Khi trình tự tồn bộ hệ gen ty thể gia cầm đƣợc cơng bố lần đầu tiên năm 1990, việc nghiên cứu DNA ty thể chim đƣợc phát triển tƣơng đối rộng rãi với hàng trăm trình tự đƣợc đăng kí trên GenBank. Trình tự hệ gen ty thể đã đƣợc sử dụng thành cơng trong việc xác định đa dạng di truyền của các quần thể chim trên thế giới. Những dữ liệu này đã gĩp phần giúp hiểu rõ hơn về mối quan hệ di truyền giữa các lồi chim.
Dƣới đây là một vài nghiên cứu cụ thể đƣợc tiến hành trên một số lồi thuộc Bộ Chim (Apodiformes):
- Irwin và cs (1991) sử dụng kĩ thuật PCR khuếch đại đoạn DNA ty thể từ 100 lồi động vật: động vật cĩ vú, chim, lƣỡng cƣ, cá và một số động vật khơng xƣơng sống (Irwin và cs., 1991).
- Lee và cs (1996) đã xây dựng một cây phát sinh lồi độc lập với những nghiên cứu khác bằng cách sử dụng chuỗi DNA ty thể cytochrome b từ chim yến và các lồi cùng họ yến để kiểm tra độ tin cậy của những đặc điểm tập tính, hình thái, khả năng định vị bằng tiếng vang (Lee và cs., 1996).
- Phillip và cs (1994), đã tách chiết và khuếch đại chuỗi DNA từ lơng cho trình tự DNA chất lƣợng cao. Nghiên cứu nhằm sử dụng một đoạn trình tự DNA của gen DNA ty thể cytochrome b nơi cĩ nhiều thay đổi và xây dựng cây phát sinh lồi (Phillip và cs., 1994).
- Nguyen và cs (2002) cơng bố tài liệu về các nghiên cứu liên quan đến quần thể chim yến tổ đen và chim yến tổ trắng cùng một số nghiên cứu liên quan đến quần thể chim yến tại Việt Nam. Nghiên cứu bao gồm nhiều nội dung nhƣ: phân tích các đặc điểm nhận diện các lồi chim yến nhƣ hình thái, khả năng định vị bằng tiếng vang; Các đặc điểm về tiến hĩa và phát triển của chim yến; Ngồi ra tài liệu này cịn đề cập đến một số đặc điểm về sinh học của các lồi chim yến (Nguyen và cs., 2002).
- Thomassen và cs (2005) xây dựng phát sinh lồi chim yến bằng phân tích riêng biệt và kết hợp ba trình tự: ty thể 12S rRNA, beta-fibrinogen intron 7 (Fib 7) và Cytb của 6 lồi chim yến lớn, 2 lồi chim yến nhỏ và một nhĩm của lồi chim ruồi. Kết quả là lồi Hydrochous gigas xếp gần gũi với nhánh Aerodramus và
các nhĩm yến tạo thành nhánh đồng nhất (monophyletic group) (Thomassen và cs., 2005).
- Cũng trong năm 2005, Thomassen và cs đã cơng bố nghiên cứu về việc sử dụng tiếng vang (echolocate) của chim yến và khả năng phát ra âm thanh của các quần thể khác nhau giữa các lồi cĩ thể đƣợc dùng trong phát sinh lồi. Nghiên cứu đã kết hợp âm thanh phát ra của 8 lồi chim yến và khả năng phát ra âm thanh của 27 lồi yến nhỏ khơng cĩ âm dội và yến lớn cĩ âm dội. Nghiên cứu dựa trên thuật tốn Maximum parsimony (MP) và lập bản đồ đặc trƣng để điều tra tín hiệu phát sinh lồi và các mơ hình tiến hĩa của sự xƣớng âm chim yến. Tuy nhiên, kết quả cuối cùng cho thấy khả năng phát ra âm thanh khơng đƣợc xem là thơng tin phát sinh lồi. Việc lập bản đồ đặc điểm khả năng phát ra âm thanh dựa trên cây MP cho thấy mơ hình phát sinh lồi khơng phù hợp (Thomassen, 2005).
- Aowphol và cs (2008) nghiên cứu khảo sát mơ hình về sự khác biệt di truyền trong hai gen mtDNA (Cytb và ND2) và 8 chỉ thị microsatellites (lặp lại trình tự đơn giản) giữa và trong các quần đàn của lồi Aerodramus fuciphagus từ đàn
nhân tạo đƣợc hình thành ở Thái Lan. Nghiên cứu đƣợc thực hiện bằng cách lấy mẫu 10 đàn chim yến làm tổ trắng dọc theo bờ biển của Vịnh Thái Lan và biển Andaman ở Thái Lan trong thời gian từ năm 2003 – 2006. Sự đa dạng di truyền của mtDNA là rất thấp và giá trị PhiST và FST đáng kể đã đƣợc tìm thấy giữa các cặp của đàn. Phân tích mối quan hệ haplotype khơng cho thấy cấu trúc di truyền qua phân phối mẫu. Mức độ đa dạng di truyền cho các chỉ thị microsatellites là cao, nhƣng giá trị FST là khơng đáng kể. Việc thiếu sự khác biệt di truyền giữa các đàn chim yến nhà cĩ thể là kết quả của di chuyển gen cao giữa các bầy đàn và quy mơ quần thể lớn. Kết quả nghiên cứu cho rằng lồi Aerodramus fuciphagus sống nhân tạo gần đây đã thành lập đàn ở Thái Lan nên đƣợc xem là
thành viên của một quần thể giao phối ngẫu nhiên. Mở ra hƣớng nghiên cứu mới là xác định xem sự giao phối ngẫu nhiên này là ổn định hay chỉ là kết quả tạm thời của sự phát triển số lƣợng các đàn (Aowphol và cs., 2008).