Gắn với triều Nguyễn là Nguyễn Ánh - Gia Long, người kế tục sự nghiệp các Chúa Nguyễn tiền bối - người lập nên vương triều nhà Nguyễn - vương triều cuối cùng của nền đế chế phong kiến trung ương tập quyền Việt Nam.
Sau khi thất thủ ở Long Xuyên, Nguyễn Ánh chèo thuyền nhỏ đến đậu ở bến sông Khoa Giang chờ đêm tối sẽ vượt biển khơi lánh quân Tây Sơn. Lúc ấy, có ba con cá Sấu bơi đến chặn ngang trước mũi nên thôi. Nguyễn Ánh đành thu thập tàn quân ở Long Xuyên rồi sau đó về Sa Đéc. Khi phát tang Định Vương xong, Nguyễn Ánh được Đỗ Thanh Nhơn và các tướng tơn làm Đại Ngun súy nắm giữ quốc chính “bấy giờ là ngày tháng giêng năm Mậu Tuất, niên hiệu Lê Cảnh Hưng năm thứ 39”. Khi Nguyễn Ánh lên nắm chính quyền, Lê Chữ phụng dâng kim sách và quốc bảo tiên triều, rồi dẫn đầu các tướng làm lễ dâng tôn thụy cho Định vương, tôn Hưng tổ là Hiếu Khang Vương. Công cuộc hưng nghiệp của Nguyễn Ánh gắn với các cuộc chiến với quân Tây sơn.
Nguyễn Ánh sai các quân đắp thành đất ở bờ tây sông Bến Nghé kéo dài đến Cảng Thông, sai chặt gỗ Lim đóng cọc giữa lịng cảng, sắp sẵn chiến
thuyền để chống lại quân Tây Sơn.Ít lâu sau, Nguyễn Ánh duyệt định bản đồ các dinh ở Gia Định, phân chia địa giới của dinh Trấn Biên và dinh Long Hồ để tiện liên lạc với nhau, rồi bãi bỏ lệ biệt nạp khố trường.
Đỗ Thanh Nhơn họp các quan dâng lời khuyên Nguyễn Ánh lên ngôi vua. “Bấy giờ Thế Tổ mới mười chín tuổi, nghĩ mối thù của Nam triều chưa báo nên khiêm nhường không chịu nhận lời.Bọn Đỗ Thanh Nhơn hai ba lần khuyên mời, Thế Tổ mới chịu lấy ngày Quý Mão tháng giêng năm Canh Tí (2/1780) làm lễ nối vương vị ở Sài Gịn”.[16,tr.90].
Giữa lúc nước Xiêm có cuộc dấy loạn ở thành Cổ Lạc, thì Nguyễn Ánh đang sửa soạn đem quân đi đánh Nguyễn Nhạc, đã sai Tống Phước Thiêm chỉ huy dàn trận thủy quân ở sông Thất Kỳ nhưng thất bại. Nghe tin Nguyễn Ánh cấp tốc đưa binh tiếp ứng, đến sông Tam Kỳ gặp thủy quân Tây Sơn: “Thế Tổ mình mặc áo chiến, đầu đội nón trận, đứng đầu mũi thuyền, tay cầm súng chim chỉ huy các tướng vừa đánh vừa lui.”[16,tr.99].
Nguyễn Ánh sai đắp lũy ở Giồng Lũy để chống cự với quân Tây Sơn. Ban đầu, “Thế Tổ đích thân chỉ huy binh thuyền nghênh chiến”, khiến quân Tây Sơn rút lui. Nhưng lúc này quân Nguyễn lại gặp quân Tây Sơn do Nguyễn Huệ chỉ huy ập đến nên phải tháo chạy. Thoát trận, Nguyễn Ánh nghĩ đến việc nhờ quân Xiêm viện trợ.
Nguyễn Ánh ra đảo Phú Quốc ngày đêm lo toan tập họp binh tướng để mưu đồ khôi phục. Khôi phục được Gia Định nhưng quân cô thế yếu, Nguyễn Ánh lo buồn: “Quân Tây Sơn năm nay tuy thua ta nhưng mùa xuân sang năm tất lại kéo vào đánh nữa. Ta nghĩ kế sách khơng gì bằng phải liên kết với Xiêm La để giờ họ giúp sức”[16, tr.108].
