Nội dung kiểm toán nợ công phải bao gồm toàn bộ việc quản lý nợ, các nghiệp vụ vay, trả nợ, bảo lãnh vay nợ, cũng như kiểm soát rủi ro phát sinh từ vay nợ, đánh giá công tác quản lý vay nợ. Kiểm toán nợ công còn bao gồm cả việc đưa ra các chỉ số đánh giá công tác quản lý, chú ý đến chỉ tiêu nợ trên đầu dân số để thấy được mức nợ mà mỗi người dân phải chịu trách nhiệm. Nội dung kiểm toán chủ yếu đối với nợ công bao gồm:
Kiểm toán việc chấp hành pháp luật, chế độ quy định về quản lý nợ công: Cơ quan KTNN tiến hành kiểm toán mang tính tuân thủ đối với hoạt động quản lý nợ công từ khâu hoạch định chính sách vay nợ đến các khâu huy động, phân bổ, sử dụng và trả nợ. Việc kiểm toán cần tập trung kiểm soát các nghiệp vụ vay, bảo lãnh cũng như trách nhiệm quản lý, thanh toán nợ. Lưu ý đến tỷ lệ vay nợ được Quốc hội
cho phép, mục đích sử dụng các khoản vay, các khoản bảo lãnh theo quy định của pháp luật. Chẳng hạn như KTNN cần kiểm toán các nghiệp vụ bảo lãnh để đưa ra nhận định rằng liệu các cơ quan phát hành bảo lãnh nợ đã tuân thủ theo mục đích và thẩm quyền phát hành bảo lãnh hay không; các điều kiện phát hành bảo lãnh có được tuân thủ theo các quy định của pháp luật hiện hành hay không. Thông thường các khoản vay trực tiếp của Chính phủ có thể nhằm bù đắp bội chi ngân sách hay sử dụng theo mục tiêu định trước đều được kiểm soát chặt chẽ bởi Quốc hội, các cơ quan của Quốc hội. Tuy nhiên, các khoản bảo lãnh vay nợ luôn chứa đựng nhiều rủi ro và khó kiểm soát cần được tập trung kiểm toán.Trong những năm gần đây, các nước, các định chế tài chính quốc tế luôn tập trung vào việc kiểm soát các khoản phát hành bảo lãnh cũng như nghĩa vụ nợ tiềm ẩn, dự phòng.
Kiểm toán tính trung thực và hợp pháp của các báo cáo nợ do các cơ quan quản lý nợ công của nhà nước lập, cụ thể:
- Kiểm toán tính đầy đủ, hợp pháp của hệ thống báo cáo nợ.
- Kiểm toán tổng mức vay nợ để xác định một cách xác thực tổng mức vay cũng như từng khoản nợ trong tổng số nợ công. Thông qua xác định tổng mức vay nợ có thể đánh giá tính bền vững của tình hình nợ công và cung cấp thông tin để có thể kiểm soát tình hình vay nợ một cách tốt nhất.
- Kiểm toán việc giải ngân các khoản vay nợ: Thông qua kiểm toán đánh giá tiến độ giải ngân nhằm đảm bảo sử dụng hiệu quả các khoản vay nợ.
- Kiểm toán việc trả nợ hàng năm: Xác định mức trả nợ hàng năm là một trong những yêu cầu của công tác kiểm toán báo cáo nợ. Công tác kiểm toán phải xác định chính xác tổng số nợ đến hạn phải trả trong năm; mức trả hàng năm theo từng khoản vay trong tổng số phải trả đến hạn; xác định nguồn trả nợ: (Nguồn NSNN đã ghi trong dự toán; nguồn thu hồi từ các dự án; nguồn từ quỹ tích lũy; nguồn khác...); số thực trả nợ trong năm (số đã xuất quỹ để trả cho các đối tác, các nước, các tổ chức và cá nhân trong, ngoài nước).
Kiểm toán tính kinh tế, tính hiệu lực, tính hiệu quả của hoạt động quản lý nợ công.Bao gồm sự đánh đổi giữa chi phí vay nợ và rủi ro danh mục nợ cũng như hiệu
lực của bộ máy quản lý, điều hành nợ công. Đây thực chất là cuộc kiểm toán hoạt động đối với quản lý nợ công. Việc kiểm toán hoạt động đối với quản lý nợ công sẽ đảm bảo rằng chiến lược quản lý nợ được xây dựng đảm bảo kiểm soát chặt chẽ các khoản nợ phát sinh kể cả nghĩa vụ nợ dự phòng, đảm bảo các cơ quan quản lý và kiểm soát nợ hoạt động có hiệu quả; các khoản nợ được sử dụng đúng với mục đích vay nợ; duy trì mức nợ hợp lý đảm bảo an ninh tài chính quốc gia, đảm bảo việc vay, đảm bảo khả năng chi trả của nền kinh tế kể cả gốc và lãi.
