Các qui định như, quản lý đất đai, quản lý thanh toán không dùng tiền mặt, quản lý xuất nhập khẩu của cơ quan hải quan, quản lý xuất nhập cảnh của cơ quan công an, quản lý đăng ký kinh doanh của cơ quan kế hoạch và đầu tư ... nên không được ban hành đồng bộ và triển khai thực hiện tốt; môi trường kiểm toán, kế toán còn nhiều hạn chế, trách nhiệm pháp lý chưa cao sẽ làm hạn chế rất nhiều đến kết quả quản lý thu thuế đối với các doanh nghiệp.
1.2.2.2. Cơ cấu tổ chức bộ máy và trình độ đội ngũ cán bộ quản lý thuế đối với các doanh nghiệp. với các doanh nghiệp.
Năng lực, trình độ trách nhiệm của cơ quan thuế, cán bộ thuế phải đáp ứng được yêu cầu quản lý, phù hợp với nền kinh tế xã hội, tận dụng được các thành tựu quản lý thuế quốc tế sẽ tạo điều kiện cho quản lý thu thuế đạt hiệu quả cao. Thể hiện ở những nội dung cơ bản sau đây:
- Tuyên truyền giáo dục, hướng dẫn chính sách thuế chưa thật đáp ứng yêu cầu để nâng cao sự hiểu biết, tính tự giác trong việc chấp hành các chính sách thuế của Nhà nước của các doanh nghiệp .
- Chức năng, tổ chức và quyền hạn của thanh tra, kiểm tra thuế đối với các doanh nghiệp phải trở thành công cụ có hiệu lực để chống thất thu ngân sách và răn đe, ngăn chặn các hành vi vi phạm về thuế. Thanh tra, kiểm tra xử lý các hành vi vi phạm về thuế của cơ quan thuế phù hợp với thực trạng của các doanh nghiệp. Cơ quan thuế phải có khả năng phát hiện và có biện pháp ngăn chặn kịp thời hành vi gian lận trong việc tính thuế, kê khai thuế, gian lận trong hoàn thuế, miễn giảm thuế. Mọi vi phạm hình sự về thuế đều phải chuyển qua cơ quan pháp luật để điều tra khởi tố vụ án;
Nếu chế tài xử lý vi phạm về thuế chưa được quy định rõ ràng, các hình thức xử phạt về thuế còn nhẹ chưa đủ mức răn đe, ngăn chặn các hành vi gian lận thuế, đồng thời, chức năng nhiệm vụ, quyền hạn của thanh tra, kiểm tra thuế còn hạn chế, thì hiệu quả quản lý thu thuế sẽ thấp.
- Cán bộ thuế phải được đào tạo, bồi dưỡng thường xuyên để đáp ứng yêu cầu của tình hình về chính sách thuế, nghiệp vụ quản lý các khoản thu, sắc thuế, hiện đại hóa quản lý thu bằng ứng dụng tin học. Cán bộ thuế phải có khả năng tuyên truyền giáo dục, tư vấn đối tượng nộp thuế thành thạo. Thái độ và phong cách ứng xử của cán bộ thuế thật tận tụy, công tâm, khách quan giữa quyền lợi của Nhà nước với quyền lợi của đối tượng nộp thuế . Là người bạn đồng hành đáng tin cậy của các doanh nghiệp trong việc thực hiện các luật thuế. Phẩm chất cán bộ thuế tốt và phải được rèn luyện, tu dưỡng thường xuyên để không bắt tay với các doanh nghiệp vi phạm luật thuế.