Trước hết, về công tác chỉ đạo giữa Ban giám đốc đối với các cấp dưới đôi khi còn thiếu kiên quyết, chưa dứt khoát dẫn đến sự chậm trễ trong một số khâu. Có thể nói còn có sự thụ động trong công tác quản lý. Cấp dưới thì chờ cấp trên phê duyệt, cấp trên thì lại để lâu, chưa quyết định dứt điểm làm cho dự án bị chậm tiến độ so với kế hoạch. Hiện tượng cán bộ quản lý thiếu kiến thức cõ bản về một công việc,
việc xử lý các tình huống phức tạp không hiệu quả và còn nhiều lúng túng. Kỹ năng làm việc nhóm vẫn chưa được cao, sự liên kết giữa các thành viên còn lỏng lẻo, chưa đi đến thống nhất. Tình trạng mỗi một thành viên làm riêng phần việc của mình mà không hỏi ý kiến chung của tất cả mọi người vẫn còn diễn ra. Chính vì vậy, đôi khi công tác quản lý không thể đưa đến một quyết định chung hoặc sẽ tốn nhiều thời gian để thống nhất tất cả ý kiến của mọi người.
Một số công trình triển khai thực hiện dự án còn chậm so với kế hoạch, việc trình phê duyệt với các Sở/Ban ngành còn tốn nhiều thời gian do các thủ tục pháp lý còn rườm rà, gây ảnh hưởng tới tiến độ thực hiện dự án, việt lập thiết kế và phýõng thức huy động vốn đầu tư đối với một số dự án còn chưa linh hoạt làm cho nguồn vốn cần thiết cho hoạt động thiếu hoặc không kịp thời dẫn đến việc triển khai chậm trễ.
Ngoài ra thì việc xử lý các sự việc phát sinh trong quá trình triển khai thực hiện, trong thi công cũng nhý trong quản lý chi phí, chất lượng công trình, thiết kế, lập hồ sõ nghiệm thu, chuẩn bị hồ sõ dự án còn chậm trễ, không linh hoạt do phải trình duyệt qua quá nhiều cấp.
Nhận thức của các thành viên trong Ban QLDA về công tác quản lý chi phí còn hạn chế, phần lớn họ chưa thực hiện, làm đúng quy trình.
Trong các dự án mà Ban QLDA đầu tư xây dựng huyện Thường Tín đã quản lý trong thời gian qua thì dự án Xây dựng hạ tầng kỹ thuật vùng sản xuất rau an toàn xã Hà Hồi, huyện Thường Tín là một ví dụ điển hình bị ảnh hưởng rất nhiều bởi các cơ chế chính sách cũng như những thay đổi trong phân cấp quản lý trong đầu tư xây dựng trên địa bàn thành phố Hà Nội. Khi dự án mới được phê duyệt Chủ trương đầu tư năm 2009 thì định mức hỗ trợ kinh phí của thành phố Hà Nội đối với vùng sản xuất rau an toàn tập trung là 350 triệu đồng/ha, áp dụng cho mọi dự án có quy mô về diện tích khác nhau. Nhưng đến năm 2010 thì thành phố Hà Nội lại quyết định điều chỉnh lại là việc áp dụng mức hỗ trợ 350 triệu đồng/ha chỉ áp dụng đối với các dự án xây dựng hạ tầng kỹ thuật vùng sản xuất rau an toàn tập trung có tính biểu diễn hoặc quy mô trên 70ha, còn các dự án
theo phân cấp quản lý nhà nước về xây dựng thì Sở Nông nghiệp và phát triển nông thôn thành phố là cơ quan thẩm định và phê duyệt các dự án đầu tư xây dựng đối với các dự án thuộc lĩnh vực nông nghiệp và nông thôn. Trong khi Ban QLDA đầu tư xây dựng huyện đang hoàn thiện hồ sơ dự án để trình phê duyệt thì UBND thành phố Hà Nội lại Ban hành Quyết định phân cấp quản lý về đầu tư xây dựng mới. Trong đó quy định Sở Nông nghiệp và phát triển nông thôn chủ trì thẩm định về thiết kế cơ sở của các dự án thuộc lĩnh vực nông nghiệp và nông thôn. (Dự án còn phải qua các Sở khác như Tài chính để thẩm định về nguồn vốn, Sở Quy hoạch kiến trúc để xem xét sự phù hợp quy hoạch của dự án với các quy hoạch khác… ) còn Sở Kế hoạch & đầu tư là cơ quan đầu mối thẩm định và phê duyệt các dự án có sử dụng ngân sách của thành phố. Do có sự thay đổi này mà dự án đã bị chậm so với tiến độ đề ra.
