2. Mục tiờu và nội dung nghiờn cứu
3.5.2. Kết quả truy cập Ngõn hàng gen
Chuỗi nucleotide của đoạn gen ARN-polymerase (pol) cú kớch thƣớc 170 bp của cỏc virus HIV sau khi giải trỡnh tự đƣợc dựng làm chuỗi truy cập trong chƣơng trỡnh Blast của Ngõn hàng gen nhằm tỡm kiếm cỏc chuỗi đớch đó đƣợc đăng ký trong Ngõn hàng gen dựa vào mức độ tƣơng ứng về nucleotide.
Kết quả truy cập đƣợc trỡnh bày ở Bảng 2. Hầu hết cỏc chủng HIV tƣơng đồng đều cú nguồn gốc Chõu Á: Việt Nam, Trung Quốc, Hồng Kụng, Thỏi Lan, Đài Loan…. Qua kết quả truy cập chỳng tụi nhận thấy, cỏc chủng HIV lƣu hành trong vựng Nam Á và Đụng Nam Á cú chung một nguồn gốc.
Số đăng ký Tƣơng đồng truy cập
Điểm tối đa Tổng số điểm Mức độ so sỏnh Hệ số Mức độ tƣơng đồng
AY238114.1 HIV-1 isolate vr82 from Viet Nam reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 100
AY238108.1 HIV-1 isolate vr100 from Viet Nam reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 100 AY238094.1 HIV-1 isolate vr186 from Viet Nam reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 99 AY238086.1 HIV-1 isolate vr124 from Viet Nam reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 99
Bảng 3.8. Kết quả truy cập Ngõn hàng gen chuỗi gen pol sử dụng chƣơng trỡnh
AY238060.1 HIV-1 isolate vr156 from Viet Nam reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 99
AY238058.1 HIV-1 isolate vr153 from Viet Nam reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 98 AY238052.1 HIV-1 isolate vr146 from Viet Nam reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 98 AY238050.1 HIV-1 isolate vr142 from Viet Nam reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 98
AY238049.1 HIV-1 isolate vr140 from Viet Nam reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 98 AY238011.1 HIV-1 isolate vr55 from Viet Nam reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 98 AY238003.1 HIV-1 isolate vr48 from Viet Nam reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 98 AY237999.1 HIV-1 isolate vr43 from Viet Nam reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 98
AY237982.1 HIV-1 isolate vr37 from Viet Nam reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 98 AY237975.1 HIV-1 isolate vr26 from Viet Nam reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 97 AF368824.1 HIV-1 98THMZ44 from Thailand reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 96
DQ130722.1 HIV-1 isolate G743 from Thailand reverse
transcriptase (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 96
AF283704.1 HIV-1 isolate 98THMC46 from Thailand
(pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 96 AY008714.1 HIV-1 isolate 97CNGX-2F from China,
AF009388.1 HIV-1 isolate 92TH018 from Thailand, pol
polyprotein (pol) gene, partial cds 315 315 100% 5e-83 96
DQ831439.1 HIV-1 isolate Ca8W6R from Cambodia (pol)
gene, partial cds 313 313 100% 2e-82 95 JQ312345 HIV-1 isolate 08IVVI0128 from Viet Nam
pol protein (pol) gene, partial cds 315 315 100% 1e-
82 95 JQ312361 HIV-1 isolate 08IVVI0199 from Viet Nam
pol protein (pol) gene, partial cds 315 315 100% 1e-
82 95
3.5.3. Phõn tớch và so sỏnh tương đồng của HIV Việt Nam và thế giới
So sỏnh thành phần nucleotide của đoạn gen pol trong nghiờn cứu này với cỏc chủng thế giới. Trờn cơ sở dữ liệu của cỏc chủng nghiờn cứu so với cỏc chủng virus đƣợc chọn lựa, dựa vào trỡnh tự nucleotide và trỡnh tự acid amin đƣợc mó húa của cỏc gen nghiờn cứu, xỏc định type của HIV, phõn tớch, khảo sỏt sơ đồ phả hệ của chủng virus HIV cập nhật với cỏc chủng ở Việt Nam và trờn thế giới.
Bằng phƣơng phỏp truy cập Ngõn hàng gen tại địa chỉ: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/, chỳng tụi thu nhận đƣợc cỏc chuỗi cần thiết để so sỏnh (Bảng 8) và phõn tớch mức độ tƣơng đồng giữa cỏc chủng. Kết quả so sỏnh đối chiếu chuỗi nucleotide đƣợc trỡnh bày ở Hỡnh 3.17.
