và một số ít từ khách du lịch. Vấn đề người dân tự xây nhà vệ sinh cá nhân và một số được sự hỗ trợ của BQL là một nỗ lực rất lớn đáng được ghi nhận và nhân rộng. Điều đĩ đã và đang gĩp phần làm mơi trường sinh hoạt và du lịch trở nên vệ sinh và văn hĩa hơn, giúp thu hút khách du lịch hơn. Diện tích đất sử dụng cho các cơng trình cơng cộng vốn đã hẹp cũng là một vấn đề khĩ khăn cho BQL vịnh và chính quyền địa phương. Tuy nhiên, việc lắp đặt một số nhà vệ sinh sinh thái trên đảo, nhất là ở Trí Nguyên là một nỗ lực rất lớn từ BQL vịnh và Ủy ban Nhân phường Vĩnh Nguyên.
Các số liệu quan trắc chất lượng nước biển ven bờ vịnh Nha Trang trong 5 năm (2009 đến 2013) cho thấy chất lượng mơi trường nước ven bờ vịnh Nha Trang ngày càng được cải thiện. Hầu hết, các thơng số ơ nhiễm đều cĩ xu thế ngày giảm. Đặc biệt là hàm lượng chất rắn lơ lửng , coliform cĩ xu thế giảm dần qua các năm. Ngoại trừ, thơng số dầu mỡ khống trong nước biển cĩ xu thế gia tăng.
Nhận thức của cộng đồng về bảo vệ mơi trường ngày càng được nâng cao. Các biện pháp quản lý đã được các cơ quan liên quan, chính quyền thành phố Nha Trang thực thi như quy hoạch nuơi trồng thủy sản hợp lý, nuơi các lồi thủy sản thân thiện với mơi trường, đầu tư cơ sở hạ tầng vật chất trên các khĩm đảo cĩ khu dân cư, các khu du lịch trên đảo đã đầu tư xử lý nước thải, chất thải trước khi thải ra mơi trường, đã triển khai các hoạt động thu gom rác thải từ lồng bè nuơi thủy sản, tại các khu dân cư và khu du lịch trên các đảo đưa về thành phố Nha Trang, quy định các tàu thuyền du lịch phải cĩ các hoạt động thu gom rác thải, nước thải hợp vệ sinh….Tất cả những điều đĩ đã giúp cho chất lượng mơi trường nước trong Vịnh Nha Trang ngày càng được cải thiện. Tuy nhiên, các hoạt động du lịch trên các tuyến đảo trong Vịnh Nha Trang đã làm gia tăng số lượng tàu thuyền tham gia vào hoạt động vận chuyển du khách cũng là một trong những nguyên nhân làm gia tăng hàm lượng dầu
mỡ khống trong nước. Số liệu quan trắc nhiều năm cho thấy sự gia tăng hàm lượng dầu mỡ khống trong nước theo thời gian (khu vực bãi tắm).