Các trình tự của chim yến (bao gồm cả các trình tự lấy từ GenBank, khơng bao gồm nhĩm ngoại) sau khi đƣợc giĩng hàng và cắt bỏ các đoạn nucleotide thừa, đƣợc chuyển sang phần mềm DnaSP v.5.10 (Rozas và cs., 2003) để thực hiện các tính tốn về đa dạng haplotype. Kết quả nhƣ sau:
a. Khảo sát đa dạng haplotype riêng cho từng khu vực:
- Trong số 29 trình tự mtDNA (691 bp) từ các mẫu yến Khánh Hịa (yến đảo và yến nhà) quan sát thấy cĩ 7 haplotype (H = 7) với đa dạng haplotype Hd = 0,722±0,057, đa dạng nucleotide π = 0,00563, số lƣợng vị trí đa hình (polymorphic sites) S = 15, số đột biến η = 16, số nucleotide khác biệt trung bình k = 3,892.
- Trong số 17 trình tự mtDNA (691 bp) từ các mẫu yến Trảng Bom – Đồng Nai quan sát thấy cĩ 5 haplotype (H = 5) với đa dạng haplotype Hd = 0,581±0,131, đa dạng nucleotide π = 0,00321, số lƣợng vị trí đa hình (polymorphic sites) S = 13, số đột biến η = 13, số nucleotide khác biệt trung bình k = 2,221.
- Trong số 17 trình tự mtDNA (691 bp) từ các mẫu yến Kiên Giang quan sát thấy cĩ 2 haplotype (H = 2) với đa dạng haplotype Hd = 0,441±0,098, đa dạng nucleotide π = 0,00319, số lƣợng vị trí đa hình (polymorphic sites) S = 5, số đột biến η = 5, số nucleotide khác biệt trung bình k = 2,206.
- Trong số 12 trình tự mtDNA (691 bp) từ các mẫu yến Cơn Đảo quan sát thấy cĩ 3 haplotype (H = 3) với đa dạng haplotype Hd = 0,530±0,136, đa dạng nucleotide π = 0,00164, số lƣợng vị trí đa hình (polymorphic sites) S = 3, số đột biến η = 3, số nucleotide khác biệt trung bình k = 1,136.
b. Khảo sát đa dạng haplotype cho chất cả các mẫu:
- Trong số 75 trình tự gen thu đƣợc ở Khánh Hịa, Cơn Đảo, Trảng Bom – Đồng Nai (tất cả đều là 691 bp), quan sát thấy cĩ 12 haplotype (H = 12) với đa dạng
haplotype Hd = 0,798±0,028, đa dạng nucleotide π = 0,00812, số lƣợng vị trí đa hình (polymorphic sites) S = 18, số đột biến η = 20, số nucleotide khác biệt trung bình k = 5,614.
- Khi sử dụng 75 trình tự gen thu đƣợc ở Khánh Hịa, Cơn Đảo, Trảng Bom – Đồng Nai và Kiên Giang và 9 trình tự từ Genbank (tất cả đều là 622 bp), quan sát thấy cĩ 13 haplotype (H = 13) với đa dạng haplotype Hd = 0,799±0,028, đa dạng nucleotide π = 0,00823, số lƣợng vị trí đa hình (polymorphic sites) S = 18, số đột biến η = 20, số nucleotide khác biệt trung bình k = 5,121.
- Trong tổng số 13 haplotype thì yến Khánh Hịa cĩ mặt trong 7 haplotype, Cơn Đảo cĩ trong 3 haplotype, Trảng Bom cĩ trong 5 haplotype và Kiên Giang cĩ trong 2 haplotype. Haplotype chung (ancestor haplotype) đƣợc chia sẻ bởi các quần thể, bao gồm Trảng Bom – Đồng Nai (11), Kiên Giang (12), yến Nhà Khánh Hịa (2), A. f. amechanus (2), A. f. germani (2), A. f. vestitus (1). Các
trình tự sử dụng đều thuộc về lồi chim yến A. fuciphagus nên các cá thể ở khu vực Trảng Bom – Đồng Nai, Kiên Giang và yến nhà Khánh Hịa cũng nhƣ các trình tự yến lấy từ Genbank (nguồn gốc từ Malaysia và Indonesia) chia sẻ 1 haplotype tổ tiên. Tuy nhiên, quần thể yến đảo Khánh Hịa và Cơn Đảo khơng cĩ sự hiện diện của haplotype này.
