* Tỷ lệ nợ quá hạn có xu hướng tăng
Hoạt động cho vay TDXK trong thời gian qua còn có nhiều khoản vay phát sinh nợ quá hạn và lãi treo. Tỷ lệ nợ quá hạn tăng mạnh trong năm 2011 và chủ yếu tập trung vào nhóm hàng nông, lâm, thủy sản (99,2%).
* Số doanh nghiệp vay vốn và đối tượng mặt hàng vay vốn hạn chế
Trong những năm qua, số doanh nghiệp tiếp xúc và được vay vốn TDXK tại Sở Giao dịch I còn rất ít và không đồng đều giữa các loại hình doanh nghiệp. Tính đến năm 2011 là khoảng trên 10 doanh nghiệp vay vốn. Trong số các doanh nghiệp vay vốn tại SGDI thì Tổng công ty lương thực miền bắc chiếm đến hơn 90% doanh số vay vốn TDXK (SGD I cho vay chương trình Chính phủ xuất khẩu hàng hoá sang Cuba), cho vay đối với số doanh nghiệp còn lại chiếm tỷ trọng vốn vay rất nhỏ.
* Vốn vay chưa hỗ trợ trực tiếp người sản xuất hàng xuất khẩu
Vốn TDXK thường chỉ hỗ trợ cho người kinh doanh, thu mua, chưa hỗ trợ cho những người trực tiếp sản xuất hàng xuất khẩu.
* Hình thức hỗ trợ còn hạn chế.
Trong các hình thức TDXK được quy định thì mới chỉ triển khai được hình thức cho vay nhà xuất khẩu, bao gồm cho vay trước khi giao hàng và cho vay sau khi giao hàng. Trong cho vay nhà xuất khẩu chỉ có một phương thức là cho vay từng lần mà chưa triển khai cho vay theo hạn mức. Các hình thức khác như: Cho vay nhà nhập khẩu, Bảo lãnh TDXK, Bảo lãnh dự thầu và bảo lãnh thực hiện hợp đồng chưa triển khai được.
* Thời gian cho vay còn dài hơn quy định
Khi tiến hành xem xét, thẩm định và duyệt vay đôi khi còn mất nhiều thời gian hơn so với quy định, chỉ triển khai cho vay theo từng món nên chưa đáp ứng được tính cấp thiết của vốn vay phục vụ cho các thương vụ để chớp thời cơ kinh doanh.
* Tính chuyên nghiệp và chất lượng phục vụ chưa cao.
Hệ thống NHPTVN trong đó có SGDI hoạt động theo một hệ thống pháp lý riêng, chịu sự giám sát của Bộ Tài chính, các hoạt động vẫn mang nặng quản lý tài chính. Đối tượng vay vốn và các sản phẩm dịch vụ của ngân hàng bị hạn chế nên không đáp ứng hết nhu cầu đa dạng của khách hàng. Tính chuyên nghiệp, năng lực cán bộ trong hệ thống NHPTVN chưa cao, còn thiếu kinh nghiệm. Vì vậy kết quả của hoạt động cho vay TDXK chưa được như kỳ vọng và đáp ứng yêu cầu thực tế đặt ra.
Quan hệ tín dụng với mốt số khách hàng có uy tín, truyền thống bị gián đoạn. Do tình hình kinh tế thế giới và trong nước rơi vào khủng hoàng, tình trạng khan hiếm về nguồn vốn quý IV/2009, quý I, II/2010 nên các khách hàng vay vốn đã rút hết tài sản thế chấp và chuyển sang quan hệ tín dụng với các Ngân hàng thương mại. Việc mời gọi các khách hàng vay vốn trở lại SGDI gặp khó khăn trong điều kiện lãi suất cho vay TDXK tiệm cận với lãi suất mà khách hàng vay tại các Ngân hàng thương mại và tính chuyên nghiệp của các Ngân hàng thương mại cũng cao hơn.