Nhật Bản áp dụng cơ chế tự kê khai, tự nộp thuế từ khá sớm, khi mà các điều kiện của nền kinh tế chưa đáp ứng đủ và cơ quan thuế Nhật chưa có sự chuẩn bị kỹ lưỡng. Cơ chế tự kê khai, tự nộp thuế được ban hành quá đột ngột, số lượng đối tượng nộp thuế tăng lên nhanh chóng trong khi cán bộ thuế thiếu kinh nghiệm và kiến thức về thuế. Vì vậy, mặc dù đã đề ra các biện pháp đề phòng như: cơ quan thuế vẫn có quyền kiểm tra và điều chỉnh lại số thuế phải nộp do đối tượng nộp thuế kê khai, ban hành cơ chế xử phạt hành chính thuế, quy định việc điều tra bắt buộc nhằm hạn chế tối đa các ảnh hưởng xấu đến số thu ngân sách và các tác động tiêu cực, nhưng việc áp dụng cơ chế này vẫn gây ảnh hưởng xấu tới Nhật Bản trong những năm đầu thực hiện. Cuối tháng 2 năm 1947, số thuế thu nhập nộp theo cơ chế tự kê khai, tự nộp thuế chỉ đạt 11,4% tổng số thuế ước tính. Để tăng số thu, cơ quan thuế phải tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra nhằm điều chỉnh lại các tờ khai thuế không chính xác và điều tra tội phạm thuế, Chính phủ ban hành “cơ chế chi tiêu” nhằm phân bổ kế hoạch thu tới cơ quan thuế địa phương. Những biện pháp này đã làm tăng số thu thuế năm 1948, nhưng số đối tượng nộp thuế khiếu nại, yêu cầu kiểm tra lại rất lớn và số nợ đọng chiếm hơn 40% tổng số thuế tính lại.
Trước thực trạng đó, để nâng cao tính tuân thủ tự giác của đối tượng nộp thuế và mở rộng cơ chế tự khai, tự nộp, Chính phủ Nhật Bản đã tiến hành cuộc cải cách thuế với những thay đổi về chính sách và quản lý hành chính thuế trong nhiều năm như: giảm gánh nặng thuế thu nhập thông qua tăng khoản khấu trừ cơ bản và thay đổi mạnh cơ cấu thuế suất; xoá bỏ “cơ chế chỉ
tiêu”, thay đổi cách tính số thuế tạm nộp từ “số thuế được tính dựa trên cơ sở số ước tính của thu nhập năm hiện hành” thành “số thuế không thấp hơn thuế thu nhập quyết toán của năm trước; thay đổi mẫu tờ khai thuế đơn giản hơn để tạo điều kiện thuận lợi cho nhiều đối tượng nộp thuế loại nhỏ; phát triển hệ thống thuế; đưa ra chương trình ưu đãi về thuế đối với các Đối tượng nộp thuế thực hiện việc kê khai thuế dựa theo các chuẩn mực kế toán bắt buộc nhằm tăng cường việc sử dụng sổ sách kế toán của Đối tượng nộp thuế.
Bên cạnh đó, Nhật Bản sử dụng hệ thống xử lý dữ liệu tự động và quản lý tổng hợp thuế trên toàn quốc, cho phép quản lý tổng hợp những thông tin về Đối tượng nộp thuế qua các năm, có khả năng phân tích thông tin theo các cách khác nhau, tăng cường các dịch vụ cho Đối tượng nộp thuế. Công tác điều tra thuế được thực hiện trên cơ sở phân tích rủi ro, và cơ quan thuế có quyền cưỡng ép, điều tra theo phương pháp của cảnh sát hình sự khi điều tra tội phạm và dựa vào kết quả điều tra đó truy tố những đối tượng gian lận về thuế.