Chọn lọc là một quá trình quan trọng trong chọn tạo giống để hoàn thiện một hay nhiều đặc trưng của cây trồng. Đây là quá trình giữ lại các kiểu gen mong muốn và loại bỏ các kiểu gen không phù hợp. Trong một quần thể, qua việc chọn lọc các tính trạng kiểu hình có thể nhận biết được thì tần số kiểu gen bị biến đổi. Các biến đổi này tiếp tục được nhân lên nhờ quá trình sinh sản hữu tính hình thành quần thể mới [6],[21].
Chọn giống cây trồng là một hoạt động thường xuyên từ xa xưa của các nước nông nghiệp. Từ các quần thể cây hoang dại, qua quá trình thuần hóa, chọn lọc các tính trạng phù hợp với nhu cầu của mình, con người đã tạo ra quần thể các loài cây trồng có đặc tính khác biệt so với quần thể gốc, thậm chí đến mức hình thành một loài mới. Ngày nay, nhờ các tiến bộ trong sinh học phân tử, người ta có thể rút ngắn thời gian chọn lọc bằng cách sử dụng kỹ thuật di truyền trong chọn lọc giống cây trồng bên cạnh phương pháp chọn lọc trên kiểu hình trước đây [2],[13].
Tổ chức bộ gen của thực vật có thể phức tạp hơn những bộ gen đã được nghiên cứu của phần lớn các cơ thể nhân thực khác. Độ phức tạp này không chỉ thể hiện ở mức độ trình tự và số lượng nucleotit mà còn ở mức độ nhiễm sắc thể. Ở thực vật, sự nhân đôi toàn bộ bộ nhiễm sắc thể có thể dẫn đến sự biến đổi chỉ số mức bội thể (variable ploidy number) thậm chí bên trong một giống nào đó [13]. Khi cây thích nghi với môi trường không đồng nhất, lượng biến dị di truyền có thể đóng góp đáng kể cho sự sống còn và cho khả năng nhân lên của chúng. Nhìn chung, cỡ hệ gen thực vật (cả số nhiễm sắc thể và số lượng, thành phần nucleotide) thể hiện sự biến dị lớn nhất so với mọi giới trong thế giới sinh vật [13].