Căn cứ kế hoạch kiểm toán năm của toàn ngành đã được Tổng TKNN quyết định, Kiểm toán trưởng KTNN khu vực gửi công văn đến tỉnh được kiểm toán đề nghị tỉnh chuẩn bị trước một số tài liệu, sắp xếp thời gian và nhân sự để đoàn KTNN tiến hành khảo sát, thu thập các thông tin cần thiết (trong đó có các thông tin về hệ thống kiểm soát nội bộ) phục vụ việc lập kế hoạch kiểm toán báo cáo quyết toán Tỉnh. Kế hoạch kiểm toán một tỉnh do KTNN khu vực lập và trình Tổng KTNN phê duyệt. Sau khi phê duyệt kế hoạch kiểm toán, Tổng KTNN sẽ ban hành quyết định kiểm toán.
Để tiến hành kiểm toán báo cáo quyết toán năm của một tỉnh, đoàn KTNN tiến hành khảo sát, thu thập thông tin về tình hình kinh tế xã hội, số liệu thu, chi ngân sách tổng quát năm và một số thông tin cơ bản về hệ thống kiểm soát nội bộ trong quản lý, điều hành và sử dụng ngân sách của tỉnh.
Các kiểm toán viên thu thập thông tin về hệ thống kiểm soát nội bộ chủ
yếu dựa trên các tài liệu đã yêu cầu tỉnh được kiểm toán cung cấp: các văn bản giao dự toán của Thủ tướng Chính phủ và Bộ Tài chính; Nghị quyết giao dự
toán của Hội đồng nhân dân tỉnh; các văn bản về tỷ lệ điều tiết nguồn thu giữa các cấp ngân sách, định mức phân bổ dự toán, cơ chếđiều hành ngân sách quản lý kinh tế, tài chính, kế toán của Uỷ ban nhân dân tỉnh; các văn bản về phân cấp quản lý thu, chi ngân sách, kết quả thanh tra nội bộ. Đồng thời có tham khảo biên bản kiểm toán của năm trước. Những kết luận, kiến nghị của KTNN trong biên bản kiểm toán là một trong những căn cứ để kiểm toán viên xác định tính hiệu quả của hệ thống kiểm soát nội bộ của tỉnh được kiểm toán. Trong thời đại công nghệ thông tin, các kiểm toán viên đã tận dụng những ích lợi của mạng INTERNET để tìm kiếm các thông tin có liên quan đến điều hành và quản lý ngân sách của tỉnh được kiểm toán. Tuy nhiên, cho đến nay, những thông tin thu thập trên mạng chỉ mang tính tham khảo.
Phương pháp thu thập thông tin chủ yếu là đọc, phân tích và tổng hợp các số liệu trên cơ sở các tài liệu đã cung cấp. Phương pháp phỏng vấn được sử
dụng khi kiểm toán viên cần làm rõ các vấn đề về cơ cấu tổ chức bộ máy hoặc nhận thấy chưa có sự logic, phù hợp giữa một số chỉ tiêu trên các báo cáo đã cung cấp.
Hiện nay, các thông tin thu thập về hệ thống kiểm soát nội bộ của ngân sách cấp tỉnh trong một cuộc kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách một tỉnh chủ yếu xoay quanh việc quản lý và điều hành ngân sách của tỉnh. Ngoài ra là các thông tin về kế hoạch và kết qủa thanh tra của sở Tài chính, Kho bạc nhà nước tỉnh, cục Thuế, cục Hải quan. Các kiểm toán viên căn cứ vào các thông tin
đã thu thập cùng với kinh nghiệm bản thân để đưa ra những nhận xét, đánh giá về hệ thống kiểm soát nội bộ.
Thông tin và đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ là một nội dung của phần “Khảo sát và thu thập thông tin” thuộc kế hoạch kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách năm của một tỉnh; và thường được chia thành bốn mảng lớn: các văn bản về quản lý kinh tế, tài chính, kế toán; phân cấp quản lý ngân sách (chi tiết thu ngân sách và chi ngân sách); kết quả thanh tra nội bộ; đánh giá hệ thống kiểm soát.