Năm 1783, quân Tây Sơn tiến vào Sài Gòn, lần thứ tư thất thủ Gia Định, Nguyễn Ánh chạy đến Ba Giồng, rồi đến Lật Giang, khi bị quân Trương Tiến Thuận đuổi đánh lại phải nhảy thuyền ra đảo Côn Lôn, ra Phú
Quốc rồi đến đảo Thổ Chu. Qua nhiều lần xin viện binh từ quân Xiêm đều không thành. Trận chiến với quân Tây Sơn gặp nhiều gian khổ nhưng được các tương sĩ, cận thần hỗ trợ hết lòng.
Nguyễn Huệ tiến quân vào Thăng Long, thu tóm các địa phận Bắc Hà, nhưng lúc này nội bộ Tây Sơn đã bắt đầu có dấu hiệu lục đục, điều này tạo thuận lợi cho Nguyễn Ánh khơi phục lại vị thế. Hồng Việt long hưng chí dành nhiều đoạn nói về thắng lợi của chúa Nguyễn giai đoạn này:“Cai cơ Nguyễn Văn Mẫn, Đỗ Văn Hựu đốc thúc chiến thuyền tiến lên giao chiến với thuyền địch, chưa đến vài lần sáp đánh đã chém đầu Đô Đốc Nguyễn Hùng Hựu của quân Tây Sơn, đoạt được cờ Tư lệnh ba quân của Hựu” [16,tr.160]; “Thuỷ quân hai bên giao chiến ở Bãi Hổ. Quân Tây Sơn rối loạn tan rã, Tham phải cho binh thuyền lui về cố thủ ở Hà Bắc”[16,tr.161].“Thế Tổ đích thân đốc thúc chiến thuyền tiến đánh. Nguyễn Chuẩn chết tại trận. Trần Tú cùng thuộc hạ phải đầu hàng ”.[16,tr.162]…
Nguyễn Ánh trên lãnh địa của mình đã hết sức cố gắng tăng cường binh lực. Một loạt chính sách được ban hành: đặt quan điền, huấn chuyên cho việc làm ruộng,thi hành phép ngự binh ư nơng, trai tráng khi cần thì trở thành lính chiến, hết trận là về làm ruộng, định lệ khuyến nông đặt đồn điền.
Sau khi trở về Sài Gòn, Nguyễn Ánh bàn kế sách cùng các bề tôi, tướng sĩ để đánh quân Tây Sơn, cùng lúc này Hoàng tử Cảnh đi Tây Dương đã trở về. Ông đặc biệt quan tâm tới phong thưởng và đãi ngộ tướng sĩ trận vong hoặc có cơng lao. Nguyễn Ánh đặt quan hệ tốt với các nước láng giềng, nhất là binh sĩ Xiêm nhằm tăng cường thanh thế.
Từ 1792, Nguyễn Ánh bắt đầu mở các đợt tấn công ra Quy Nhơn theo chiến thuật “tằm ăn lá dâu” và theo từng mùa gió nồm “gặp nồm thuận thì tiến, vãn thì về”, khi phát qn thì qn lính đủ mặt, khi về thì tản ra đơng
ruộng. Sau khi Quang Trung mất, Nguyễn Ánh càng ráo riết thực thi chiến thuật trên. Khi chiếm được Quy Nhơn, đổi thành Bình Định, Nguyễn Ánh bắt đầu giành được thế áp đảo khiến Nguyễn Quang Toản non yếu, nội bộ lục đục không sao chống nổi. Năm 1802, Nguyễn Quang Toản mất, Nguyễn Ánh lên ngơi hồng đế, đặt niên hiệu Gia Long năm thứ nhất. Mãi đến 1806, Gia Long chính thức làm lễ xưng đế ở điện Thái Hoà: “Khi ấy là tháng Ba mùa xuân năm Bính Dần, niên hiệu Gia Long thứ năm, tương đương với năm Gia Khánh thứ 11 nhà Thanh” [16,tr.400]. Vua cùng các đình thần bàn việc tơn huy hiệu cho các tiên vương: “Kính trọng bề trên yêu quý người thân, đạo hiếu nhờ thế mới lớn; đền đáp công lao tôn sùng đức cả, việc lễ bởi vậy mới hậu. Trẫm nhận mệnh giữa lúc nguy nan, thế mà đột nhiên vực dậy được thực chỉ nhờ trời, nhờ tổ tơng có lịng thương u giúp đỡ trẫm mới có thể tái tạo lại xã tắc, khôi phục bờ cõi như ngày nay. Tưởng nhớ đến các tiên vương đã tích đức góp nhân cần cù trong hai trăm năm để nay trẫm được hưởng quả phúc, vậy mà việc lễ miếu chưa làm cho thêm long trọng, nói đến lịng hiếu sao đã gọi là xứng đáng”[16,tr.401].