Khi so sỏnh thành phần nucleotide của gen pol của 8 chủng trong nghiờn cứu với cỏc chủng HIV của thế giới và Việt Nam, cú một số vị trớ sai khỏc chủ yếu (vị trớ 10, 22, 54, 109), bờn cạnh đú cũn cú một vài sai khỏc điểm trong chuỗi gen pol. Điều này cho thấy giữa cỏc chủng HIV-1 trong cựng một vựng địa lý gần gũi (Nam và Đụng Nam Á) đó cú sự biến đổi khỏc nhau về thành phần nucleotide (Hỡnh 3.17).
* 20 * 40 * 60 HIV-T1 : ACCAGGAATCAGATATCAGTATAATGTGCTGCCACAGGGATGGAAAGGATCACCAGCAATATT : 63 HIV-T2 : ...G... : 63 HIV-T3 : ...A...C... : 63 HIV-T4 : ...A...C... : 63 HIV-T5 : ...T...C... : 63 HIV-T6 : ...T...G... : 63 HIV-T7 : ...T...C... : 63 HIV-T8 : ...A...C... : 63 HIV-1-08IV : ... : 63 HIV-1-09.V : ...C...A...G... : 63 HIV-1-09.V : ...G...C... : 63 HIV-1-1244 : ...C...G... : 63 HIV-1-1246 : ...C...C... : 63 HIV-1-1355 : ...T...C... : 63 HIV-1-VN-A : ...C...A...G... : 63 HIV-1375-0 : ...T...C...G... : 63 HIV-pol-KC : ...T...C... : 63 * 80 * 100 * 120 HIV-T1 : CCAGTGTAGCATGACAAAAATCTTAGAGCCCTTTAGAATAAAAAATCCAGAAATAGTTATCTA : 126 HIV-T2 : ... : 126 HIV-T3 : ...T... : 126 HIV-T4 : ... : 126 HIV-T5 : ...T... : 126 HIV-T6 : .G...A... : 126 HIV-T7 : .G...A... : 126 HIV-T8 : ...T...A... : 126 HIV-1-08IV : ... : 126 HIV-1-09.V : ...C... : 126 HIV-1-09.V : ...C... : 126 HIV-1-1244 : ...C...C... : 126 HIV-1-1246 : ...C...G... : 126 HIV-1-1355 : ...C....G...G... : 126 HIV-1-VN-A : ...T...G...C... : 126 HIV-1375-0 : ...G...M..G...G : 126 HIV-pol-KC : ...G...GC...GG : 126 * 140 * 160 * HIV-T1 : TCAATACATGGATGACTTGTATGTAGGATCTGATTTAGAAATAG : 170 HIV-T2 : ... : 170 HIV-T3 : ... : 170 HIV-T4 : ... : 170 HIV-T5 : ... : 170 HIV-T6 : ... : 170 HIV-T7 : ... : 170 HIV-T8 : ... : 170 HIV-1-08IV : ... : 170 HIV-1-09.V : ... : 170 HIV-1-09.V : ...R... : 170 HIV-1-1244 : C... : 170 HIV-1-1246 : ... : 170 HIV-1-1355 : ... : 170 HIV-1-VN-A : ... : 170 HIV-1375-0 : ...G.A... : 170 HIV-pol-KC : ...R...R...G... : 170
Ghi chỳ: dấu (.): biểu thị cỏc trỡnh tự giống nhau của gen pol); sai khỏc về nucleotide của cỏc chủng khỏc so với chủng của Việt Nam được thể hiện bằng cỏc chữ cỏi ký hiệu của chỳng.
Hỡnh 3.17. So sỏnh trỡnh tự chuỗi nucleotide của gen pol của 8chủng (HIV-T1;
HIV-T2; HIV-T3; HIV-T4; HIV-T5; HIV-T6; HIV-T7; HIV-T8) với cỏc chủng virus HIV-1 của Việt Nam và thế giới.
