Cytb là một trong những cytochrome tham gia vào quá trình vận chuyển electron trong chuỗi hơ hấp ty thể. Cytb chứa 8 xoắn màng kết nối bởi vùng intramembrane hoặc extramembrane (hình 1.6). Cytb chỉ đƣợc mã hĩa bởi DNA ty thể (Esposti và cs., 1993).
Hình 1.6: Cấu trúc của protein cytochrome b(Kvist, 2000).
Gen cytb đƣợc sử dụng rộng rãi nhất trong việc phát sinh lồi vì nhiều lý do. Mặc dù phát triển chậm ở những vị trí bảo tồn, tuy nhiên ở các vị trí im lặng, tốc độ tiến hĩa lại rất nhanh (Irwin và cs., 1991). Việc sử dụng rộng rãi cytb trong các nghiên cứu đã dần hình thành nên một thƣớc đo chung, khi mà các nghiên cứu cĩ thể dễ dàng so sánh với nhau khi cùng nghiên cứu về cytb. Mức độ đa dạng của cytb đƣợc cho là đủ mức ý nghĩa cho các nghiên cứu ở mức độ quần thể trong khi đối với mức độ bảo tồn, cytb cũng đủ mức ý nghĩa để làm rõ các mối quan hệ phát sinh lồi. Tuy nhiên, cytb nĩi chung vẫn tiến hĩa chậm vì một số vùng trên gen này bảo tồn hơn những vùng khác do giới hạn về mặt chức năng (Meyer, 1994).
Cho đến nay, cytb là gen đƣợc sử dụng phổ biến nhất, cung cấp nguồn dữ liệu lớn nhất về các nghiên cứu trên gia cầm. Mặc dù sử dụng cytb vẫn cịn những hạn chế lớn, tuy nhiên theo Moore và DeFilippis cho rằng cytb vẫn là lựa chọn tốt nhất để giải quyết những câu hỏi liên quan đến lịch sử tiến hĩa. Sự sai khác di truyền thấp ở các
lồi chim xét ở các đơn vị phân lồi cao so với các lồi động vật cĩ xƣơng sống khác càng tạo điều kiện thuận lợi cho việc sử dụng cytb làm chỉ thị phân tử (Mindell và cs., 1998).