Bảng 3.1: Các giá trị phân tích Cytb mtDNA chim yến Aerodramus spp.
Vùng thu mẫu
( hoặc Nghiên cứu) S
Đa dạng di truyền k η Hd π Khánh Hịa (691bp) 29 15 3,892 16 0,722±0,057 0.00563 Khánh Hịa (155 Thống Nhất, Nha Trang) (691 bp) 16 14 5,550 15 0,742±0,104 0.00803 Khánh Hịa (Đảo A2, A6) (691bp) 13 2 0,615 2 0,564±0,112 0.00089
Trảng Bom – Đồng
Nai (691bp) 17 13 2,221 13 0,581±0,131 0,00321 Kiên Giang (691bp) 17 5 2,206 5 0,441±0,098 0,00319 Cơn Đảo (691bp) 12 3 1,136 3 0,530±0,136 0,00164 Nghiên cứu hiện tại
(691bp) 75 18 5,614 20 0,798±0,028 0,00812
Nghiên cứu hiện tại
(622bp) 75 18 5,121 20 0,799±0,028 0,00823
Bảng 3.2: Các thơng số và kết quả của quá trình phân tích các trình tự và mơ hình tiến hĩa (best-fit-model) giữa chim yến Việt Nam với chim yến của thế giới.
Thơng số Cyt b mtDNA
Tổng số trình tự
Tổng số Nucleotide dĩng hàng Vị trí khơng đổi
Vị trí khơng mang thơng tin Vị trí mang thơng tin
Mơ hình tiến hĩa Tần suất cân bằng Nucleotide
(A, C, G, T) 87 567 525 5 37 GTR (+G+I) 0,2620, 0,4001, 0,1085, 0,2293 c. Đa dạng quần thể chim yến Aerodramus fuciphagus:
Quần thể Aerodramus fuciphagus tại các vùng địa lý ở Việt Nam cho thấy đa
dạng di truyền ở mức độ thấp (12 haplotype/75 cá thể) với sự khác biệt trình tự tại mỗi khu vực dao động từ 0,2091 đến 1,1326%. Cụ thể nhƣ sau:
Bảng 3.3: Giá trị khác biệt trung bình (%) của các mẫu yến tại các khu vực địa lý khác nhau. STT Khu vực Số mẫu Chiều dài trình tự % khác biệt trung bình giữa các cặp trình tự Số nucleotide khác biệt tƣơng đƣơng 1 Khánh Hịa Yến đảo 13 (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
691 0,2091% 1,44 Yến nhà 16 1,1326% 7,83 2 Trảng Bom – Đồng Nai 17 0,6063% 4,19 3 Kiên Giang 17 0,8% 5,53 4 Cơn Đảo 12 0,3411% 2,36
Tuy nhiên, vẫn cĩ một số mẫu cĩ trình tự giống nhau lên đến 100%, đặc biệt là ở khu vực Kiên Giang (2 haplotype/17 cá thể) cĩ rất nhiều cá thể cĩ trình tự giống nhau. Qua kết quả trên cũng cho thấy sự đa dạng haplotype ở mức độ phân lồi của quần thể Aerodramus fuciphagus trên chỉ thị phân tử Cytb ở Việt Nam khá thấp. Kết quả này phù hợp với nghiên cứu đã cơng bố của Aowphol (2008) trên quần thể chim yến ở Thái Lan.
Hình 3.6: Mạng lƣới haplotype của các phân lồi chim yến (màu sắc mơ tả theo các vùng địa lý). Kích thƣớc các haplotype (hình trịn) tỉ lệ thuận với số lƣợng cá thể bên trong. Vị trí các số liệu màu đỏ tƣợng trƣng cho các sự kiện