NC AA 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 1 99 98 98 98 97 97 97 100 97 97 97 97 97 96 94 94 2 97 98 97 98 98 97 99 97 97 96 97 97 95 94 94 3 97 96 95 95 99 98 95 95 95 95 95 94 92 92 4 97 96 96 96 98 96 96 95 97 95 95 93 92 5 95 95 95 98 95 95 95 95 95 94 92 92 6 98 95 97 95 95 94 95 95 94 92 92 7 95 97 95 95 94 95 95 94 92 92 8 97 95 95 94 95 94 94 92 92 9 97 97 97 97 97 96 94 94 10 97 98 97 95 98 94 92 11 97 97 95 96 93 93 12 97 95 97 94 92 13 97 96 94 92 14 94 95 94 15 93 92 16 92 17
Ghi chỳ: 1. HIV-T1; 2. HIV-T2; 3. HIV-T3; 4. HIV-T4; 5. HIV-T5; 6. HIV-T6; 7. HIV-
T7; 8. HIV-T8; 9. HIV-1-08IVVI0199 (số đăng ký Ngõn hàng gen: JQ312361); 10. HIV- 1-09.VL968Hs (số đăng ký:HQ852902); 11. HIV-1-09.VL987 (số đăng ký: HQ852915); 12. HIV-1-1244-0810 (số đăng ký: KC841222); 13. HIV-1-1246-0512 (số đăng ký: KC841228); 14. HIV-1-1355-0312(số đăng ký: KC841240); 15. HIV-1-VN (số đăng ký: AB519630); 16. HIV-1375-0711 (số đăng ký: KC841243; 17. HIV-pol (KC841244).
Khi so sỏnh mức độ tƣơng đồng giữa cỏc chủng, chỳng tụi nhận thấy, cỏc chủng HIV trong nghiờn cứu cú mức độ tƣơng đồng 99-100% với chủng số 9 (HIV- 1-08IVVI0199 (số đăng ký Ngõn hàng gen: JQ312361) của Việt Nam). Mức độ tƣơng đồng thấp (92-93%) ở một số chủng (16. HIV-1375-0711 (số đăng ký:
Bảng 3.9. Tỷ lệ (%) tƣơng đồng về thành phần nucleotide của gen pol của chủng
KC841243; 17. HIV-pol(số đăng ký: KC841244) (Bảng 9). Trong số 17 chủng so sỏnh, rừ ràng đó cú 2 dũng HIV-1 cú mức độ tƣơng đồng gen pol khỏc nhau.
Đối với HIV mẫu bệnh phẩm thu nhận tại Hũa Bỡnh, cặp mồi HIVF-HIVR cho sản phẩm RT-PCR cú độ dài 170 bp, cú độ đồng nhất cao với cỏc chủng HIV-1 của Việt Nam cụng bố trong Ngõn hàng gen. Qua so sỏnh về thành phần chuỗi nucleotide cho thấy, tớnh đặc hiệu của phản ứng RT-PCR đó đƣợc kiểm nghiệm bằng phƣơng phỏp giải trỡnh trỡnh tự và phõn tớch cỏc đoạn gen do cỏc cặp mồi đặc hiệu của từng loại để khẳng định chớnh xỏc loại virus đối tƣợng cần chẩn đoỏn, điều này sẽ tạo điều kiện xõy dựng bộ kit chẩn đoỏn đa năng phõn tử trong tƣơng lai ở Việt Nam.
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
KIẾN NGHỊ
- Do đặc điểm dịch HIV/AIDS tại Hũa Bỡnh cũng nhƣ cỏc yếu tố liờn quan tới dịch, cần triển khai mạnh mẽ cỏc chƣơng trỡnh can thiệp giảm hại và dự phũng lõy nhiễm HIV. Trƣớc mắt nờn tập trung vào nhúm đối tƣợng nghiện chớch ma tỳy, gỏi mại dõm thụng qua cỏc hoạt động cụ thể nhƣ giỏo dục đồng đẳng/tiếp cận cộng đồng, triển khai cỏc chƣơng trỡnh phõn phỏt/trao đổi hay tiếp thị xó hội bơm kim tiờm, bao cao su. Trong tƣơng lai cần huy động nguồn lực để cú thể triển khai chƣơng trỡnh điều trị thay thế nghiện cỏc chất dạng thuốc phiện bằng Methadone.
- Cần tăng cƣờng cỏc dịch vụ tƣ vấn, chăm súc HIV/AIDS, tƣ vấn xột nghiệm HIV tự nguyện; cần theo dừi, đỏnh giỏ chƣơng trỡnh trong đú cú Giỏm sỏt trọng điểm là vẫn đề cốt lừi; Đẩy mạnh cỏc hoạt động tuyờn truyền về HIV/AIDS, Tiếp cận điều trị HIV/AIDS bằng thuốc khỏng virus đặc hiệu (ARV) thụng qua cỏc Phũng khỏm ngoại trỳ là mụ hỡnh để triển khai cỏc thiết kế, chƣơng trỡnh, dự ỏn phũng, chống HIV/AIDS một cỏch đồng bộ, cú hiệu quả và toàn diện.
