Bên cạnh những thành tựu đã đạt được, Công ty TNHH Kiểm toán và định giá Việt Nam vẫn còn một số mặt tồn tại nhất định.
Đến mùa kiểm toán, khi mà hầu hết các doanh nghiệp có nhu cầu sử dụng các dịch vụ như kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán xây dựng cơ bản, thuế, tư vấn… thì công ty thường rơi vào tình trạng thiếu nhân lực, nhân viên trong công ty liên tục chịu nhiều áp lực về công việc để có thể theo đúng kế hoạch hoặc hợp đồng. Tồn tại này khó khắc phục, hậu quả là nhân viên thường xuyên trong trạng thái mệt mỏi, làm việc quá sức, nếu không có sự tập trung cần thiết sẽ dẫn tới việc nhầm lẫn và sai sót nghiêm trọng.
Nguyên nhân của những tồn tại chủ yếu đều xuất phát từ phía khách quan vì kiểm toán là một dịch đặc biệt mang tính thời vụ. Công việc thường ồ ạt vào một số tháng nhất định trong năm. Thực tế này khiến cho mọi công ty kiểm toán, đặc biệt là những công ty có nhiều khách hàng như công ty Kiểm toán và định giá Việt Nam gặp rất nhiều khó khăn vào mùa. Mọi nhân viên phải cố gắng để đảm bảo hoàn thành tốt công việc.
Ngoài ra, việc thu thập thông tin cơ sở về khách hàng được công ty thực hiện chủ yếu qua phỏng vấn Ban giám đốc và nhân viên công ty khách hàng theo bảng mẫu câu hỏi có nội dung về: những thông tin cơ bản về khách hàng, quá trình phát triển, các đối tác thường xuyên, các khoản đầu tư ra bên ngoài…Khi vào mùa kiểm toán với nhiều hợp đồng được ký kết nên kiểm toán viên bị giới hạn về mặt thời gian, kiểm toán viên thường không tiến hành quan sát trực tiếp hoạt động sản xuất
kinh doanh của khách hàng nên tính khách quan cho các thông tin thu thập được không cao.
Sau khi thực hiện tất cả các công đoạn của quá trình lập kế hoạch kiểm toán viên sẽ tổng hợp kết quả và trên cơ sở đó xây dựng một chương trình kiểm toán phù hợp với thực trạng của khách hàng. Tuy nhiên VAE chỉ có một chương trình kiểm toán chung áp dụng cho tất cả các khách hàng kiểm toán, vì vậy nhiều khi chương trình kiểm toán đó không phù hợp với khách hàng có đặc điểm sản xuất kinh doanh đặc thù.
Hơn hết, theo quan điểm cá nhân, em nhận thấy công ty đầu tư dàn trải vào quá nhiều loại hình dịch vụ. Điều này có thể có hiệu quả trong ngắn hạn. Tuy nhiên theo quan điểm của cá nhân, em nhận thấy rằng khi kiểm toán và các loại hình dịch vụ tài chính liên quan còn khá mới mẻ và bó hẹp trong phạm vi kinh tế Việt Nam, khách hàng có thể tìm đến công ty cung cấp nhiều loại hình dịch vụ nhưng trước chuyển biến mạnh mẽ của nền kinh tế, đặc biệt là xu hướng toàn cầu hóa như hiện nay, việc đầu tư dàn trải như vậy sẽ không mang lại nhiều hiệu quả. Điều này đơn giản được giải thích bởi một thực tế, khi sống ở thành phố nhỏ, dân cư thưa thớt, những cửa hàng bán lẻ dạng ‘bách hóa’, cung cấp từ giày dép đến quần áo, mũ nón sẽ được lựa chọn. Tuy nhiên, ở những thành phố lớn, những cửa hàng có tính chuyên môn hóa sẽ được ưa chuộng hơn.