Apolipoprotein là một nhóm apoprotein, phải phụ thuộc vào sự có mặt của các phân tử nhỏ khác hay cofactor để thực hiện chức năng, là protein cấu thành nên các lipoprotein cùng với các phân tử phospholipid, triacylglycerol, cholesterol và các este cholesterol. Có năm loại apolipoprotein: Apo A , Apo B, Apo C, Apo D và Apo E.
Apolipoprotein AI (ApoAI) là các protein gắn với lipid, vận chuyển các phân tử lipid từ ruột đến gan. ApoAI là thành phần chính của các lipoprotein có tỷ trọng lớn trong hệ tuần hoàn,
đóng một vai trò quan trọng trong việc chuyển hóa và loại cholesterol ra khỏi tế bào. Các nghiên cứu cho rằng những biến đổi của ApoAI có liên quan đến các bệnh về tim mạch. Đây là một họ protein có khả năng chịu nhiệt cao. Người ta cũng cho rằng ApoAI điều chỉnh hoạt tính của các enzym quan trọng trong cơ chế chuyển hóa lipoprotein. Sự thay đổi nồng độ ApoAI được coi như chỉ thị của nhiều loại ung thư khác nhau như ung thư vú [24], ung thư ruột kết [42], ung thư buồng trứng [34].
Bằng phương pháp sắc ký lỏng Nano kết nối khối phổ và sự hỗ trợ của phần mềm Mascot v1.8, chúng tôi đã nhận dạng được apoA-I phù hợp với số đăng ký gi|37499465trên cơ sở dữ liệu NCBInr như hình 20.
Hình 20. Kết quả nhận dạng ApoA-I với số đăng ký gi|37499465
ApoA-I được nhận dạng có tổng điểm 351 cho thấy kết quả thu được qua thực nghiệm rất phù hợp với trình tự của ApoA-I trên cơ sở dữ liệu với 7 trình tự peptide đã được xác định. Hình 21 là phổ MS/MS của một trong số các peptide đã xác định được.
Hình 21. Phổ MS/MS của ion peptide (HLAPYSDELR) có m/z bằng 651.3 với z=+2 của apoA-I gi|37499465
So sánh các trình tự peptide xác định được với trình tự amino acid của ApoA-I số đăng ký gi|37499465 trên cơ sở dữ liệu NCBInr thu được kết quả tương đồng (hình 22). Trong đó trình tự amino acid in đậm là các peptide đã được xác định.
Hình 22: Trình tự amino acid của protein apoA-I gi|37499465