- Cần ỏp dụng triển khai ứng dụng kỹ thuật sinh học phõn tử PCR trong chẩn đoỏn bội nhiễm giữa virus HIV-1 và cỏc loại virus khỏc: virus viờm gan C (Hepatitis C virus- HCV) hay HGV... để xõy dựng cỏc bộ kit chẩn đoỏn đa năng (Multi-plex PCR – PCR đa mồi).
KẾT LUẬN
1. Tỷ lệ nhiễm HIV tại Hũa Bỡnh vẫn tăng dần qua cỏc năm. Dịch HIV/AIDS vẫn diễn biến ổn định, khụng cú đột biến về số lƣợng nhiễm mới HIV và cú xu hƣớng tăng chậm lại.
2. Xỏc định chớnh xỏc cỏc đối tƣợng ngƣời bệnh nhiễm virus HIV tại Hũa Bỡnh thuộc HIV-1 (type 1) bằng phƣơng phỏp sinh học phõn tử, từ kết quả này cho phộp cú thể sử dụng đoạn gen pol cú kớch thƣớc 170 nucleotide trong chẩn đoỏn.
TÀI LIỆU THAM KHẢO
Tiếng Việt
1. Phạm Nhật An (1995), “Nhiễm HIV/AIDS y học cơ sở, lõm sàng và phũng chống”, Nhà xuất bản Y học, Hà Nội, 26-51.
2. Bộ Y tế (2009), “Ƣớc tớnh và dự bỏo nhiễm HIV/AIDS tại Việt Nam năm 2007-2012”.
3. Bộ Y tế (2014), “Bỏo cỏo Tổng kết cụng tỏc phũng, chống HIV/AIDS năm 2013 và định hƣớng kế hoạch năm 2014” ngày 06 thỏng 01 năm 2014.
4. Cục Phũng, chống HIV/AIDS Việt Nam - Bộ Y tế (2009), “ Bỏo cỏo kết quả nghiờn cứu, đỏnh giỏ và đỏp ứng nhanh về tỡnh hỡnh sử dụng ma tỳy, HIV/AIDS và hoạt động phối hợp liờn ngành trong cụng tỏc can thiệp giảm tỏc hại tại tỉnh Hũa Bỡnh”, Hà Nội.
5. Cục Phũng, chống HIV/AIDS Việt Nam - Bộ Y tế (2010), “Bỏo cỏo cụng tỏc Phũng, chống HIV/AIDS năm 2009”, Hà Nội.
6. Nguyễn í Đức (2009), “Hiện trạng bệnh HIV/AIDS, Hoa Kỳ”, Y Dược Ngày
Nay, 23-26.
7. Phan Trọng Hoàng, Ngụ Văn Trƣờng, Lờ Văn Sơn, Lờ Trần Bỡnh, Chu Hoàng Hà (2007), “Tỏch dũng và biểu hiện gen mó húa tiểu đơn vị p66 của enzyme phiờn mó ngƣợc của virus HIV-1”, Tạp chớ Cụng nghệ Sinh học (5), tr:463- 470
8. Nguyễn Duy Hƣng (2010), "Giỏm sỏt một số bệnh lõy truyền qua đƣờng tỡnh dục gắn kết với giỏm sỏt HIV trờn một số đối tƣợng dõn cƣ tại 5 tỉnh/ thành phố Việt Nam", Da liễu học Việt nam, 2, tr:39-45.
9. Nguyễn Thị Hồng Loan, Hồ Xuõn Hựng, Ngụ Thị Huyền Trang, Nguyễn Thị Võn Anh, Phan Tuấn Nghĩa (2010), “Nhõn dũng và bƣớc đầu biểu hiện gen mó húa protease của HIV type 1 phõn lập ở Việt Nam”, Tạp chớ Cụng nghệ
Sinh học, 8(2), tr:227-233.
10. Trần Chớ Liờm (11-2001), “Xột nghiệm chẩn đoỏn HIV”, Hà nội, tr:4-28. 11.Phạm Thị Minh Phƣơng (2013), “Tỡnh trạng nhiễm HIV, cỏc nhiễm trựng lõy
qua đƣờng tỡnh dục ở phụ nữ bỏn dõm tại 4 quận Hà Nội và hiệu quả một số biện phỏp can thiệp”, Luận ỏn tiến sĩ, chuyờn ngành Dịch tễ học.