Gia Long cho tổ chức lại các đơn vị hành chính từ trung ương xuống các làng xã. Cả nước chia làm 23 trấn, 4 doanh. Từ Ninh Bình trở ra gọi là Bắc Thành gồm 11 trấn (5 nội trấn và 6 ngoại trấn); từ Bình Thuận trở vào gọi là Gia Định thành gồm 5 trấn, ở quãng giữa là các trấn độc lập: Thanh Hố, Nghệ An, Quảng Bình, Bình Định, Phú n, Bình Hồ, Bình Thuận; đất kinh kỳ đặt 4 doanh: Trực Lệ Quảng Đức doanh (tức Thừa Thiên), Quảng Trị doanh, Quảng Bình doanh và Quảng Nam doanh. Cai quản Bắc thành và Gia Định thành có Tổng trấn và Phó tổng trấn. Mỗi trấn có lưu trấn hay trấn thủ, cai bạ và ký lục. Trấn chia ra phủ, huyện, châu có Tri phủ, Tri huyện, Tri châu đứng đầu. Đây là lần đầu tiên trên một lãnh thổ thống nhất, các tổ chức hành chính được sắp đặt quy chính như vậy. Nhà nước
cũng tiến hành điều tra kê cứu địa chí các địa phương, ghi chép lại địa hình sơng núi, cầu quán, chợ búa, phong tục, thổ sản... Năm Bính Dần (1806), vua Gia Long cho biên soạn và ban hành bộ Nhất thống địa dư chí gồm 10 quyển. Năm Ất Hợi (1815) bộ Quốc triều hình luậtgồm 22 quyển với 398 điều luật đã được ban hành. Tất cả những sự kiện lịch sử này đều được Ngô Giáp Đậu làm rõ ở hồi ba mươi.
Về đối ngoại, Gia Long một mặt tranh thủ sự ủng hộ và giữ lễ thần phục nhà Thanh, mặt khác tạo quan hệ đàn anh đối với Chân Lạp và Ai Lao. Tác giả viết:“Thế Tổ chuẩn cho đổi tên nước là Cao Miên, đúc cho quốc ấn, lại sai Ngô Nhân Tĩnh và Trần Công Đàn mang sắc ấn sang thành La Bích phong cho Nặc Chăn làm quốc vương”[16,tr.427].
Khi quân Xiêm chiếm thành La Bích, Nặc Ong chạy sang Tân Châu đầu hàng ta: “Thế Tổ hạ chiếu cho Nhơn cấp tiền hậu đãi, cho ở lại khách quán, tiếp như bậc tiên vương”.[16,tr.428]; “Nặc Chăn nước Cao Miên muốn dựa vào ta để xin viện binh nhưng ta đã kết giao hảo với Xiêm, giờ nên xử trí thế nào để đưa Chăn trở về nước nhà mà khơng gây hiềm khích với Xiêm”[16, 438].
Đối với các nước Phương Tây từ chỗ dựa vào lực lượng của họ để thắng lợi giờ chuyển sang lạnh nhạt.
Hồng Việt long hưng chí cũng thể hiện những sự kiện cuối đời của vua Gia Long. Khi việc ở Thanh Hoa đã ổn, Gia Long triệu Lê Văn Duyệt về Kinh. Duyệt về triều gặp lúc vua không khoẻ, Gia Long cho triệu Phạm Đăng Hưng tới, sai thảo di chiếu, sai Lê Văn Duyệt kiêm trông coi năm doanh quân Thần sách. Và rồi “vua băng hà ở điện Trung Hoà”[16,tr.463].
Triều Nguyễn tồn tại gần 150 năm, kể từ khi Nguyễn Ánh lên ngơi hồng đế với niên hiệu Gia Long - năm1802, tạo dựng một đế chế tập quyền trên toàn
bộ lãnh thổ mà trước đó chưa hề có. Trải qua một thế kỷ rưỡi tồn tại, vinh hoa và tủi nhục, Triều đại Nguyễn là một thực thể cấu thành trong lịch sử Đại Việt. Những cái do triều đình Nhà Nguyễn mang lại cũng rất có ý nghĩa. Đó là chấm dứt cuộc nội chiến, tranh giành quyền lực, xương trắng máu đào liên miên mấy thế kỷ. Đó cịn là việc kiến tạo bộ máy quản lý hành chính trung ương tập quyền thống nhất mà Quang Trung - Nguyễn Huệ đã dày cơng vun đắp gây dựng trước đó.