Với thương hiệu nổi tiếng trong nước và nước ngoài cùng với hoạt động gia nhập thị trường xuất khẩu được Ban lãnh đạo chú trọng, Tổng công ty Thương mại Hà Nội đã liên tục hoàn thành tốt các chỉ tiêu về số lượng,doanh thu và lợi nhuận. Các chỉ tiêu này không ngừng tăng trưởng qua các năm .Mặc dầu vậy, bên cạnh những thành tựu cần phát huy, Tổng công ty vẫn còn một số hạn chế và nguyên nhân như sau :
- Hoạt động nghiên cứu nhu cầu thị trường và dự báo thị trường xuất khẩu trong tương lai của Tổng công ty thực hiện chưa phát huy được hiệu quả ở nhiều khía cạnh như thông tin về thị trường còn thiếu tính khách quan và chưa đầy đủ. Các hoạt động điều tra phân tích thị trường còn mang tính thụ động và chưa theo sát tình hình thực tế của thị trường .
- Công tác quản trị mua hàng còn nhiều khuyết điểm, chưa được nâng cao nên vẫn còn tồn tại những lô hàng có chất lượng chưa cao không đáp ứng được nhu cầu của đối tác nước ngoài. Điều này là do năng lực của cán bộ chuyên trách đảm nhiệm. Nếu làm tốt công tác này thì sẽ tránh được những rủi ro trong việc quản trị mua hàng .
- Do tính đặc thù của sản phẩm thực phẩm chế biến dễ hỏng hơn so với các mặt hàng khác nên đôi khi vẫn còn một số sản phẩm chưa đạt tiêu chuẩn chất lượng được xuất ra nước ngoài .Vì vậy, trong thời gian tới, Tổng công ty cần kiêm tra kỹ lưỡng sản phẩm hơn nữa để tránh làm mất niềm tin từ phía đối tác .
- Nguồn thực phẩm như thịt lợn, hải sản, rau củ quả phụ thuộc rất lớn vào tình hình thời tiết và công tác thú y như kiểm dịch, phòng bệnh...Cho nên nguồn thực phẩm này sẽ khá bấp bênh nếu không được đầu tư, chăm sóc đúng hướng. Hơn nữa, trong thời gian gần đây, tình hình dịch bệnh diễn ra liên tục như dịch tai xanh hay lợn có chất tạo nạc gây hoang mang cho người tiêu dùng. Chính vì vậy ảnh hưởng không nhỏ đến doanh thu và lợi nhuận của Tổng công ty .
- Do đặc thù của thực phẩm chế biến là phải tập kết thực phẩm tại xưởng chế biến nên chi phí cho việc xây dựng nhà xưởng, kho bãi khá tốn kém. Cộng với việc chi phí nhân công cũng đội lên do làm việc trong môi trường vất vả. Tất cả đã làm giá thành sản phẩm xuất khẩu tăng cao hơn và có thể sẽ khó cạnh tranh với các doanh nghiệp cùng ngành khác.
- Hoạt động Marketing và xúc tiến thương mại của Tổng công ty chưa được triển khai một cách đồng bộ và đầy đủ, chưa tạo ra được những hiệu quả nhất định nên đã phần nào gặp khó khăn trong việc tiếp cận và chinh phục với khách hàng mới với thị trường mới .
- Trong các hợp đồng thương mại kí kết với đối tác nước ngoài , Tổng công ty vẫn chủ yếu xuất khẩu giá FOB Hồ Chí Minh hay FOB Hải Phòng,
cho nên mất đi quyền mua bảo hiểm và thuê tàu vận chuyển cho hàng hóa. Đây cũng là hạn chế chung của các doanh nghiệp Việt Nam khi tiến hành các hoạt động xuất khẩu nên hiệu quả xuất khẩu nhìn chung vẫn chưa cao .
- Yếu tố cạnh tranh trên thị trường thế giới ngày càng gay gắt và quyết liệt, các đối thủ cạnh tranh ở các quốc gia khác nhau luôn tìm cách cạnh tranh với nhau bằng nhiều phương thức khác nhau: nâng cao chất lượng sản phẩm hàng hoá dịch vụ xuất khẩu, giảm giá thành sản phẩm, tạo thương hiệu trong kinh doanh. Điều này luôn đặt ra cho Tổng công ty cần phải có cơ chế quản lý phù hợp với nhu cầu của thị trường quốc tế, luôn phải nâng cao chất lượng sản phẩm và các yếu tố khác có liên quan đến hoạt động xuất khẩu và phát triển thị trường xuất khẩu .