Sau khi đã xử lý thơ các trình tự trên, phần mềm MEGA5 v.5.2 (Tamura và cs., 2011) tiếp tục đƣợc sử dụng để thực hiện các thao tác: giĩng hàng, cắt bỏ các đoạn nucleotide thừa, xây dựng cây phát sinh lồi.
Kết quả phân tích đối với dữ liệu trình tự gen Cytb mtDNA dựa trên phƣơng pháp MP, NJ và ML cho kết quả về cây phát sinh lồi đƣợc trình bày ở hình 3.4 (khơng sử dụng nhĩm ngoại và các trình tự tải về từ GenBank) và hình 3.5 (cĩ sử dụng nhĩm ngoại và các trình tự tải về từ GenBank) với giá trị BT của các thuật tốn MP, NJ và ML lần đƣợc biểu hiện trên các nhánh (MP/NJ/ML). Nhĩm ngoại đƣợc sử dụng trong việc xây cây phát sinh lồi này là lồi A. terraereginae (Lee và cs., 1996) (hình 3.5).
Đối với cây phát sinh lồi chỉ dùng các trình tự từ nghiên cứu hiện tại, các trình tự đều đạt kích thƣớc 691bp. Tuy nhiên khi giĩng hàng với các trình tự từ GenBank, chỉ cịn 567bp đƣợc sử dụng.
Hình 3.4: Cây phát sính lồi dựa trên gen Cytb mtDNA của chim yến Aerodramus fuciphagus thu tại Việt Nam. Các giá trị bootstrap (phân tích MP, NJ và ML) đƣợc biểu thị trên các nhánh (MP/NJ/ML).
Nhĩm 2.2.1
Nhĩm 2.2.2
Qua hình 3.4 cho thấy, trên cây phát sinh lồi xuất hiện 2 nhĩm lớn:
Nhĩm 1: Gồm các mẫu yến Trảng Bom – Đồng Nai, Kiên Giang, yến nhà Khánh Hịa và các mẫu yến từ Malaysia (A. f. amechanus, A. f. germani), Indonesia (A.
f. vestitus). Nhĩm này phân tách thành 2 nhĩm nhỏ hơn là nhĩm 1.1 và 1.2. Nhĩm 1.1
cĩ sự hiện diện của cả các mẫu yến từ Trảng Bom – Đồng Nai, Kiên Giang và yến nhà Khánh Hịa (giá trị BT: 88/87/85). Trong nhĩm 1.1 lại đƣợc chia thêm một nhĩm nhỏ hơn (nhĩm 1.1.1) với sự hiện diện của các mẫu từ Trảng Bom – Đồng Nai và Khánh Hịa (yến nhà). Nhĩm 1.2 cĩ sự xuất hiện của các mẫu yến Trảng Bom – Đồng Nai và Kiên Giang (giá trị BT: 93/88/94). Ngồi ra trong nhĩm này cĩ sự xuất hiện của 01 mẫu yến nhà ở Khánh Hịa.
Nhĩm 2: Gồm các mẫu yến Khánh Hịa (yến đảo và yến nhà) và yến Cơn Đảo. Nhĩm này phân tách này 2 nhĩm nhỏ hơn là nhĩm 2.1 và 2.2. Trong nhĩm 2.1 chỉ hiện diện các mẫu yến từ Cơn Đảo, nhĩm này phân tách rõ ràng với nhĩm 2.2. Trong nhĩm 2.2 bao gồm cả yến Khánh Hịa (yến đảo và yến nhà) và yến Cơn Đảo. Trong nhĩm này cĩ sự phân tách thành 2 nhĩm nhỏ hơn, tạo thành nhĩm 2.2.1 và nhĩm 2.2.2. Nhĩm 2.2.1 chỉ gồm các mẫu yến Khánh Hịa, trong đĩ số lƣợng mẫu yến nhà Khánh Hịa nhiều hơn. Nhĩm 2.2.2 gồm cả yến Khánh Hịa và yến Cơn Đảo, trong đĩ yến nhà Khánh Hịa chỉ hiện diện 2 mẫu. Nhƣ vậy, đây cĩ thể là sự phân tách giữa nhĩm yến nhà và yến đảo.
Kết quả trên đây đƣợc thành lập khi khơng sử dụng các trình tự của các lồi A. f.
germani, A. f. vestitus, A. f. amechanus cũng nhƣ nhĩm ngoại lấy từ GenBank. Khi sử
dụng kết hợp cả các trình tự này, kết quả xây dựng cây phát sinh lồi cĩ thay đổi nhƣ sau (hình 3.5):
Hình 3.5: Cây phát sinh lồi dựa trên gen Cytb mtDNA của chim yến Aerodramus fuciphagus thu tại Việt Nam. A. terraereginae đƣợc sử dụng làm nhĩm ngoại (Lee và cs., 1996). Các giá trị bootstrap (phân tích MP, NJ và ML) đƣợc
Qua hình 3.5 cho thấy, trên cây phát sinh lồi xuất hiện 3 nhĩm lớn:
Nhĩm 1: Bao gồm các mẫu yến Khánh Hịa (yến nhà và yến đảo) và yến Cơn Đảo (giá trị BT: 95/95/99). Trong nhĩm này khơng thấy sự hiện diện của các mẫu trình tự tải về từ GenBank. Cấu trúc nhĩm này tƣơng tự nhƣ nhĩm 2 của hình 3.4.
Nhĩm 2: Bao gồm các mẫu yến Trảng Bom – Đồng Nai và Kiên Giang (giá trị BT: 93/95/94). Trong nhĩm này cĩ sự hiện diện của các phân lồi A. f. amechanus và
A. f. vestitus tải về từ GenBank. Về cấu trúc, nhĩm này tƣơng tự với nhĩm 1.2 của hình
3.4. Tuy nhiên ở hình này, vị trí của nhĩm đã đƣợc dịch chuyển về gần với nhĩm yến Khánh Hịa hơn so với hình 3.4.
Nhĩm 3: Bao gồm các mẫu yến Trảng Bom – Đồng Nai, Kiên Giang và các phân lồi A. f. amechanus, A. f. germani, A. f. vestitus tải về từ GenBank.
Nhƣ vậy, qua hình ảnh của cây phát sinh lồi cho thấy sự phân tách rõ ràng các mẫu yến theo khu vực địa lý khi khơng cĩ sự hiện diện của các trình tự tải về từ GenBank hay nhĩm ngoại. Các mẫu yến Trảng Bom – Đồng Nai và Kiên Giang cĩ sự phân tách rõ ràng đối với các mẫu yến Khánh Hịa, đặc biệt là các mẫu yến Kiên Giang (khơng cĩ mẫu Kiên Giang nào xuất hiện trong nhánh tập trung nhiều mẫu yến Khánh Hịa).
Theo hình 3.5, các mẫu yến Kiên Giang cĩ khả năng là phân lồi A. f. amechanus (giá trị BT: 67/61/65) trong khi mẫu chim yến tại Trảng Bom – Đồng Nai
cĩ khả năng là phân lồi A. f. vestitus (giá trị BT: 93/95/94), tuy nhiên kết quả chƣa
thật sự rõ ràng vì sự xuất hiện của các mẫu từ Khánh Hịa trong nhĩm yến Trảng Bom – Đồng Nai.
Yến Cơn Đảo và yến đảo Khánh Hịa cĩ khả năng là các phân lồi gần gũi với nhau. Sự phân tách giữa yến nhà và yến đảo Khánh Hịa rõ ràng, và giống với kết quả nghiên cứu của Phan Thị Huyền Trân và cs. (2012).