Kiểm toán việc thực hiện chức năng nhiệm vụ của các cơ quan chức năng của nhà nước trong việc quản lý nợ công, như: Xây dựng, ban hành và tổ chức thực hiện văn bản quy phạm pháp luật về quản lý nợ công; xây dựng, ban hành chỉ tiêu an toàn về nợ, mục tiêu, định hướng huy động, sử dụng vốn vay và quản lý nợ công trong từng giai đoạn; hệ thống các chỉ tiêu giám sát nợ Chính phủ, nợ công, nợ nước ngoài của quốc gia và kế hoạch vay, trả nợ chi tiết hàng năm; tổ chức huy động, phân bổ, sử dụng vốn vay và quản lý nợ công đúng mục đích, hiệu quả, bảo đảm thực hiện đầy đủ nghĩa vụ trả nợ; giám sát việc huy động, phân bổ, sử dụng vốn vay, trả nợ, quản lý nợ công, quản lý rủi ro tài khóa, bảo đảm an toàn nợ và an ninh tài chính quốc gia; tổng hợp, báo cáo, công bố thông tin về nợ công…
Kiểm toán cơ cấu vay nợ: Cơ cấu vay nợ liên quan đến rủi ro về tỷ giá cũng như tác động đến chính sách tiền tệ của quốc gia do vậy việc kiểm soát chặt cơ cấu vay nợ sẽ giảm thiểu rủi ro về tỷ giá và từ đó giảm thiểu rủi ro vay nợ. Chẳng hạn, Chính phủ tập trung vay chủ yếu bằng đồng EUR, khi sử dụng chuyển đổi sang đồng VNĐ, và khi tỷ giá lên cao dẫn đến gánh nặng nợ qua tỷ giá. Do vậy để chia sẻ rủi ro thì cần xác định một cơ cấu nợ thích hợp để giảm thiểu rủi ro về tỷ giá. Qua kiểm toán, KTNN cần có khuyến nghị để cơ quan quản lý nợ đưa ra được danh mục nợ hợp lý, hạn chế các rủi ro xảy ra nhất là các rủi ro về tỷ giá, tiền tệ, lãi xuất.
Kiểm toán chi phí vay nợ: Chi phí vay nợ là một trong những yếu tố cần xem xét khi quyết định vay nợ. Do vậy khi kiểm toán cần chú ý đến chi phí vay nợ để đảm bảo chi phí vay được rẻ nhất. Việc báo cáo đầy đủ chi phí vay phải trả, thời hạn trả, cách thức trả sẽ giúp cho Nhà nước có được thông tin để hoạch định chính sách
vay nợ đồng thời giúp cho việc kiểm soát chi phí vay được chặt chẽ. Hiện nay chúng ta chỉ phản ánh chi phí thực trả trong năm chứ không tính toán số phải trả trong năm do vậy thiếu chính xác số lãi vay phải trả đồng thời không đủ thông tin về vay, trả nợ cũng như việc hoạch định chính sách quản lý nợ Chính phủ.
Kiểm toán việc sử dụng các khoản vay nợ: Trong quản lý nợ, việc quan trọng không chỉ là kiểm soát tổng mức vay, khả năng trả nợ cũng như các rủi ro xảy ra mà điều quan trọng là kiểm soát tính mục đích của việc sử dụng các khoản vay nợ theo cam kết của hiệp định vay nợ, hay sự cho phép của Quốc hội cũng như các quy định của pháp luật. Ở Việt Nam, việc vay bù đắp bội chi NSNN nói riêng và vay nợ nói chung được thực hiện theo nguyên tắc thận trọng, chỉ được vay để đầu tư, không được sử dụng vào mục đích tiêu dùng. Kết thúc kiểm toán, Kiểm toán Nhà nước (KTNN) cần đưa ra các đánh giá để các cơ quan hữu quan và dân chúng biết được việc sử dụng và hiệu quả của các khoản vay nợ.
Kiểm toán việc hình thành và sử dụng Quỹ tích lũy trả nợ: Đây là quỹ thuộc ngân sách nhà nước được Thủ tướng Chính phủ thành lập và do Bộ Tài chính quản lý để tập trung các khoản thu hồi nợ cho vay lại từ các nguồn vốn vay nước ngoài của Chính phủ, các khoản phí bảo lãnh vay trong và ngoài nước và các khoản thu được phép khác nhằm đảm bảo khả năng thanh toán các nghĩa vụ nợ của các khoản vay về cho vay lại hoặc các nghĩa vụ nợ dự phòng của ngân sách nhà nước phát sinh từ các khoản bảo lãnh của Chính phủ. KTNN cần phải đưa ra đánh giá về tình hình bảo đảm các nguồn thu của Quỹ, mục đích và hiệu quả sử dụng Quỹ, công tác quản lý Quỹ…