Nhờ hoạt ựộng sống của vi sinh vật, một số lượng lớn chất hữu cơ bị phân giải và làm giảm khối lượng. Trong quá trình này, các hydratcacbon (xenluloza, lignin, pectin, hemixenlulozo...) ựược phân giải thành những phần
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦ 25 nhỏ hơn, sinh khối vi sinh vật mới ựược tạo thành ựồng thời tạo ra các sản phẩm của quá trình trao ựổi chất, các chất khắ (N2, CO2)... Ngoài ra, tạo thành các axits hữu cơ như: axit fomic, axit axetic, axit propionic, axit béo, axit lactic..., các chất này liên tục chuyển hóa thành các sản phẩm khác.
Xelulozo là hợp chất cacbon phân bố nhiều nhất, là thành phần cơ bản của tế bào thực vật và là nguồn cacbon dự trữ lớn nhất trong tự nhiên. Do vậy, sản phẩm của quá trình phân giải xelulozo là một phần cơ bản nhất tạo nên phân hữu cơ và mùn rác. Chúng giữ vai trò to lớn trong sản xuất nông nghiệp.
Lên men xelulozo là quá trình phân giải kỵ khắ nhờ các vi khuẩn khử sunphat hay vi khuẩn sinh metan. Lên men phân giải xelulozo hiếu khắ có ý nghĩa quan trọng ựối với cây trồng. Cũng như phân giải kỵ khắ, xelulozo ựược phân giải thành các axit hữu cơ thường là các axit uroic (axit mùn) và các oxit axitựơn giản hơn. Các chất này bị oxy hóa và sản phẩm cuối cùng là CO2 và H2O.
Qua các giai ựoạn trung gian trong quá trình phân giải xelulozo hình thành con ựường hòa tan và các axit hữu cơ rất quan trọng. Chúng là nguồn dinh dưỡng thắch hợp cho các loại vi sinh vật ựất, ựặc biệt là các vi sinh vật cố ựịnh nitơ (Azotobacter và Clostridium). Phân bón hữu cơ có nhiều xenlulozo, người ta phát hiện có nhiều vi sinh vật cố ựịnh nitơ phát triển mạnh. Ngoài xelulozo, vi sinh vật còn phân giải các chất pectin,lignin...các chất này dễ bị oxy hóa nhờ các vi sinh vật thành CO2 , H2O, các loại ựường và axit hữu cơ như axit galactonic, axit axetic.