12. Nguyễn Minh Quang và Ngụ Văn Toàn, Đỗ Hũa Bỡnh (2012), "Một số hành vi nguy cơ của nhiễm trựng đƣờng sinh dục dƣới ở phụ nữ bỏn dõm khi vào Trung tõm Giỏo dục lao động xó hội tại thành phố Hà nội năm 2010",
Tạp chớ Y học dự phũng, 6(133), tr:64-73.
13. Bạch Thị Nhƣ Quỳnh, Vũ Thị Hiền, Hà Thị Thu, Nguyễn Thị Hoa, Lờ Phƣơng Hằng, Nguyễn Thanh Tựng, Nguyễn Xuõn Bắc, Đồng Văn Quyền, Lờ Văn Phủng, Đinh Duy Khỏng (2011), “Biểu hiện protein GP41 của virus HIV phõn type CRF01_AE trong E. coli ứng dụng để phỏt hiện khỏng thể khỏng HIV trong huyết thanh bệnh nhõn bằng Western blot và ELISA”, Tạp
chớ Cụng nghệ Sinh học. 9, tr:29-36.
14.Đồng Văn Quyền, Hoàng Anh, Bạch Thị Nhƣ Quỳnh, Phạm Minh Tuấn, Nguyễn Thanh Tựng, Lờ Thị Tõm, Đinh Duy Khỏng (2008), “ Tỏch dũng và biểu hiện gen p24 từ chủng HIV lƣu hành ở Việt Nam và nghiờn cứu phản ứng của protein tỏi tổ hợp với khỏng thể khỏng HIV trong huyết thanh bệnh nhõn”, Tạp chớ Cụng nghệ sinh học 6(1), tr:27-34.
15. Phạm Song (2006), HIV/AIDS tổng hợp, cập nhật, hiện đại. Nhà xuất bản Y học, Hà Nội.
16.Đoàn Thị Thu và Dƣơng Thị Hƣơng (2013), "Giỏm sỏt trọng điểm HIV tại Hải Phũng", Y học dự phũng, 3(139), tr:61-65.
17.Trung tõm phũng, chống HIV/AIDS tỉnh Hũa Bỡnh (2010), Kế hoạch hoạt động phũng, chống HIV/AIDS tỉnh Hũa Bỡnh năm 2005; 2006; 2007; 2008; 2009, Hũa Bỡnh.
18. Ủy ban về AIDS ở Chõu Á (2008), Nhận định lại về tỡnh hỡnh AIDS ở Chõu
Á - Phỏc thảo cỏch ứng phú hiệu quả, Thỏi Lan.
19. Uỷ ban Quốc gia phũng chống AIDS và phũng chống tệ nạn ma tỳy mại dõm (2004), “Chiến lược quốc gia phũng chống HIV/AIDS ở nam đến năm 2010
và tầm nhỡn 2020”, Nhà xuất bản y học, Hà Nội.
20. Uỷ ban quốc gia phũng chống AIDS và phũng chống tệ nạn ma tỳy mại dõm (2013) “Bỏo cỏo tiến độ phũng chống AIDS tại Việt nam năm 2012”, Hà Nội.
21. Uỷ ban Quốc gia phũng chống AIDS và phũng chống tệ nạn ma tuý và mại dõm (2004) “ Chiến lƣợc quốc gia phũng chống HIV/AIDS ở Việt Nam đến năm 2010 và tầm nhỡn 2020”, Nhà xuất bản Y học, Hà Nội.
22.Trung tõm phũng, chống HIV/AIDS tỉnh Hũa Bỡnh (2010), “Bỏo cỏo kết quả Hoạt động phũng, chống HIV/AIDS tỉnh Hũa Bỡnh năm 2009”, Hũa Bỡnh 23.Viện Vệ sinh Dịch tễ trung ƣơng - Bộ Y tế (2001), Xột nghiệm HIV, Hà Nội.
Tiếng Anh
24. Abdul A.W. and Eric O.F., (2010), “ The Role of Lipids in Retrovirus Replication”, Viruses, Review, 2:1146-1180.
25. Barre-Sonoussi F., Ross A.L., Delfraissy J.F., (2013), “Past, present and future: 30 years of HIV research”. Nat Rev Microbiol. 211(12):877-883. 26.Canto C.L.M., Segurado A.C., Pannut C. et al. (2006). Detection of HIV and
HCV ARN in semen from Brazilian co-infected men using multiplex PCR before and after semen washing. Rev. Inst. Med. trop. S. Paulo, 48(4):201- 206.
27. Caudai C., Padula M.G., Bettini V., Valensin P.E. (1998). “Detection of