Một là: Tội phạm về ma túy có đă ̣c điểm riêng và diễn biến phƣ́c ta ̣p , rất nhiều tên gọi và loại khác nhau nhƣng chƣa cập nhật để bổ sung đầy đủ, kịp thời trong danh mục các chất ma túy và tiền chất cụ thể:Bộ Luật Tố tụng hình sự 2003; Bộ luật hình sự của nƣớc Cộng hòa XHCN Việt Nam năm 1999; Nghị định số 133/2003/NĐ-CP (Bổ sung một số chất vào danh mục các chất ma túy và tiền chất ban hành kèm theo Nghị định số 67/2001/NĐ-CP ngày 01/10/2001; Nghị định của chính phủ số 67/2001/NĐ-CP ngày 01 tháng 10 năm 2001 ban hành các danh mục chất ma tuý và tiền chất; Thông tƣ liên tịch số 17/2007/TTLT – BCA-VKSNDTC-TANDTC-BTP ngày 24/12/2007 hƣớng dẩn áp dụng một số quy định tại chƣơng XVIII “các tội phạm về ma túy” của Bộ luật hình sự năm 1999 còn gặp nhiều bất cập , mô ̣t số điểm chƣa phù hợp với thực tiễn . Bên cạnh đó còn chậm tổ chức sơ tổng kết rút kinh nghiệm hoặc có văn bản hƣớng dẫn áp dụng của liên ngành Cơ quan điều tra (CQĐT), Viện kiểm sát (VKS) cấp trên về quan hệ phối hợp giữa CQĐT, VKS trong xử lý án về các tội phạm ma túy chƣa đầy đủ.
Hai là: Đội ngũ cán bô ̣ của các cơ quan tiến hành tố tu ̣ng, cơ quan giám định, ngƣời tiến hành tố tụng còn thiếu về số lƣợng, hạn chế trình đô ̣ chuyên môn nghiê ̣p vu ̣;
Ba là: Về cơ sở vâ ̣t chất chƣa đƣợc quan tâm và đầu tƣ kịp thời ; công cụ, mẫu giám định và phƣơng tiện kỹ thuật giám định chƣa đáp ứng với yêu cầu thực tiễn (do chi phí cao, mẫu so sánh phải nhập từ nƣớc ngoài…).
Bốn là: Bên cạnh đó, công tác quản lý ngƣời nƣớc ngoài xuất nhập cảnh, cƣ trú lao động tại thành phố đang diễn biến phức tạp. Việc phối hợp giữa các cơ sở, ngành chức năng trong việc quản lý địa bàn, dân cƣ, quản lý xuất nhập cảnh, cƣ trú, trên các tuyến biên giới…đối với ngƣời nƣớc ngoài chƣa thƣờng xuyên liên tục và chặt chẽ.