Các nguyên tắc cơ bản của Bộ luật Tố tụng hình sự 2003 gồm 30 nguyên tắc được quy định từ Điều 3 đến Điều 32.
Về cơ bản, các nguyên tắc cơ bản của Bộ luật Tố tụng hình sự 2003 là những nguyên tắc quan trọng, chủ đạo trong hoạt động tố tụng hình sự mà mọi chủ thể tham gia vào quá trình tố tụng hình sự, mọi cơ quan, tổ chức hoặc cá nhân phải quán triệt và tuân thủ để đảm bảo thực hiện nhiệm vụ của Bộ luật Tố tụng hình sự là nhằm chủ động phòng ngừa ngăn chặn tội phạm, phát hiện chính xác, nhanh chóng và xử lý công minh, kịp thời mọi hành vi phạm tội, không để lọt tội phạm, không làm oan người vô tội.
So với Bộ luật Tố tụng hình sự năm 1988 thì trong Bộ luật Tố tụng hình sự 2003 những nguyên tắc cơ bản của tố tụng hình sự tiếp tục được quy định thành một chương riêng (chương II). Bên cạnh một số nguyên tắc được quy định trong Bộ luật Tố tụng hình sự năm 1988 vẫn còn phù hợp và được giữ nguyên, trong Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2003 đã có sửa đổi, bổ sung một số nội dung trong một số nguyên tắc đồng thời xây dựng mới một số nguyên tắc của tố tụng hình sự. Cụ thể:
-Bảo đảm pháp chế xã hội chủ nghĩa trong tố tụng hình sự (Điều 3); -Tôn trọng và bảo vệ các quyền cơ bản của công dân (Điều 4); -Đảm bảo quyền bình đẳng của mọi công dân trước pháp luật;
-Đảm bảo quyền bất khả xâm phạm về thân thể của công dân (Điều 6); -Bảo hộ tính mạng, sức khỏe, danh dự, nhân phẩm, tài sản của công dân (Điều 7);
-Tòa án xét xử tập thể (Điều 8);
-Không ai bị coi là có tội khi chưa có bản án kết tội của Tòa án đã có hiệu lực pháp luật (Điều 9);
-Bảo đảm quyền bào chữa của người bị tạm giữ, bị can, bị cáo (Điều 11); -Trách nhiệm của cơ quan tiến hành tố tụng, người tiến hành tố tụng (Điều 12);
-Bảo đảm sự vô tư của những người tiến hành hoặc người tham gia tố tụng hình sự (Điều 14);
-Thẩm phán và hội thẩm xét xử độc lập và chỉ tuân theo pháp luật (Điều 16);
-Xét xử công khai (Điều 18);
-Bảo đảm quyền bình đẳng trước Tòa án (Điều 19);
-Bảo đảm hiệu lực của bản án và quyết định của Tòa án (Điều 22); -Tiếng nói và chữ viết dùng trong tố tụng hình sự (Điều 25);
-Bảo đảm quyền khiếu nại, tố cáo trong tố tụng hình sự (Điều 31);... Riêng đối với xét xử phúc thẩm, ngoài những nguyên tắc cơ bản quan trọng được quy định xuyên suốt trong Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2003 thì nguyên tắc "Thực hiện chế độ hai cấp xét xử" (Điều 20) mới được bổ sung rất quan trọng đối với chế định này.
Nguyên tắc này khẳng định:
Tòa án thực hiện chế độ hai cấp xét xử.
Bản án, quyết định sơ thẩm của Tòa án có thể bị kháng cáo, kháng nghị theo quy định của Bộ luật này.
Bản án, quyết định sơ thẩm không bị kháng cáo, kháng nghị trong thời hạn do Bộ luật này quy định thì có hiệu lực pháp luật. Đối với bản án, quyết định sơ thẩm bị kháng cáo, kháng nghị thì vụ án phải được xét xử phúc thẩm. Bản án, quyết định phúc thẩm có hiệu lực pháp luật.
Đối với bản án, quyết định của Tòa án đã có hiệu lực pháp luật mà phát hiện có vi phạm pháp luật hoặc có tình tiết mới thì được xem xét lại theo thủ tục giám đốc thẩm hoặc tái thẩm [35].
Việc bổ sung nguyên tắc này không chỉ là để thể chế hóa tinh thần Nghị quyết Hội nghị lần thứ ba Ban Chấp hành Trung ương Đảng khóa VIII ngày 18.6.1997 và để đồng bộ với quy định của Luật tổ chức Tòa án nhân dân năm 2002 mà còn khẳng định rõ hoạt động xét xử vụ án hình sự ở Việt Nam được thực hiện theo hai cấp: cấp sơ thẩm và cấp phúc thẩm. Giám đốc thẩm hoặc tái thẩm không phải là một cấp xét xử như quan niệm của một số người mà chỉ là thủ tục xem xét lại bản án, quyết định của Tòa án đã có hiệu lực pháp luật khi phát hiện có vi phạm pháp luật hoặc có tình tiết mới.